RNA id: AMCG00021899


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00021899
length 5002
RNA type mRNA
GC content 0.36
exon number 11
gene id AMCG00021899
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030130.1
NCBI id CM030130.1
chromosome length 39556810
location 36465786 ~ 36501828 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

CAGGCAGGAAATCATGACACTTTcgtaacaaaacaacaagattTGCAGTTTGGTAATTTGCAGCCTTTACATCCGGGTTTCGGTAGTATGGTGTGCGCTTGCTATAGTTTGCCTACACACTCTGTTACACCCCTATGAATTTGAATAGCACATTCTCAGGCCTTCCAGTTTCAGACAGTTACAACGAACGACAACGGAGAAAAGCCGGGGAGGGAGTGAGCTTTATCACAGCAAAGTGCAGTGTAACGCCGATATGGCGTCTGCTATGGGTTGTACGACTTTGAGAAAAGATGATGTAAATTACAGGTTGCATTTCCGTATGATTAATGAGCAGCAAGTGGAAGATATCACCATCGAATTCTTCTACAGACCACATACCATCACCCTGCTAACCTTTACTATTGTCAGTCTTATGTACTTTGCATTTACCAGaaATGATTCGGACCCAGATAGCAATCTCTGGATTGGCCTAATTTTagtgatttctttctttcttatcaTCAGTGTTTTGGCCTTTCCAAACGgTTTGAGTGTCCTCTATTTCCTCTTCTTGGTGTTCATTATCTTTCTGAACTGGGAACAGGTGAAAGGGCTGATGTACTGGCTTGACCCCAACCTGCGCTATGCCACTCGTGAGGCTGATGTCATGGATTATGCCGTAAACTGCCATGTCATCACCTGGGAACGCATTCTCAGCCACTTTGATATATTTGCCTTTGGACACTTCTGGGGTTGGGCAATGAAGGCCCTTCTGATTCGAAGTTACGGCCTGTGCTGGACAATCAGCATAACCTGGGAGCTGACAGAGCTGTTCTTCATGCACTTGTTGCCCAACTTTGCTGAATGCTGGTGGGATCAAGTTATTCTGGACATCCTGCTATGCAATGGAGGGGGCATCTGGCTAGGAATGACTGTGTGCCGATTTCTGGAAATAAGGACATACCACTGGGCAAGCATCAAGGACATTCACACCACAACAGGGAAGCTCAAGAGAGCAGTGATGCAGTTCACTCCAGCCAGCTGGACCTATGTGCGCTGGTTTGACCCCAAATCATCTTTCCAGAGGGTGGCTGGGATATATCTTTTCATGATAATCTGGCAGCTGACAgagttgaatacatttttcctgaaacacatttttgtattccaAGCCTGTCATGCTCTGAGCTGGTGCAGGATTCTCTTCATAGGAATCATTACAGCCCCTACTGTACGGCAATATTATGCTTATCTCACTGATACACAATGCAAGAGGGTTGGAACTCAGTGCTGGGTGTTTGGGTCTTCATTACTTTCCTCTGTTTGTATGGAATGGTATGGTATGCAGAACGCTCAGGCCAAAGGCAAAAAagCCTTTCTGAATGTGAAGATTTCAACTACATTGACTCATCCGGTTTCCACACTGAATACTTCAAAGGTGAAAAGGATACTACACATACGTCAAGACGGAAGAAAGGATCATCAAAAGCCAAGGTCTCTAATGGATTCAGTGGGAAGAAGTAAGAGGACCATGTCTGCAGAGATGCCAGACTGCCTAAACAGACTGGGTAAACAGTAAAGGAACTCgaagagaaacagaaagcaatGTGTTCAGACTCACTTTTGGAGCACAGTTATCAGGTAGAGAGCAAGTTGAAGGGAAATCTGAATAAGGATAAGCAAAAAAGAATAAGGCATTGAGAAGTCAAGGGCTGGTTCCTTTCACAGGGGCACCTTTAAGCTGAGGACAACAGTTCTTAAACAGTTCATAAacttacaattaatacatttgttagtGTGTTCAGTTTCCTTCAGTCATCTGATGATAAATCAGTGTGTGAtgcttatttcatattttacttttttaatttgatgtagtgacatttaaaaaggtttgaTTGAATTTCCAGTTTGACACAGTTGTGACTGGTCATTTCTCTTTTAGACTCATCACAGCAAAGCACATGCTTTATGCACTTTCTATTTGctaacctctctctccctctctagcTTTTAGAATTCTAGGTTTTGCACCccatttcttccaaatacattttttttaatcatttcacGTTCACTGAAAAACTATTAGACAGCCAACTGAAGTTTGGATATTTTATAAGATACaaagattttttaaaaaaaaatttagttcactgaaaaaaaaacttaaaaatgaatgtatttgacTAAAACAACCTAAAACAACTTTGAAAGGCAGGTTAATTCTTCAGCAATTTCAAGTACTTGTGTTAGTCGTAACTGTAAATAGTGTGTGGTGATTAGTACAGACAACTGGTGGGATATTATGTTATTATGAGGTTATGTAATCATATTAAGAGCACTGTTTATGCCAAAACAAAAGCTCTGTTTAGTGTTACTGCCCGTTTACATGTTAAAATGAAGCAGACTTTACCTCACTGTCCTTCTAATGTTGTGCATACAGTCCAAAAACATGAAGCCTGAATTCTGAAACCTGATTcatagatttaattaaaaaattgtcATCCCAGCGTTTCCCTAGACTTTTTCCTACATTTTGACAGAACAGTTTTCATTTGATCCACAAGCAAACTGTAAAAGTAAAGGCACTGTCACAAAATAAGGTTTTACTCTTAGCATGTTCACACATTCTTTGCTCAATTCAGATTTGTGAATATCAGCACATAAAACTAATCTCACAATTAACTTTTCATGTAGTCACATTATTCATAAACAAGTAATGAAAACAGGTGTTACAATCTTCCAGTCATAGAGCACTGCTTATTGCTTAGAACTGATTTTCTTACCTTTGAGAACAATCATTGACCATAGTTAAATCCCTGTAAAATGCCCTGTCAAACCGATGCAgggattattaattaattatcacaCCAATTActggtaaaatacaaatgtttccaTGTAATCTATGACCattattcagatatttaaaaataaataaattaattaattaaaataaatcaataacaacaaatctgattattttctttcagttagaacatttgacattattattattattattattattattagttatgtATTCTTGGAACCCTTTCTTATCAGTGTATTTGACTGTAGGCAAGCATGTCGATTTTTAAGGATATGTTTCAATAAATCAGTAGCTGATGTGTTGATTACATAATAATTCACTAGATCCACTTTCTGTATTGTCTTGATTGACTGCTTGCAGTTTCCAACTGTACACACAGTGGGCAGTTTGTTTGAATTCACCCTTTAATCTCAAAGTGCCTGATCCATAATCAAACGTGTGGCAGTCGGGcagcttttttttctggttACAATTATAATGTGTGCTGTTCTGCAGCTTCTATTTGATTAAGACACATGGTTTGTATTGGAACTGTTACAAATCTATCTTCAGCATCATGGTGTGATATGCGGCCTGTTTTACTGTAAAGTAGTTGGGGTAGCACAATGAACATTTACAAGAAATAATATAAGGCAAAGCTATCATTACAGAGGTGTGTTAAAGTAGCAAACACAAGTAATAATGCCCTAACTCATTGCACAGTGTCAGGAATGGCagagtaaaaaataatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatacagatacacatatatatatatatatatatatgtgtgtatctgtatgtatatataagaaaataagcATTTCTTATAAACATTATGCTTTATGgctaaaactaaaatgaagaGTTCAGATCTAAACTGGACAGCAAATCATTGCTGTGATTTCCATTAGGTTAAACGTAGCATTTTGTTGTGGGGTGTAGTGATAATCATAATTGTAGCTCCTGAGATGCATCTATTAGTCTTTTAAGCtattaagcttttttttaacacaatctcaataaatatattgtgtatactTTGAATCTGTGGTGCATTTTCTaggcaaaaatgttttttatgttttattatgttggGGTAAGCAAAGAGCAACAACCTGCATTGGGTTTTATtccttgtttgcttgtttgttatattttcaCTGCAGCTCCcattacaataacacattttgttcaaCATTAGAAGTCGGTGGTGACCTTCTAGATGCACACGACAGTGTAAATAAAGGGGACATGATTTTGATGGAATAAAGTGAAGAGGGGTGAAGGTACAGTACAGGATATTGTGTGGCTTTGCTCCCTCTGctgtttaaaacacttttttaatgtttttccagtttttgtgCATGATATGAAAAATGCTGTCATCAGATTGTAATTACATTATCACTGTATGATCACCAAGTAGAAATTCACATCAagaagctgttttttgtttgtttttgttttaaaagaaaattgttttactttatgCATGTAACCAAGGCAAGGATAAGGTCAATCTGATGAAATCTTTGTAAAACTTAAATCAAAAACCTGAAACCTGTTGAGAAGTGATGCTAAAAAGAACATGGATTACTGATGGTAAAGGCTTTTTAAAAGACTtgagtgttattgttttttactaCTCTTTTCATAATATGGCATACAGGGTGTGTGCCAATGATATAAAGCAATGtactgtgttttccttttttgtatttgggtttTGAAGAGTCTGCAGTCTGGTTTTATCAGGGTTTGCTGGTCACTGATGTTTCTTAGAAATTAAAGGATTTTATCATTCAAATGTTTGATATAGTTTAACTGGTTGTGTTTATGAAGAATACCAGTGATAATCCTCTGATACATGGTCAGTCATACAGACCATactttataatataatgtacagaAGCAGGTAATATTCACaacagttaagaaaaaaaacagtcccttttaagtatttgtattgtgtggatctttttttttttttttcgctctCAAGATTTAAGTAAAGGAGTCACATAAAAGTAAAGTACATACACAAGGGGCAGTAAACCTGACCAGCAACAAAATTGGGTTAATGACTGTGACTGTATACTCAGGAAAATACAAATGAGTTTGTAATGATTAagtgactttaaaataaatttatgaaaatcattatatttttcttttttgttgtttttta

