RNA id: TU109837


Basic Information

Item Value
RNA id TU109837
length 7263
lncRNA type inter_gene
GC content 0.35
exon number 8
gene id G87993
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030130.1
NCBI id CM030130.1
chromosome length 39556810
location 26896725 ~ 26906365 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

gGAGTGGCAGGTGTAGCTGTAACCAGTATGCACATGGATTCTACTGGAGGAGACCACCCTGGtgccagcacacacacacattctgcagGTGTAGTGGACCAACACAGTTCAGTCATTCATACGGAGTCACCCTTTACAGGAGATCCCCTGGTCAGCATGGCTCAGTCAGATTCTACTGTTACAGCAAATCCACGTGACATTCATGATCGTTTAAGCAATCCAGGAACTACTTCTGCTACAGAGCCAGCTGtttccgTCGGTGAACAGTACATCACCTCTGGTCAGGGTCCTGAAGGTACACAAAATGTGGAACTGGAGGATACCTGCTGATTTTCACATTAAACCTCGTGTCAAGATTTTGCGTTACAGCCTTGCATGTACAGACCAAACTGCCTGGAGGAAGAACAGCAGTGACCCAGCTTCTGAATAGTACAATGTTTTCttgaatgttgtttgttttatgtggttctttaacatatttaaaaacaaaatagtttcttTTCTGCATATGGACTTTCCTGCCAGGTCGTATGAGGTCCTTCATAAGAGGAAAAGGACAACAATATTACTAATTGATCAGCATACGTTTCAGTGGCAGAGGACAGGTGTTTCATTCAAAGCCTAAAGTTATCCtgcttttggggaaaaaactaaacaaaaacataatgctgtacaaatgcacaaattaataaaagttaaaaatatcaaagctttattgttttgcaatgtgTGCAAGTACTGTATTAATTTTGTTAGAACATATGTCAGTGATTCCAGTGTAacaaactgtaaatgtatgtccttttaaaacactttacaataaaattAACAGTATCTATTTTGAAtagaattgttattttttcacgTTAAAAAACATAAGGCACTActgcaacaaaaaatacatatgaaatgtaCAAGCATGGCCGAGCTTCCTAAGTAATATGCATTGTGGAAGAACTAGATTTGCtataaacattgaaaacaagcaTGTTCAGAATATGTTGTTGAATATGATTTAAGTAGctgctataaaataaaacaacaacaatcaattTACATATATAGCCATTTATTGACCAATCAATAGCAGCATATACAGTTTCTTTCTTATTGCAGAAGCCCTTCTCAACATATTTAGTAAAAGAAGagacatcaacaacaaaacctCTTCTTCAAAGACTTCACCAGGAATCCTGCATCTGTGGAATATTTATAGCTgccattatttatattgttgaaaaaacaaaatgaaggaaCAGAAAACAAGATTGCATACTGTTTTGCTACATAACACATCAACATGGAGCTATTGCTGACTGTTCTAGAACAGCGGTttccaaaccggtcctggacagccctgctgcttttttccccagctaaattgcttaatttaatccttaattgtactaacaatgcaatatatggttcaattaagtaattaagagctcggttggaacaaaactcagcagggcaggggcgactccaggaccggtttgggaacgcCTGTTCTAAAAGATTCTTTAGTAAAAGCCAAACTGTTTAAGGTAGGGTGAAATATAAAAGTTTGGTAATATTTATCtatatgttatttgtttatttgttttacaacaagattattttatttgtatttttaattaaaggggACCCCACCTACAAGCTTTGGCTATAGTcaaagtgtaaatatttatacattacacaaatataaaccTGACTGCAGACAAAACGTTGAACAGAATTTGttaattagtaaaaaaaaagcagtttcaTCCACATTCCTCACAAACAAGAATTAGCAACAGGATCGGCATTCTGAGAGGAATCGTGGCATGTTTACTGCAGAGAAGTGAATGTTTTTCCGAACAAGAGAGTAACTGGGACCAATGGACATACTTCCATACATGCACCTTCCACACCTCCTTGTTGTGGGTTGCTTGCACTGTTATAGTAACTATGTGCTATTCTGTGCATTATATCTTGTTTTTACTTTGAAGGATTCATATAGTTGCCTTACATACCATCTAGAGTATgcagcctttttatttttgacagattAATGCCTACTGAACTACATGGATTTTGTCTTAGTGTTTTAGCAGACcaatattgtgatttaattgatAGGAAACTGAtttttcagcaaaacaaaacaacaaaacaaagaaacaaaaaaataatcaagaaGGAAATATCTTAGGGCAGAGAATCGATTTGGAATATAAGAATGGGATTATACTAATATTTCTCTTTAAGTGGGAAACTATGCATGCACACTGAATATTACCTAAGTGTTTTAAACACCTCCCTAAAAATGTAATGAGTTGTTATCTATGATTTTCCAGATGCAGTTTTACAATAGTCTTTCATTCACTTGTACGTCAAGTGTATCTCAAACATCATTTTGGGAATAGAGGATGACATCAAAATATTTCAACCTCAGTATTTGGCCAagcaatagaaaacaaaacattagtgGTTGGGGCAATTTCCATTTTACAGCTGCAGGTGTTACTTTCTGGTCACCAAATTATCACCTGGTGTACAATCGGATCCAGATTTCCAAGCACAACAGCGTTTCAAATGAATACAGGGCCCCTGCTCAAAATGCATTGGGATAAAAATCAAGGCAATACAACTCTCCCATGTCTAGACCAGTAATCATACAAGCTCATCAATAAACACTGCCTTCTGAAATGCTGACTTTCCACATTCTAAAAGGTAGAGTAAGAGAATGCTAATATACACATGAGATTAGCCTGTTGCTCCGAAGCATGATGGGAAGGGCTTAGATATTTATCTGGGAAAATGCTGCCAGATGCTGGGAGTCACCTCTTCTCTTTTTTGGTAACAGATAATAGAAATTAaactatgtatataaacaaGAACATGGCTTCAGCTTGTGAACACCAAGATATAATGTAATATCTGAATATATCGAAGGCCTGTTGTGCTAAAATAAGTGTCCCATGAAGGACAATCGTCAAAGATCGTGCAACACTAACACTGACCTCCTATGCCATTCTGTAAGCTGACTGTGCTCTCTCTGATTCTTCATGTAATCTTTGGAAGTGAAGTTTTAGTTTTGAAGGAAACCtttgtgtcatttgttttttaaataatgtctaGGTTACATGGCTTTTACTTGCTAACATATATTCATTCAGTTTGGTTAAGGTTAAGGTTTCTGTATTTTACCCTAAATGATCAATCTCTTGCTGTATTCTCATAATCAGGCAAGCTCAAGTTATtctgaaataagaaatacaaataaacaaacttgaAAGAAATCAAGCGACACTAtctctgtataaaataaactttacttGAGATCTACATTAGATGTCAGATTTTTGTGTAACAAATCTAATACCacaaacaataaagtaaaaaactgtagtttgcagtttatttactttcatACCAACATAACTCTCCTGGATATGGCCGTTTAAGGCGTAACAAACTAAACTGATGTGGAGAGATCATGAAATTGATGATGCCTTCAACTACACGGGAGTGAAGACAAACGGGTGTCTAGCAAAGCTTGTTATACATGGCAGCAACCcacacagtatgtatataaatgtataaaatctcTCCTGCAAAACTATACATGATAAATACGTTTTTCTatttcctattaaaaaaaatcttaaccACAAAGTAATGTGCTTTTCTACATACTGCTTAGGCTATGAAATGTATTGCTTACTAACAACAGCCAAACACAACAATCTTTACATCCTAGAACTATTCATCGTACAAGGAATAGTTACACAGCAACTCTTattagaatatttaatttaaaattaaattacacacatataatgtgacttgttttgtgatttgtaaGTATAATCAGGCATTGGATACATATTTTACTAATGGTATAGCAGAgaaaaaggattttgtttttatgtagttATATTCTCAAGCTAGAAGTCTAGGACAAAAAGACTGTTGGTTTCAACATCCCAACTTCACCATGCGTcagattgtattgtttaattgtctGATTTCACTAAATAACAGAAAGACAGGCGAGTGCCAAAAAAAGTTTgcaatgtataatttgttttatgcttgaaaatgtttatggagatgattatattaaaaagacaaaacaaagactaaatgaaAAAGCACCACGACATTCTGCACTTCATCATTGAATTCATAGGCCGTTCCTGGTTTACCCTCGAGTGTTTCTGTGTCAAAGCCATTTTTAATTGATTCCAATTACCACAGCAGCCAGAACATATCTAGTGCACCACGCAGTGCCGTAAAATGCTTAAATTGACATCGCAGCTATAGAAGTTCAGcggtttgctttttgtttttagctaGAACTAGCAATACGAAATGCTTGTGCTTCCATCCACATGCTAAGTGCAATAATAAATCTCGTACTGGGTCTTTAGACAAGGTCTTGCGATTAACCCAAAATGTAAGCCTACATTCCACTATGTATTTTGACGTACAGCTCAGCTGGTTAAGGCCAGGTGCGGCCGAATCTAATTTACATTTGATCACTGGAATTCCACAATTACGAGAATACAGGACACATAACTAATTAGCTcgattctttttttcttctagattgtattacttttaaagcTCAGATGACAACCCTAGTGTCATGGTCTTTTATAGTGatttgcttaaaataaacacatttttctaaGATGGGTTCAATTTTTGAATTTACTTTATTGTAAATAGCATTTCTTTCCCCTCCAATTTACGCAATCacatgcataaaaaaataacaacaaacgTCTCATACTTTACTAAgggattaattaatttgtattttgcaaataattgtctacttttttttgtcttgtaatCGCTTGTCATATGAATCTACGTTTAACAAGGAGAGGGAGTCTCTCTTGTGCAGAGCTGCCTGCCCTGGCTGGCTATGTGAATTTATAATGTGTAGCTGGAAATGTGTTATAgtcaaacaaaaatagaaaagtcCTAGAACTATACCCTGTAGT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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko04950 Maturity onset diabetes of the young

