RNA id: AMCG00021723


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00021723
length 7983
RNA type mRNA
GC content 0.37
exon number 13
gene id AMCG00021723
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030130.1
NCBI id CM030130.1
chromosome length 39556810
location 26899963 ~ 26919844 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

ATGGCGACAACCATGCTCCTGTGGAATGTATCGTCTCTACGCAGTTCGTAAAAATGTCGTTTTGGTGATATAATCAATATCAAATATTTCGATAGGACAAAGTCAGTACATTGATATATATACCAGTAAATGAGTTGAACGTGAAGAGGAGGAATTAAACGGCCTAATATTAATGCAGCATCTCCCAAAGGCTGCGACGTAGTTTTTAACTTCTGTGCTCCCAGTttggttgtgtttgttgttgtttttccctgtCTTGGTTGCCATCACTTTTTTAACATTGATGGACATGGAGTTTCATGGCGGTGGTGGTGCCGGTGGGGTCTTGGTCAGTGGCAGTAATGTCCCGGCCTTCCTCACGAAACTTTGGACTTTGGTGGAAGATCCAGACACCGACTCGCTTATTTGTTGGAGTCCGggTGGTACCAGCTTTCATGTGTTTGACCAAGGAAGATTTTCCAAAGAGGTGCTGCCCAAATACTTCAAACATAACAACATGGCTAGCTTTGTCCGCCAACTCAATATGTatggGTTCCGCAAAGTTGTTCACATTGAACAGGGTGGTTTAGTGAAGCCAGAGAAAGATGATACTGAATTCCAGCATCCATATTTCGTCCGAGGTCAGGAGCAGTTGCTGGAGAATATTAAAAGGAAGGTTTCAAATATTAAACACGAGGATCTGAAGCTACGCCAAGATGATATCAGTAAGTTATTGACTGATGTACAGTTTATGAGGGGGAAGCAGGAAACAATGGATTCCAAGCTCATCGCCATGAAGCATGAGAATGAAGCTTTGTGGAGGGAGGTGGCAAGTCTGAGACAGAAGCATGTCCAGCAACAGAAAGTCGTGAATAAGCTCATTCAGTTCTTAATCTCACTGGTGCAATCTAACAGAGTTCTgggaatgaaaaggaaaatgcaaTTTGCCATGTTTGATGTCCATATTAATTGTAGCTTTCTCCTTCACTGTAGTCCTTTGATGCTGAACGACAGCAGCTCCGCACATTCCATGCCCAAGTTCTCTCGACAGTATTCCCTCGAACACCTACAGGGGTCTCCTGCATTCACAGCCTCTACCCAGCCGTACACAGGAACAAACCTTTACTCTCCAGACTCCCCTGTCCAATCTGGTCCAATCATTTCTGATGTCACTGATCTGGCACAATCGAGTCCCTCCGATACTACAGAGGAGTGGAAAGAAGGAAGGACAAGTCCATTAGTTCATATAAAGGAAGAACCCGCAAGTCCGGCTCACAGTCCAGAAGTGGAGGAGGTCAGCCCCGCCTCTGTGGCTGCAGATACCCCTCTGTCCCCCACCACCTTTATCGACTCCATACTGCAGGACAGCGAAGCCAGCACAGCTCAGCCCCGGCCAGAGGAGAAGTGTCTCAGCTTGGCCTGCTTAGATAAGCATGAGCTAAATGACCATGTTGAAAACATTGACACCAATTTGGAAAACCTACAGACAATCTTAAATGGGCAGTCCATCAACTTTGATTCTTCCCCACTTTTTGATTTCTTCAACTCGACTCTGTCAAGTACCGATTTTAACCTGCCAGATTTGGACACCAGCCTTGCAAGTatcCAAGAATTGCTAACACAAGACCAGAAGGCCACAGAAACGACTGGAAACTCCTCTGATGCAGGGAAACAGTTGGTTCAGTACACATCCCAGCCTGTGGTTCTAGTCGACTCCAGCAATCCTGAAAGTGCGAGTGGGGATCTTCCTAATCTCTTTGAGCTGGAGGACGACTCTTACTTCGGGACTGAAGAAGACGCAGAGGATCCCACCATCTCCCTCCTTTCAAACGAGTACCAACAAAAATCAGAGGACCCCGCTCTatcttaaatgttatttttataaaggGATACGCAacctgtattttgtgtttgttggtttttcttCAGCAGACTGTTTGGAGGCTTTATTATAGATGCAGTGAGGCCAGCGCCTCCTGTCAATATCTGAGACAGGATGTCTGATCATCGCAAGTTAAGACATTACTAGTATATCGGCAGTTTCATCTCACTACACACTTGCTCTCTGCTGTTTCTCCATGCTCGAGTAATATTACATAGAAGTTGTTCATTACTCTAGCTTAAAGTTTACCTATAAACATTTAATCATCCATAAGGTATTGTGGTTTGAAACAACGTGTCATCTATCTGACCACAGAATTCAAAAATTCCTTAAAGGATGAAATTCATGTAAAATTGCAATATGTTCTGTTTGGATATTCTAGGAAGTTGCTGATTTTCACAAACGGCTGACAGTATAAAGGaataaatcacagcagcacGTCTTACTGTTCTACTGTTTTTGGACTCGTGTCCTTCCGATGTCAACGGTTACATGAAACACTGCCTTGTACTTGTATATCTTACCTGCTCTTTTTCTCCAATACTCTTTATAGAGAGGAAAACCACGACAAAGAAAGTTCTCAAAGAATGCATTTCGGTTACCACCATGTGTGATATGTAGGTATAAATCTGTGCTTACTAATGactctggaaaataaatgttcttagATTGCGTAGCTATGTTTTAATGCATCATTTTATTACCCAGTTGCAGTTTAAGAACCCTGATTCAGATATTTGTTTGAAGTCATCTGATGTAATTTGTTGTGAATTACATAAAACCCAAACTAACAGTTCTCCCAAAACCAAACCTGACCGAAGGTAAAACAGTTTGTAGTGTCAtaagtttgatttgtttgtttgtttgtttctaacaCTGCCTTTTATAGTATAGCCTCATTTGCTACCGTTTTGTACATAGATGAAAGAATTGTGTATTGCTAATTTTACATCAGTGTAaatatgtatagtatatatgcatacattcacaaactgcaaaaataagTTATGGGACTAGTTTAGTCTTCTGGTGGTTTTATTGTACTACGTAggaggtttgtttgttttaaaccatCTACACACAGAACAAGGATATTTTGTAAGTAGGATCTTGAAAACAAGGGAGGCACGGGAGAGAATATTTCACTCTTAGTCATTTCTCAGTGTATACTGTCtcaatattatttgaataatagGGATGCTTACCTGGGGGGGAGCAGATCAGCTTCATCCCATCTCATTGCTATTAAACTGTGTCTGCTCAGTGTTGATAAATAAGctctgattttttatttttattttctttctccccaAAATGTCATTGTTCCTGACTTGTATTATCATGGCATTGTAATGAGTCGCTTTCTTAACATTTATACATAGCAAAGAAACTATTTATTAGGTTTTATTTGTCCAGGGGCAAAATTGAATTACCCAACAGTCATTCAAAAACTGGTCCCACACAGACATCTTCATCTTTAGCAAACTTGTGTTGTGCACAGCGCTTGGCTCTGATATTGTGCTatgtagattatttttaaatgagaataaaGTTTCTTGTTATTGGTTTGAGGTTTAAAGTTTTGGTTTCTATAATCTAAATTTACTGTACTCCTGCGGtttatcattttcaaatgttatttgtatatttacatttaaaatgttaatagtgaatttgtattttaaatttttacataaaatacccACTTAATATATTTATCGATTTCTGTAGttcagaagttttatttttgtaatctgCTTTACttttgagctctcttatggttATGTGTTTGGAACTTGTTTTTAAGTACAATTTCACTTTGAGAGAAAGTGCCACATTACATTGAATAATTACAAACCCATCGCTTGAAgtgtttcacacattttttgaTTGTTCGGTTCATTCTatttgaaggcttttttttttttttttattcaatgccCAGTTTCCACTGCTGCCAATTTCCAGGTGTAACAAAGCTCACTACAGGGTATAGTTCTAGgacttttctatttttgtttgacTATAACACATTTCCAGCTACACATTATAAATTCACATAGCCAGCCAGGGCAGGCAGCTCTGCACAAGAGAGACTCCCTCTCCTTGTTAAACGTAGATTCATATGACAAGCGattacaagacaaaaaaaagtagacaattatttgcaaaatacaaattaattaatcccTTAGTAAAGTATGAGAcgtttgttgttatttttttatgcatgtGATTGCGTAAATTGGAGGGGAAAGAAATGCTATTTACAATAAAGTAAATTCAAAAATTGAACCCATCttagaaaaatgtgtttattttaagcaaatCACTATAAAAGACCATGACACTAGGGTTGTCATCTGAgctttaaaagtaatacaatctagaagaaaaaaagaatcgAGCTAATTAGTTATGTGTCCTGTATTCTCGTAATTGTGGAATTCCAGTGATCAAATGTAAATTAGATTCGGCCGCACCTGGCCTTAACCAGCTGAGCTGTACGTCAAAATACATAGTGGAATGTAGGCTTACATTTTGGGTTAATCGCAAGACCTTGTCTAAAGACCCAGTACGAGATTTATTATTGCACTTAGCATGTGGATGGAAGCACAAGCATTTCGTATTGCTAGTTCtagctaaaaacaaaaagcaaaccgCTGAACTTCTATAGCTGCGATGTCAATTTAAGCATTTTACGGCACTGCGTGGTGCACTAGATATGTTCTGGCTGCTGTGGTAATTGGAATCAATTAAAAATGGCTTTGACACAGAAACACTCGAGGGTAAACCAGGAACGGCCTATGAATTCAATGATGAAGTGCAGAATGTCGTGGTGCTTTttcatttagtctttgttttgtctttttaatataatcatctccataaacattttcaagcataaaacaaattatacattgcAAACTTTTTTTGGCACTCGCCTGTCTTTCTGTTATTTAGTGAAATCagacaattaaacaatacaatctgACGCATGGTGAAGTTGGGATGTTGAAACCAACAGTCTTTTTGTCCTAGACTTCTAGCTTGAGAATATaactacataaaaacaaaatcctttttcTCTGCTATACCATTAGTAAAATATGTATCCAATGCCTGATTATACttacaa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Function