Function

GO: NA

KEGG:

id description
K08729 PTDSS1; phosphatidylserine synthase 1

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU111470 lncRNA upstream 49945 36414644 ~ 36415841 (+) True G89342
TU111455 lncRNA upstream 217365 36247059 ~ 36248421 (+) True G89329
TU111386 lncRNA upstream 270184 35860916 ~ 36195602 (+) True G89280
TU111411 lncRNA upstream 495320 35963758 ~ 35970466 (+) True G89298
TU111393 lncRNA upstream 564610 35900643 ~ 35901176 (+) True G89285
TU111575 lncRNA downstream 9361 36511189 ~ 36511500 (+) True G89430
TU111590 lncRNA downstream 60179 36562007 ~ 36562413 (+) True G89443
TU111595 lncRNA downstream 93891 36595719 ~ 36615546 (+) True G89448
TU111601 lncRNA downstream 153128 36654956 ~ 36659244 (+) True AMCG00021900
TU111620 lncRNA downstream 222284 36724112 ~ 36725391 (+) True G89465
AMCG00021893 mRNA upstream 452131 35984055 ~ 36013655 (+) True AMCG00021893
AMCG00021894 mRNA upstream 578533 35864749 ~ 35887253 (+) True AMCG00021894
AMCG00021886 mRNA upstream 872448 35579959 ~ 35593338 (+) True AMCG00021886
AMCG00021884 mRNA upstream 1247655 35200245 ~ 35218131 (+) True AMCG00021884
AMCG00021880 mRNA upstream 1290018 35108615 ~ 35175768 (+) True AMCG00021880
AMCG00021900 mRNA downstream 148404 36650232 ~ 36657721 (+) False AMCG00021900
AMCG00021911 mRNA downstream 1618496 38120324 ~ 38121572 (+) True AMCG00021911
AMCG00021910 mRNA downstream 1635294 38137122 ~ 38142159 (+) True AMCG00021910
AMCG00021912 mRNA downstream 1893978 38395806 ~ 38397674 (+) True AMCG00021912
AMCG00021914 mRNA downstream 2353998 38855826 ~ 38865619 (+) True AMCG00021914
TU111415 other upstream 498402 35964571 ~ 35967384 (+) False G89299
TU111425 other upstream 498402 35964571 ~ 35967384 (+) True G89299
TU111226 other upstream 1202249 35211133 ~ 35263537 (+) True G89142
TU111156 other upstream 1424498 34926553 ~ 35041288 (+) False AMCG00021881
TU111747 other downstream 1619429 38121257 ~ 38151049 (+) True G89578
TU111748 other downstream 1619429 38121257 ~ 38151049 (+) False G89578
TU111805 other downstream 2316044 38817872 ~ 38822685 (+) True G89632
TU111914 other downstream 2898696 39400524 ~ 39408261 (+) True G89728

Expression Profile