RNA id: TU84079


Basic Information

Item Value
RNA id TU84079
length 4243
lncRNA type sense_over
GC content 0.35
exon number 4
gene id G67310
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030127.1
NCBI id CM030127.1
chromosome length 42978078
location 41332266 ~ 41397674 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

GCTGTCTGTCGCAGGTCGTTGGATGCTGTCACCAGCGAGGGAGAGATTCCGAAGTCCCGTTGAAACCGCTGTTTAATCCAATATAACACTACCATTGAACAGGGTCATTAACACGGACTCCAGAACCAAACGTATTTATTCGTATATATATCCTACCGCATTTTTAACTGtacaattattgttattttcaatataaaCCAGCAATGGCGTTGAAAAGAATCCAAAAGGAGTTGACAGATTTACAGAGAGACCCTCCAGCACAGTGTTCAGCAGGGCCGGTGGGAGATGACTTCCTATTGTCCATTTGCTCACTGCTTTGTGACCCCAACCCTGATGATCCCCTGGTACCAGAGATTGCACACACCTACAAAGCTGACAGAGAAAAgtaCAACAGACTAGCAAGGGAATGGACACAAAAGTATGCAATGTGAGGAactgtgaggggaaaaaacattttacatgaatgCAAGATGAAAAGGAACATACcctggaaagaaagagagaaagttAGAATGACAAACTGCAGTGCAACCTGGCTGCTGATTGTTTACCTGCTGCCATGTGCCATTCAAAATGACttttgtgtgtctgctgtggAGAGGTGGAGGTAGTCCCACAAGACAACCTTATAGAATGAAGTATCTTCTTTAGTGCTGCGGATGACCAACCTGTAAACATGActgtgtcttttattattattataattattattaatattatataatgaatGCAAAATATCGGGAAGAAAAGATGGAAGGGTTGCAACAGCTGGCTTGACACACCCTTATTATGGTACCTTCTTCCTTCCCTCCAAAAACATAAAGagtgttgtgtatgtgtatgtgtgtattcataAATGCAAACgtacatacacatatgtattGAGGTTAGTGCTGTGTGCATTTTTAAAGGTAAGCATCTTTTTTCTTTGAGGCACAATCAGAGTCTACATGCCTTTACTGGGTTGAAGCCTTTGGTCATGGAACCACACTAAGTGGTATTGTTGGTTTTCCAGTATTCAGTCATTCTGCCATTAATAGCCAGTGTTTGGCAAATTGTTGTGACTAGGcacaaatacagctctggaaaaaagaggagagaccactgcaaaattatcagtttctctggttttactatttatatgtatgtgtttgggtaaaatgaacatttttgttctaTTCTATaaatactgacaacatttctcccaaattccaaatagaaatatgaatggaatggctgccatacatacatgctgatttaaaaaaaaactgcagtggtctcttaatttttcccagagctgtatatacataattaatgaGCAGAAAAATCAAAGTTAAATTATCAGTATTTACCAATAAGATTTCTGATTGTGTCTCAggatacattgtttttaacaaattgtTATTAGTTAAATAGAAAAAGAACCAATGTGTTGGTGCATTGTGCACTGAGTTGCTGGTTCAGTTCAAATGGTATGTAGTTGTCAACTGGACATGTACAGGACAGGTTGAGAAAGATTAGATAAATCtcaatccatttttaaattCCATCAAATATACTGAGCTCAGTTAAAATGATTTACATACTACGCTTTGGAAAAATGATCCCAATGTCTCACTAAATGTGTGTGGTTAATTCTTCTAGGCAGTAAACAATCTCATAAGGTATTACATTGTTTGTAAAAAGTCAGACAGCAGTGTAATAGACACACTGTAGTTTTAAGCCATACTCTAGGTTTATACAAGTACTGTAGtccatattatatttattgatacCTCTGATAGGCTGGACACAgttgtttaaatgtgttgttcacCCAAACTGTTCCTACAGTCAGTATAGAGATACACAAATCACAGATTTCTGTCTTACAGGGCCTAGTTTATTAAATTGTACATATTAATATaagtttattatattgtatgaatgtttatattttaaaatgcagtcttCATGATAGATGTTTGACACAAAATTATAGGTTATGCACAGCCCTATACACTATCAATATTAGAGaaacttgaaatgtttttatccacattaattatttttatttccattttttaatgtagGTTAAAAAGACCtgtttcacagttttgttttggagtcATGCTAATCTATAACAGTATCACATTTAGCAATATATactattttcatgttttctttagcTAATAACAGTTGAACAATGATGTTTGTTAAGAATTTGCATCCAGACACACTATTGTTCGTGGGGTATAGTTAAAAGTGCAATGCTTAAAAATCTACCAGCCCTAATATACTCCCAAAACCATTACTTGAAATCTAAGCAATTAGGTCCACTTCTGAGCCAATGGCACACATAGTGCTGAAGTGAAAATGTGTAGGTCTCATGGAGGTGAAACATTGTTAAGCCTTTCTCCTCTGTAAGAGTCCTATTTTCTCTAATGTAGTCTCTTCTTTGCAGATTTAATGTGGAGATATCAATGCTGACCTAACAACCTCAGTATATGAAAACTTAATTAACTAACTACAAGTTCActgttatttaattgatttgaaatattCATCAGTCTGTCTTGTTAGTAAGGGCAAAACccatgtcatttttaaataagtataataatttccacaattaaaaagcaataaagagtaaaaaaaataaagctgtggCAAAGGGGACTCGGAGAGTAGGAGGGCAACTGTTTTCCAAACGCATAGATCTATGAACTTTCCgttttaactttctgtgttGCCGAAATTGGCAACTCTGCATTGTAATCTAAACACCTAGGGTTTTTCAGGCAGCTACAGGGGATGGAACAGCTCATTGACAGAAAATCCAACCTCATTGTACATTTCCCCAGTATTTCTTAATCAGGACTGAGTACTAGACAACTGCTTTACAAACTCTGAAAAGGGctgctttcatgtttttttttctccctcccccaAGATCACGGATTACTCGTTACTATAATTAAGGCTACGATTTTGACAACATACACAATTTTAGGTATTTTTTTAGATGCTTCTGTAGCTTTGCTGTGAGCCAAATTGAACATTTTCTTTACCATATCAGTGAACTAATATAAAAAACTAGTTATTCACTGTATCCACAGGTTATTACACAAGACAGAAATATGTGTTGTTGTGGAAAATCACTGAAGAGAGGGGGCTcattggttgttgttttttctatttaactatttatttatttatttatttatttaatacttatTGTTTTCATAGTGTAGGCTGAGAGTCCTAGCAGCCTCTAATTATGACCTGTTCCTTTCAGTGTCCTTTTGGTGTTTAGTTACACTGAAAAAATATCTTGCTGACaattacttgttttgtttttattttgacatgttCTTCAATCGGACAAATAGTTTAGAGGCATCCTCTGCATATTGGACCGAAAAATAAACCTTTGCAAGATTTCAGGGATTTTATTACAATTCATGGTCTCTCTGACAAAATCTTAGCCTTAACTATTATGTTAtcctgtatataaatattgtaaaaacacaATCAGGGTTCAGAATCAGGCTTTATAATTTTCTACAAGCCTGGGGAAGCCATGATTTCATTTCAGCAGGTGCCTACAAAGGTTAATCcacataacattttaacaattattttactgtaatcaGTTTATTCAATGGTTGTAATCAAGGATTATTAAACAATTTGATTGATGTATTTGATTCAACAGGGGCCACACATTGGGCCTGATAAGTTGTTACTATGCATTGATGCGAAAAGGGAACAGATTgcatatttcactttattttaaattgacctTTCCAACCctcttataaaatgtaaataaaaaaactccaaGACAATTTTTTCTTTATCTCTAGACATCCTCAGGGCAGTAACACAAGGAGTGGAGTTTTCACAAATACTCAAACTTTGAGTTAATTGcattcaataatattattatagcCTCATATGGAGCATATGAGGGACCAAATAGATCATTCACATGGTCTTCTAAATCTTGATTAAGACGATAATTGCAGGATAACAGTCAGATTGGGAGTTAATATCCAGTGCCTTGCTAACTTGAAATCCTGGACAACCAAGCTTTAACTGTACAAATGTCACTCCATTTCCACTTTGATTGTGAAGGTTTCTCTATGCGCTGTAACCCCTCCTACCACCATCACCTCCTTTCAACTACATTCAGGTACCATTTGGCAGAGAAACTCAAATGTGTCAACACTAAATCAATAAAGCTCCTTTTGTTTTATAA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko00500 Starch and sucrose metabolism

