RNA id: TU84188


Basic Information

Item Value
RNA id TU84188
length 3309
lncRNA type inter_gene
GC content 0.32
exon number 1
gene id G67398
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030127.1
NCBI id CM030127.1
chromosome length 42978078
location 41890671 ~ 41893979 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

tggataatgatgatgatgatgatgattatgactGTACTTGAAAAAAATGTGAACAACATTAAGTCATTATTGGAGATCACAAGGTCACTTTCTATGATGGTACATTCAGGAGGAGCAAGTTTCATTGGCATCTGAAATGACAGGTGCATGTTTACATGTCTCAATAATTATAAATTGCCCTCCTGAATGCATATCTTTggagaaattataatttaaaatcattttggTAAGTGAAggcatttaatattatattgataggCTTATAACAACCCTTTTAAGAACAAAGATCGACTTTTTGAATATATCTAAGAATTCGGtcttatttgtacatttaaaatttaaaaacaattaaaaaaacaacaacaatgaatgAGGCTTACTTTTTGTAATTAGCAATGGAATAAGTCTATACAGAAAGTTATCAATACAGGATTTTAATCTCAATAACAACTTTTGTGGATTCGTtctattagtttattttaaagagccCTGCTATATTATCCAAAATCCTTCTGCTGGACCTTACCCTGAATTGCCAGAAGCTACTATATTTGTCTGCTCAGTTGTATGCATAGTTCTGTTATGCAGGACtctgtaatatttaaaacaattcctTAGAAAGTTAAGACAATGCAATAATACTGCGATTAATCTAAATGTAGTAAATGTATTGCTGCTTCTTCCAGAATTTAGATTTGGTGACAAAATGGTGACAGCAGCAACACAATTTAAGATATGCCCTGGATAATTTGGTGCTTATTAGGCCTGGACAATAAATTCCAAtagaaaatctaaaacaaaatggtgAAAACAGCCAGTAAAATCAATTTCAGCTGCTTCTTCTCCTCATACCTAGGCTggaaacatacagtatatataatttcagttttcatttacttCCAGATAATACATGCCTTTGTACAATGTGTTTGTACTTGCCTTTTGCAGTGAAGGgttgtttagttttataaaaATTGTTTCATGAGTTCATTTAAGCCATGAATGGGGTGCTTTATAGGGTTTATGTATAGGTTTTATCTCCTCGTAGAACAGAAGTCACCAGAActtaattagaaaatattttatagaGCTTGGATATTTTTGTCAATTGGTCTACACCTGCCTTTGATAGAGAAAGAAGAGCCTAGTGAACCAGTAAGGAGTTGACAAGCCATACAATCTACAGCATTATCCttcttacatttatatttctcatCTTATTTTGTTGCTGCATTTTTTTAGATAAGCTCAGATAATTATTTACTGGAAATCCTGCTTATATATTATTGACACATATTCTAGATTGTTTAACCTTGGTGTGCAAAGGCTGGGCCttcaacaaataataaaaaaaaacaaaggctcTTTTCAACTCTTTTTAACAGAGCTGGAGAATGGCTCTTGAGTGAGTGGTGCAGATCCCATACAGTTTTCCAGATTGTGTTGCATAAAAGTGGCagatttttgtctgttttcagcTGGCCACAATTTTTATGTCATCCTGGCTGGACATGTACCAGCCCTACAACTAAATACCTTATATAACTGTATGTTTTCTACATTATGTTGTGGGGGGATAATACTTTCATAAAACAATACTGGattgtttgtatttgattaCCTCTGTATTGAAATtaagagttttgttttgattaataaagAAGAACTTCTCTTCTTAATTAATTTTTGAAGAGCTCttcattataaaattaaagaaatggaAGGCAGGTTACCCAGTAACCATAATaagattttgtgattttaaaacaaatatgtgataTTCCAAAACtgagtaaattattatttgtgttttatatgaaaaagaCCCCAAAaagccattttatttaattaggatATAgcttgtattactttattaatgGATATCAGTAGTTTGCATTTGTATACTGTTTGGCCTCTTTTGCCAAATTACTGCTGAGTTTGGAATTCAATTGCttaagaaataaatgacaaattttagggactgttgttgttttgttgggCATCCATTAGCTGTGACCTCACATAATCATTCTGGTGCACTGGAGCTTCACTGTAAAGACCACTTGGaaatgaatactgaaaacactacatttatacttatttaatttgaaatacaagTACACTGTATATAAACTTGTAAATTGATATGTGTATGGGATTGTGTTGAAGCTGTTTTCCGAATACTTTTTTGGTTTCTTCAAACTGTCTAAATAGAGCAAAGCCCACCTTAGCTGCATTCCAAAGATGGgggacaattttttttttctctagttCAAATCATGCTTCTTGTAGTTTGCCCAACCaagtaatatgtattattcatataataataaaacattttaattcatacagTTTTGGAAAAGTTCccaaacaaaggaaaactttGTGAATAGAAGGGAACATCTAAGACCATAAGATGACCCAGTAGATACCTAAACATCATACTTTAcatagacatacatacatacatagactcCAAACCTTAACAATGTTCTTCTATAAAAACTAAATCCGTCTTTCTTATGCCCCGGGAGGGACTATTTCAGGTGGTGTTCACTTTTAGAAAATTAGGAGAAAATTGTTTACTGGAGCTAAAGCTTAGAAATGGTCCTCTAGATCATAATATTTTGCACAGCAAAGACTGTCAATGGGGTAGGACTGATATAAATGAGGTATTAAACATGCTACTTCAAGGTGAAATGGGATGGGGTTTTGGGCTGTTTAAACTGGCCTAGTCATTTCAATCAATAGTATTTAAggatgggggaaaaaattaagctGGAATATGTGTGCTTTGAAATGAGAGGCTTTCCACTGTAAAAATGATAAAGATAAATGTTTGCCTAATGTGATCAGTTTAAATATCGGTAGAGAATTCAGAGAGGGTTATCAACATATAGTGAGAACAGTTAAACAGAGTAGGGCTGATGTACTTCcacaatttattataaaatagcTCACccttttttgtaaaaatgttatatgGAGGTTTTAATCAAAGTACTTTTCCTTACTAAGGTTCTGCTTTTCTGTACAGAACATTGGGAGGAGAAGCAGCCTATTCACTGTCTTTTTTGAAGTAATTTAATACTTTAttgtttctggttttgttttttaaaacaataaaggaaTTTGATATCCcccaatagttttttttaatagttattattaataggaCCTACCATAGGGCAGTATTTAAATGGACAACATCCTATAACATTTTAACTTGTAGTAGCAGCATTTAACTTTCTTTTGTATTTGATGTTattgtttgtactgtatttcatcacaaattgtatattaaatatt

