RNA id: TU83275


Basic Information

Item Value
RNA id TU83275
length 5796
lncRNA type inter_gene
GC content 0.35
exon number 2
gene id G66613
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030127.1
NCBI id CM030127.1
chromosome length 42978078
location 37013981 ~ 37019796 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

TCCATTCCAGTTTACAGCAGGTATGAACCTAAATGCTGACAGTTCCAGTTTGGGCTGAGATTAACAAAATGAACTTTTCCCACCACCGAACCGAACCGGACGGGACAGTATTGGCGTCGGCACTTTGTACATGGAAGACTTTTAATGCTGGTGGAGTTGGGACCGTTCCCTGCCTCTGCTGGTTATATATAGGTaattttttcctgcttttacgCCATACTGTGAGCTGTGGTTTGCCTCAGAGCCCCTGTATTCTGCcagtatttgaatattttaaaatgcctcGCTGTTTATGCTGGGTCGTATATATATTGAAGCAGAAAGTGTGTTTCTGCCAACTCGTAGGTCACTCcaaatatctataaatattgtttatatgtacctcttttaaaaccattttgtgCAATTTTAACAGGAATACACTACATTTCAGATCACTAATTATGTGCATCTTTTACCTGGGggtgttgtttttaatcctcccctgacacattgttttaaaccCTTCCTTCACCTTGCAGAATCTGTTTTTACCTCTTCCTCTCCCATTGTCTAGTGTGACGTGTTTTTCTTGGCCATTTTTCTTGACtttgaaatactgaaatagTTTGATAcgtggtatttatttttcaaactgaaCTGTTACACGTCTGCATTTCAGTTGTGATTGTTTATCATCTTGGTAtgtaaaaggaaatgtaatgtattcattttaactgCGTATGAACCTGTCAATGTTTTTCACGTTAGAGGGATTGTAATATTGTTTACTTTCACGTTTTTGGTGGGTAGTAAGAACAGTTAGCTAGTGAAAATTGAATCTTAGAAGAATTGCATTGCATATCGAATTGTTTCCTGGTTTTGATTTGACTGTACATGCAATGACTTCTCTGAATTCTTTCAGAAGCATAGAATATAAACGCGTTTACTAAAACAATTGTACTTCTACCAGCCAGTTTTATTTGCCTTACTTCTTAACATCtatagtttttagttttctccAGTGTTGTTAGCAAATGCACTTTACTCATATTTCATCAACCGCAGAGGAAAATGGATAGAAGTAGGTGAGATTTAAGGAGTTTAGGAAATTAATTCTCtgtgtaatttaatgtatttgctcTGTCAGATCCTGTATTTATAGATTCACTCACAACGTGGTCGAAATGTAAGGTAGTAGTATAGGATGACCCTACCTTTCTTGCGTCCGCTCAGGTTTTGCACATACAGaagaaaatgtgacaaaatattactagaaacatttcaaagttaagaaagttaaagaaaaaaggtttaaCTCGCATAATGGACAGTGTGGGAGAAAAATATGCTGTAACCAAGCCAAGGTTGGAAGTGggatttaaaacagttttttgtttctgttatgtTTTACTCCCCTGTGAAATTGGGGGTATTTTTCCTTTGCTTGCTTTCTATCCTGATGAACTAAGAATTACTTAATATTCTACAGATATCTTTTTAACCAATAGTTGCTtcctgggaaaacaaaaaaacaagaccaaaacatgtttttataattttgtttttcaatgaaGTGTAAGAGCTTATTAGTTTCCCCCCTCATTTGTAATGAACTGAAAAGCATACTGGTCTCACTTGACCTCACATTTGATGTTCTCCTGGTGCTACGTTCCTCAGTTGATCATGTTATGTAATTTCAGTATTATCGCAGCATTCACAGCGTCTTTGATATTGCACATTTGAAGTAGTGGTCTGGGACAAGTATAATCAAGGACAATTCAATATCTGAAGCGTACACAACAACCCAAACATTGCTTTATAGTGCATATTTCAGActgtacagtttaaaaataactcGCATTGAAACGCTTGACAGAGaagtgtctttattttattattttttagttaaatgtaagaaaaatgtGTATCAGTTTTAATCAATGCATGcaaatctgtatttttgtttatttttgtttgttttttgtttgttttctgaaagcaCTAATCATTTCATTAGGTGCATATCATGAACTATGTTTTGCAAGTCTCCCGTTTTTTGTGCTGTTTGTTGGTCTGGGGGACTGTTAAAATAggataaagaaaaatgttttgaagagattatatctgtaaatattcaaatcatgtattatcttttatttaaaataatagttcaaattagttttaaaagaaaTCAATTTTAACACTAAAAGGCACATCACTCTTTCTTCTTCATCTCAAAAGGGTGATTTGATATGATGTGCGTTTAATATAGAAAATTGGACTCTGGTACTGTGCATTTCACAGAAATTGGTTTTACCATTTTCgttttctgtgcatttaatttaaaggttGGTGATTTTCGATTTAAATTTGTCAAAGAAAgggcatttctttttctttttacactaGGAAAATGTGATGTGACCGGAAACAAGTGTACTGTATCTCTCAGCAAATTAACCCAAAACCTTATTTTTGAGAGCCTAACTACCTTAAATGCTATACTATGATATATCCAGTCCTACATACTAGCTAGAGCACTGCCTACACACTCATTTGCTACCATTCGATAACTAATACAAGCTTGGATTTGCAAATTTTTTAGATGTTGCGCCTTTTCACTGCAATATTTGCTAATGCTCTTTATCGTTGAAACCAGGGCAGAGGGTTTCATGAAATATGACGGAGACATTTTTATCCAGTTCATTTATAAAACCGAGGGGCTTAAAATGCTAAACATTGGATGGGATTTTAATCTTTTCAGTACTGATGTTTCGGTTTGGATATAACCATAGGCATCGGTTTAAGGGAGAACACgtccccccaatgttgagagaacgttAAATTTCCCCACCAATATtgtatgcctggctccataggcGTAAGGGACATatccccccaatattgacagcgccccccccaattctgaaatgaaacttACACCTCTGGATGTAACTATACCttatttgttcttttctcaTAACATTTGTGTGTATCTgatgcttctttttttaaacctccATTACTGTTAGTCAAACTATGTAATGTGGAGTCTTTATTTTCTCGTGCTTTTTCTCGGTACACAGAGACTTCACAAATCTGAAATGACACTCCAACTGTATTTCAGTGCAAATATTAGGAAACCGTTGCACCCTTGAAAACTGTGTAAagatattcatacattttttgttaaaaaaacaaggaacagGAATATGAAtactctttcttttctctctttggaAAAAGGAtctgtacagaaacaaaaacgaCTTCTGTGAAAATTGGGGATTGAATTACAAATTGGAAAGAGGGATCGTTCCTGTCAATCAACCCTGTCCTAACATTCATAGCCGTCTCCTGAGGTTACCCCCGGGGGACGGAGGGTGCCCTGCCAATGCTTGTACTTTGTATAACTGCGTTCCTCTGAAACTCTTAATGGTACGGCTCCTGCAGATTGAGATGCCAACATTGTGTGTGCTTTAAAGGGATTCTTCACTGAAACATGTCTTTCTAGGCTGTTAGGCCTAACTTGAACAGTTACTTTCTCTTCAGTTAAAGTCTCTTCAAGACACTAAAACCAGTTAGTCAACCAAATAACAATATAGCACAGTTGCTGGTATAAAAACAGTCACTTTATTTGTGAGGAAAATCTGCCTAGCCTCCCCCGCAACCTAATGTATACTTGAATATCttatgttgttattgttgttttgaatcaattttatttataaataattttgtaCAACAGTGTCATATTAAGTAGATTAGCAGATTGTGTGCTATTTTAAACaccattcatttgtattttttgtatttgttggtgGGGGAGAGATGATTGAAAATGAGGGCAAGTGAAGCAGaatacaagtttgtttttagtgtttCGTTCCAAGCCATAGTGTCTTTCCAGGAAAATTGGAAAATGATATTGATCTCccctttaataataaaaataaaaactaaacaaaaaacatacacacaaaaaatagttatcaattgaaaaaatacaaaaagagacTTCAGATGTTTACACTCGTAcattcatgttgtttttctttttggcttAATTAGAATTCCCCCCATAGCTGTACCAATTTttgaataaatgtgtatgtgtgtgtatatatatatatataaaaaaccaATATGAACTAAAAACGATTATGCGCCTCCGGATATTTAGCGTCAAATCTTTCGATTTTTAATCatgatttgtctttgtgtgtgaatTGTCCTGTCCAAGCTCCAGGTGTTTCTGAACTCAAACCATCCCTTTCTTCTAGAAAAGCAGGACAAGGGCACTGTTTGGAGGGTTGATAACCAATAACCataaccagaaaaaaaaatacacgaGAATCCCAATGCAGTCTCTGATATACTCTGACATTCTCTGCCTACCAAACTGGTACTTATTTTGCTAGCCTGTACAGTTCTCAGAATTAATTAGTGtcgtcattttattttgtggtttgtttgtaaGTAACGTGTTTGAGAGAGATCCTGCTTGGCTGTCTCTCAGAGGTACTTGGGAGGTTTTCCTACAACAGGGATACCTCCAGATAGCTGTGTGCGTGCCCCGCTTTAGGCAGTAGATTATAGTTGCTTCTCTCCAAATGCTGCTTGATTCTAACtccagaaacaaatatatacttctgctgctgctgcctcaaatgtacttttatgttctttattttttccagcagTAAAATTGCACATAATCAACCTAGCCTGTAACAGACTTGGTTTGGACCTCAGGATTTTTCACTGTCTATACTTTTCATTCAATTCAAGACAACTATTGCTACAACGAAAACGCTTACTGTGCCCCCAATGAGAAACCGAGAGAGACGTAAAGGACGAATTGTTGTAAAAGATTGCGCATTATGTTACATGTTATTATTCTATCATGGCTGGTCAGTATTCTGTAAACCACAGAtgtatattctttaaaaaaaaaagaaatgaaaaaagaaaaatgaaaaaaaggaaagcgggcaaaaatgtttatatacatatcttGTACTGGTTATTCTTTGGAGTGTATTACATattgtttgtggtttattttttaacaaagtattaaaatgagGATAACTCCTGTACaagatgtaaaacaaaaatcgaacttttttttttttttttttttatgaacgTCATTTTAAAGGGATAATGCAGATGCTGTCATTATTTCCATGTGATCTTTACCTTTTAAAAGTTTGTTGGTTTTGTGAAATGTTGATTGTAATTGTTGACTATCCATTATGACATTGAAATAAAGTATACACTCAGAATAtttgaagacaaaaaaataacaaaacaaaaaaaattataatggcttggctagaataaaaaaaaaaaaaaagagaaaaatcatCTTCAAGACACTAAAGTAGTGATGCCTCCTTGCGATTTTTGCCAGGAGGATTTTAACTGTTAATTGATGTTGCTGTTTAGAATTAAAGAGAAAAcaccaattatttttgttttgtcgtTTAGCCTATGTTCTTGCATAGTGTAAAAGAATGATGCTTGTGTAATCCTGTATATAGTTAGCGAAACCAATTGTCATTAGTTGTAGTTCTTTAGAATGCTTGTAATATTTAGCTTCTGAATGTGTGCGACTGTAGGAACGTATaatttttttgtacattatattgactgaaatgtcctttttttatttgaactaTTTTGGAATTCAGATGTGTTTTGCTTCTGCCAGAATTCATTCTGAAaggtttttaaatgacattccACAGAGTTATCAGTTTCAGACTTTGCTTGAGGTTTGACTTCAATAAAAACTGTTCTGAATGT

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU83185 lncRNA downstream 143826 36869417 ~ 36870155 (-) True G66536
TU83184 lncRNA downstream 162345 36851070 ~ 36851636 (-) True G66535
TU83176 lncRNA downstream 266238 36747515 ~ 36747743 (-) True G66527
TU83158 lncRNA downstream 731454 36278150 ~ 36282527 (-) True AMCG00020911
TU83143 lncRNA downstream 777054 36235772 ~ 36236927 (-) True G66499
TU83352 lncRNA upstream 247986 37267782 ~ 37268223 (-) True G66685
TU83423 lncRNA upstream 475327 37495123 ~ 37495370 (-) True G66740
TU83474 lncRNA upstream 716967 37736763 ~ 37739197 (-) True G66786
TU83511 lncRNA upstream 879671 37899467 ~ 37899878 (-) True G66817
TU83550 lncRNA upstream 1161241 38181037 ~ 38181274 (-) True G66851
AMCG00020921 mRNA downstream 1746 37000425 ~ 37012235 (-) True AMCG00020921
AMCG00020924 mRNA downstream 15225 36974409 ~ 36998756 (-) True AMCG00020924
AMCG00020916 mRNA downstream 82353 36914487 ~ 36931628 (-) True AMCG00020916
AMCG00020918 mRNA downstream 100547 36909159 ~ 36913434 (-) True AMCG00020918
AMCG00020917 mRNA downstream 119854 36877475 ~ 36894127 (-) True AMCG00020917
AMCG00020923 mRNA upstream 215 37020011 ~ 37040883 (-) True AMCG00020923
AMCG00020922 mRNA upstream 41799 37061595 ~ 37067805 (-) True AMCG00020922
AMCG00020920 mRNA upstream 49719 37069515 ~ 37074577 (-) True AMCG00020920
AMCG00020928 mRNA upstream 95747 37115543 ~ 37122859 (-) True AMCG00020928
AMCG00020927 mRNA upstream 128698 37148494 ~ 37155287 (-) True AMCG00020927
TU83060 other downstream 1027285 35975764 ~ 35986696 (-) False AMCG00020900
TU82986 other downstream 1194151 35813969 ~ 35819830 (-) True AMCG00020887
TU82875 other downstream 1329426 35679432 ~ 35684555 (-) True G66279
TU82718 other downstream 1843802 35149568 ~ 35170179 (-) False AMCG00020853
TU83279 other upstream 20651 37040447 ~ 37045939 (-) False AMCG00020923
TU83289 other upstream 45367 37065163 ~ 37067792 (-) False AMCG00020922
TU83462 other upstream 612004 37631800 ~ 37632576 (-) True AMCG00020943
TU83728 other upstream 2030420 39050216 ~ 39104867 (-) False AMCG00020970
TU84154 other upstream 4580605 41600401 ~ 41602270 (-) False AMCG00021012

Expression Profile