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU109792 lncRNA upstream 79443 26813030 ~ 26817282 (+) True G87962
TU109790 lncRNA upstream 85858 26808257 ~ 26810867 (+) True G87961
TU109766 lncRNA upstream 158842 26720909 ~ 26737883 (+) True G87942
TU109760 lncRNA upstream 183249 26710217 ~ 26713476 (+) True G87939
TU109703 lncRNA upstream 327577 26565508 ~ 26569148 (+) False AMCG00021707
TU109874 lncRNA downstream 151009 27057374 ~ 27057611 (+) True G88024
TU109875 lncRNA downstream 153817 27060182 ~ 27060389 (+) True G88025
TU109876 lncRNA downstream 155454 27061819 ~ 27062090 (+) True G88026
TU109877 lncRNA downstream 157198 27063563 ~ 27063951 (+) True G88027
TU109893 lncRNA downstream 232462 27138827 ~ 27139443 (+) True G88043
AMCG00021722 mRNA upstream 30848 26849878 ~ 26865877 (+) True AMCG00021722
AMCG00021721 mRNA upstream 51848 26836840 ~ 26844877 (+) True AMCG00021721
AMCG00021720 mRNA upstream 93740 26784119 ~ 26802985 (+) True AMCG00021720
AMCG00021718 mRNA upstream 145137 26750431 ~ 26751588 (+) True AMCG00021718
AMCG00021717 mRNA upstream 196484 26687100 ~ 26700241 (+) True AMCG00021717
AMCG00021726 mRNA downstream 47792 26954157 ~ 26978899 (+) True AMCG00021726
AMCG00021729 mRNA downstream 94752 27001117 ~ 27002570 (+) True AMCG00021729
AMCG00021730 mRNA downstream 104504 27010869 ~ 27011910 (+) True AMCG00021730
AMCG00021728 mRNA downstream 105557 27011922 ~ 27024907 (+) True AMCG00021728
AMCG00021727 mRNA downstream 119782 27026147 ~ 27054066 (+) True AMCG00021727
TU109668 other upstream 699649 26152068 ~ 26197076 (+) False AMCG00021703
TU109403 other upstream 1530748 25276776 ~ 25365977 (+) False AMCG00021682
TU109135 other upstream 2718735 24174509 ~ 24177990 (+) True AMCG00021656
TU108421 other upstream 5660645 21235070 ~ 21236080 (+) True G86861
TU108415 other upstream 5665237 21229852 ~ 21231488 (+) False AMCG00021561
TU110128 other downstream 1871950 28778315 ~ 28778733 (+) True G88238
TU110172 other downstream 2154522 29060887 ~ 29065339 (+) True G88276
TU110265 other downstream 2472210 29378575 ~ 29382273 (+) False AMCG00021779
TU110267 other downstream 2472210 29378575 ~ 29382273 (+) False AMCG00021779
TU110433 other downstream 3361037 30267402 ~ 30394221 (+) False AMCG00021803

Expression Profile