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU84182 lncRNA upstream 36002 41737247 ~ 41854669 (+) True G67393
TU84155 lncRNA upstream 271062 41619295 ~ 41619609 (+) True G67371
TU84093 lncRNA upstream 382570 41507607 ~ 41508101 (+) True G67322
TU84079 lncRNA upstream 492997 41332266 ~ 41397674 (+) True G67310
TU84078 lncRNA upstream 585450 41304187 ~ 41305221 (+) True G67309
TU84197 lncRNA downstream 90632 41984611 ~ 41985031 (+) True G67405
TU84275 lncRNA downstream 255580 42149559 ~ 42149967 (+) True G67479
TU84316 lncRNA downstream 501746 42395725 ~ 42395996 (+) True G67519
TU84321 lncRNA downstream 509842 42403821 ~ 42404266 (+) True G67521
TU84328 lncRNA downstream 579679 42473658 ~ 42473885 (+) True G67528
AMCG00021017 mRNA upstream 28793 41841031 ~ 41861878 (+) True AMCG00021017
AMCG00021018 mRNA upstream 107824 41755505 ~ 41782847 (+) True AMCG00021018
AMCG00021022 mRNA upstream 150534 41711921 ~ 41740137 (+) True AMCG00021022
AMCG00021020 mRNA upstream 180442 41709478 ~ 41710229 (+) True AMCG00021020
AMCG00021021 mRNA upstream 181384 41700865 ~ 41709287 (+) True AMCG00021021
AMCG00021019 mRNA downstream 854 41894833 ~ 41934745 (+) True AMCG00021019
AMCG00021023 mRNA downstream 89404 41983383 ~ 42015154 (+) True AMCG00021023
AMCG00021025 mRNA downstream 168738 42062717 ~ 42091656 (+) True AMCG00021025
AMCG00021024 mRNA downstream 228838 42122817 ~ 42125001 (+) True AMCG00021024
AMCG00021029 mRNA downstream 529364 42423343 ~ 42464183 (+) False AMCG00021029
TU84094 other upstream 288558 41598223 ~ 41602113 (+) True G67323
TU84041 other upstream 838113 41051472 ~ 41052558 (+) True AMCG00021005
TU83857 other upstream 1568850 40321113 ~ 40321821 (+) True G67108
TU83200 other upstream 4973235 36914815 ~ 36917436 (+) True G66551
TU83151 other upstream 5634160 36254699 ~ 36256511 (+) True G66506
TU84255 other downstream 158951 42052930 ~ 42053675 (+) True G67459
TU84320 other downstream 532132 42426111 ~ 42465886 (+) True AMCG00021029

Expression Profile