RNA id: TCONS_00010956


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00010956
length 497
lncRNA type sense_over
GC content 0.41
exon number 7
gene id XLOC_004830
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007123.7
NCBI id CM002896.2
chromosome length 49182954
location 31608889 ~ 31631297 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CTTCGTTTCAGTTTGATTGTTGTTCTCCACGTTTTGTTCTCCACGTGCAATTTGGTTTTGTGGGCTGATGATTTTTATAATTCCTTGTTTCAATTGGTGCCTGCCAACTCCAGTTCCAAATGAAAACTGCCGTTATCGAGTGGCATTGACTCCTGGTAAAGAAAATATTGATTGCTTTGGAAATAAGATGGAAAAATACCCAATCTGCAGCTCTGGCAACTCTACGCCATCATGCCAGATCAAAGAGGGAATTGGAGAGACTTGTATTCAGTGGAGAGCGGACATCAAACTAAGATGTGTAAAACACTCTACCCATGATTTTATTGACCTTAAGGAATCAAAGTGTGCCCTTGACCAACAAcctaACAGCTGCAATGGAGAGTACAGATctgGACCTGTGGATTCAAATTCTGCATCAACCCTGTCAATTGGTAAGACTATAAAACTAAAAGGCCTTCCAATATGCCTTGGGACTGCTATATGGGTTACACTATTGG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00010750 lncRNA upstream 5524 31583376 ~ 31603515 (+) True XLOC_004829
TCONS_00010749 lncRNA upstream 40513 31568188 ~ 31568526 (+) True XLOC_004828
TCONS_00010748 lncRNA upstream 332700 31275759 ~ 31276339 (+) True XLOC_004823
TCONS_00009525 lncRNA upstream 656347 30933851 ~ 30952692 (+) True XLOC_004820
TCONS_00009520 lncRNA upstream 882086 30726312 ~ 30726953 (+) False XLOC_004818
TCONS_00009535 lncRNA downstream 3613 31616524 ~ 31622501 (+) False XLOC_004830
TCONS_00009536 lncRNA downstream 12650 31625561 ~ 31629607 (+) True XLOC_004830
TCONS_00009551 lncRNA downstream 170217 31783128 ~ 31786395 (+) False XLOC_004835
TCONS_00009552 lncRNA downstream 170218 31783129 ~ 31784148 (+) True XLOC_004835
TCONS_00009553 lncRNA downstream 182120 31795031 ~ 31818605 (+) True XLOC_004836
TCONS_00009531 mRNA upstream 53035 31537604 ~ 31556004 (+) True XLOC_004827
TCONS_00009530 mRNA upstream 74949 31494830 ~ 31534090 (+) True XLOC_004826
TCONS_00009529 mRNA upstream 132925 31460877 ~ 31476114 (+) True XLOC_004825
TCONS_00009528 mRNA upstream 170457 31422557 ~ 31438582 (+) True XLOC_004824
TCONS_00009524 mRNA upstream 798868 30789611 ~ 30810171 (+) True XLOC_004819
TCONS_00009534 mRNA downstream 3501 31616412 ~ 31631297 (+) False XLOC_004830
TCONS_00009538 mRNA downstream 25134 31638045 ~ 31707939 (+) False XLOC_004831
TCONS_00009537 mRNA downstream 25134 31638045 ~ 31707939 (+) False XLOC_004831
TCONS_00009539 mRNA downstream 25134 31638045 ~ 31710590 (+) False XLOC_004831
TCONS_00009540 mRNA downstream 60677 31673588 ~ 31689685 (+) True XLOC_004831
TCONS_00009527 other upstream 400488 31208436 ~ 31208551 (+) True XLOC_004822
TCONS_00009526 other upstream 413089 31195826 ~ 31195950 (+) True XLOC_004821
TCONS_00009521 other upstream 852454 30726424 ~ 30756585 (+) False XLOC_004818
TCONS_00009507 other upstream 1099640 30509283 ~ 30509399 (+) True XLOC_004810
TCONS_00009491 other upstream 1397593 30207213 ~ 30211446 (+) False XLOC_004802
TCONS_00009554 other downstream 304032 31916943 ~ 31917052 (+) True XLOC_004837
TCONS_00009570 other downstream 1338871 32951782 ~ 32951896 (+) True XLOC_004848
TCONS_00009582 other downstream 1847911 33460822 ~ 33467729 (+) False XLOC_004852
TCONS_00009593 other downstream 2362231 33975142 ~ 33980080 (+) True XLOC_004859
TCONS_00009609 other downstream 3268866 34881777 ~ 34881895 (+) True XLOC_004869