RNA id: TCONS_00010749


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00010749
length 247
lncRNA type inter_gene
GC content 0.36
exon number 2
gene id XLOC_004828
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007123.7
NCBI id CM002896.2
chromosome length 49182954
location 31568188 ~ 31568526 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CATAACGTatgatgtatttttaaatgaaattctaCTCATCACCCTAAAGAACCAGATTCTGAAGAACCTGCAGAACACAGTGAAGAACCCTCAGAACCCAATACTGCATCAGCTCTGTCAAAGAGCTTTCCTCTAATTGCAGCATGTGTTATGAAAGCTATCTGTGTGGCTGTATTTGAATACGAATCCATTCATTGATGTAACATTTAGCTATATTTAAGCTACATATCCTAcatttatattaagc

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00010748 lncRNA upstream 291849 31275759 ~ 31276339 (+) True XLOC_004823
TCONS_00009525 lncRNA upstream 615496 30933851 ~ 30952692 (+) True XLOC_004820
TCONS_00009520 lncRNA upstream 841235 30726312 ~ 30726953 (+) False XLOC_004818
TCONS_00009514 lncRNA upstream 905336 30661601 ~ 30662852 (+) True XLOC_004816
TCONS_00010747 lncRNA upstream 917162 30636385 ~ 30651026 (+) True XLOC_004815
TCONS_00010750 lncRNA downstream 14850 31583376 ~ 31603515 (+) True XLOC_004829
TCONS_00010955 lncRNA downstream 40363 31608889 ~ 31612734 (+) False XLOC_004830
TCONS_00010956 lncRNA downstream 40513 31609039 ~ 31612911 (+) False XLOC_004830
TCONS_00009535 lncRNA downstream 47998 31616524 ~ 31622501 (+) False XLOC_004830
TCONS_00009536 lncRNA downstream 57035 31625561 ~ 31629607 (+) True XLOC_004830
TCONS_00009531 mRNA upstream 12184 31537604 ~ 31556004 (+) True XLOC_004827
TCONS_00009530 mRNA upstream 34098 31494830 ~ 31534090 (+) True XLOC_004826
TCONS_00009529 mRNA upstream 92074 31460877 ~ 31476114 (+) True XLOC_004825
TCONS_00009528 mRNA upstream 129606 31422557 ~ 31438582 (+) True XLOC_004824
TCONS_00009524 mRNA upstream 758017 30789611 ~ 30810171 (+) True XLOC_004819
TCONS_00009532 mRNA downstream 40379 31608905 ~ 31612987 (+) False XLOC_004830
TCONS_00009533 mRNA downstream 40382 31608908 ~ 31631132 (+) False XLOC_004830
TCONS_00009534 mRNA downstream 47886 31616412 ~ 31631297 (+) False XLOC_004830
TCONS_00009538 mRNA downstream 69519 31638045 ~ 31707939 (+) False XLOC_004831
TCONS_00009537 mRNA downstream 69519 31638045 ~ 31707939 (+) False XLOC_004831
TCONS_00009527 other upstream 359637 31208436 ~ 31208551 (+) True XLOC_004822
TCONS_00009526 other upstream 372238 31195826 ~ 31195950 (+) True XLOC_004821
TCONS_00009521 other upstream 811603 30726424 ~ 30756585 (+) False XLOC_004818
TCONS_00009507 other upstream 1058789 30509283 ~ 30509399 (+) True XLOC_004810
TCONS_00009491 other upstream 1356742 30207213 ~ 30211446 (+) False XLOC_004802
TCONS_00009554 other downstream 348417 31916943 ~ 31917052 (+) True XLOC_004837
TCONS_00009570 other downstream 1383256 32951782 ~ 32951896 (+) True XLOC_004848
TCONS_00009582 other downstream 1892296 33460822 ~ 33467729 (+) False XLOC_004852
TCONS_00009593 other downstream 2406616 33975142 ~ 33980080 (+) True XLOC_004859
TCONS_00009609 other downstream 3313251 34881777 ~ 34881895 (+) True XLOC_004869

Expression Profile

//