GO:

id name namespace
GO:0006351 transcription, DNA-templated biological_process
GO:0002088 lens development in camera-type eye biological_process
GO:0009408 response to heat biological_process
GO:0043565 sequence-specific DNA binding molecular_function

KEGG:

id description
K09414 HSF1; heat shock transcription factor 1

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU109835 lncRNA downstream 4627 26892476 ~ 26895336 (-) True G87992
TU109836 lncRNA downstream 4627 26892476 ~ 26895336 (-) False G87992
TU109817 lncRNA downstream 99248 26798091 ~ 26800715 (-) True G87980
TU109775 lncRNA downstream 198847 26674078 ~ 26701116 (-) False AMCG00021719
TU109689 lncRNA downstream 462070 26432144 ~ 26437893 (-) True G87884
TU109958 lncRNA upstream 489603 27409423 ~ 27409711 (-) True G88095
TU110025 lncRNA upstream 700000 27619820 ~ 27620091 (-) True G88153
TU110026 lncRNA upstream 707300 27627120 ~ 27631668 (-) True G88154
TU110029 lncRNA upstream 715084 27634904 ~ 27636720 (-) True G88157
TU110070 lncRNA upstream 1183510 28103330 ~ 28103666 (-) True G88190
AMCG00021724 mRNA downstream 75665 26805040 ~ 26824298 (-) True AMCG00021724
AMCG00021719 mRNA downstream 181455 26701108 ~ 26718508 (-) True AMCG00021719
AMCG00021716 mRNA downstream 243879 26643754 ~ 26656084 (-) True AMCG00021716
AMCG00021709 mRNA downstream 333025 26564206 ~ 26566938 (-) True AMCG00021709
AMCG00021710 mRNA downstream 427748 26440655 ~ 26472215 (-) True AMCG00021710
AMCG00021725 mRNA upstream 26352 26946172 ~ 26946690 (-) True AMCG00021725
AMCG00021731 mRNA upstream 84661 27004481 ~ 27009904 (-) True AMCG00021731
AMCG00021732 mRNA upstream 134223 27054043 ~ 27064071 (-) True AMCG00021732
AMCG00021736 mRNA upstream 276272 27196092 ~ 27202305 (-) True AMCG00021736
AMCG00021735 mRNA upstream 316754 27236574 ~ 27261351 (-) True AMCG00021735
TU109676 other downstream 745588 26152105 ~ 26154375 (-) True G87871
TU109647 other downstream 803179 26091254 ~ 26096784 (-) True AMCG00021700
TU109596 other downstream 991958 25905444 ~ 25908005 (-) True G87806
TU109433 other downstream 1493425 25403650 ~ 25406538 (-) True G87674
TU108932 other downstream 3561479 23338251 ~ 23338484 (-) True G87263
TU110132 other upstream 1861982 28781802 ~ 28783281 (-) True G88242
TU110186 other upstream 2149381 29069201 ~ 29071760 (-) True G88288
TU110330 other upstream 2810257 29730077 ~ 29742808 (-) True G88405
TU110482 other upstream 3417763 30337583 ~ 30424612 (-) True G88527
TU110615 other upstream 3958028 30877848 ~ 30888212 (-) True AMCG00021820

Expression Profile