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU84078 lncRNA upstream 27045 41304187 ~ 41305221 (+) True G67309
TU84037 lncRNA upstream 293170 41038854 ~ 41039096 (+) True G67272
TU83981 lncRNA upstream 366354 40950099 ~ 40965912 (+) True G67221
TU83965 lncRNA upstream 540795 40785761 ~ 40791471 (+) True G67207
TU83966 lncRNA upstream 540795 40786685 ~ 40791471 (+) False G67207
TU84093 lncRNA downstream 109933 41507607 ~ 41508101 (+) True G67322
TU84155 lncRNA downstream 221621 41619295 ~ 41619609 (+) True G67371
TU84182 lncRNA downstream 339573 41737247 ~ 41854669 (+) True G67393
TU84188 lncRNA downstream 492997 41890671 ~ 41893979 (+) True G67398
TU84197 lncRNA downstream 586937 41984611 ~ 41985031 (+) True G67405
AMCG00021011 mRNA upstream 33101 41284934 ~ 41299165 (+) True AMCG00021011
AMCG00021010 mRNA upstream 120217 41211431 ~ 41212049 (+) True AMCG00021010
AMCG00021007 mRNA upstream 216670 41091233 ~ 41115596 (+) True AMCG00021007
AMCG00021005 mRNA upstream 269739 41051545 ~ 41062527 (+) False AMCG00021005
AMCG00021001 mRNA upstream 392700 40924447 ~ 40939566 (+) True AMCG00021001
AMCG00021016 mRNA downstream 61803 41459477 ~ 41518845 (+) True AMCG00021016
AMCG00021009 mRNA downstream 180710 41578384 ~ 41589019 (+) True AMCG00021009
AMCG00021013 mRNA downstream 233005 41630679 ~ 41631432 (+) True AMCG00021013
AMCG00021015 mRNA downstream 259996 41657670 ~ 41658791 (+) True AMCG00021015
AMCG00021021 mRNA downstream 303191 41700865 ~ 41709287 (+) True AMCG00021021
TU84041 other upstream 279708 41051472 ~ 41052558 (+) True AMCG00021005
TU83857 other upstream 1010445 40321113 ~ 40321821 (+) True G67108
TU83200 other upstream 4414830 36914815 ~ 36917436 (+) True G66551
TU83151 other upstream 5075755 36254699 ~ 36256511 (+) True G66506
TU82978 other upstream 5423864 35867393 ~ 35908402 (+) True G66362
TU84094 other downstream 200549 41598223 ~ 41602113 (+) True G67323
TU84255 other downstream 655256 42052930 ~ 42053675 (+) True G67459
TU84320 other downstream 1028437 42426111 ~ 42465886 (+) True AMCG00021029

Expression Profile


Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
mexican tetra (Astyanax mexicanus) TU424983 True 1347 lncRNA 0.34 2 NW_019172850.1 2676799 ~ 2678205 (+)