RNA id: TCONS_00010957


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00010957
length 347
lncRNA type antisense_over
GC content 0.50
exon number 2
gene id XLOC_004841
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007123.7
NCBI id CM002896.2
chromosome length 49182954
location 32170468 ~ 32186567 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GACAGGTTAaaggatttgtgtggaacccaacattgtttacagtGCTGCACTGAATGCCAGAAGCAAGAGCCCACCGCTGAGCAGCAGGAGCCCCAGAATGGAGATGATGGAGCCATGGCTGTTGAAACTGTAGGCCACAGCAGTGACTGTGACACCGATGATCAGCAGAACCACAGCAAAGGGAAAAGTACAGCAAGAACACGAGTCCTCCGCTCCTCCAGTGGCTGTGCTCAGATCTGCGGCATTAGGCTTCAATGCAGGAGGATCAGAGCTCAtggttcagttcagttcactGCTGCTCTTTATTGATGATGCCGATGATGAAGAGACTGATGGTGATCATAGTA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00009559 lncRNA upstream 88325 32078068 ~ 32082143 (+) True XLOC_004839
TCONS_00009553 lncRNA upstream 351863 31795031 ~ 31818605 (+) True XLOC_004836
TCONS_00009551 lncRNA upstream 384073 31783128 ~ 31786395 (+) False XLOC_004835
TCONS_00009552 lncRNA upstream 386320 31783129 ~ 31784148 (+) True XLOC_004835
TCONS_00009536 lncRNA upstream 540861 31625561 ~ 31629607 (+) True XLOC_004830
TCONS_00009566 lncRNA downstream 215517 32402084 ~ 32416844 (+) True XLOC_004845
TCONS_00009567 lncRNA downstream 245047 32431614 ~ 32495365 (+) False XLOC_004846
TCONS_00010958 lncRNA downstream 245075 32431642 ~ 32501829 (+) False XLOC_004846
TCONS_00010960 lncRNA downstream 245091 32431658 ~ 32526346 (+) False XLOC_004846
TCONS_00010959 lncRNA downstream 245091 32431658 ~ 32526346 (+) False XLOC_004846
TCONS_00009560 mRNA upstream 5241 32159272 ~ 32165227 (+) True XLOC_004840
TCONS_00009556 mRNA upstream 24487 32073660 ~ 32145981 (+) False XLOC_004839
TCONS_00009558 mRNA upstream 80132 32078056 ~ 32090336 (+) False XLOC_004839
TCONS_00009557 mRNA upstream 84863 32073670 ~ 32085605 (+) False XLOC_004839
TCONS_00009555 mRNA upstream 100712 32020121 ~ 32069756 (+) True XLOC_004838
TCONS_00009561 mRNA downstream 13084 32199651 ~ 32265169 (+) True XLOC_004842
TCONS_00009562 mRNA downstream 105997 32292564 ~ 32374156 (+) False XLOC_004843
TCONS_00009563 mRNA downstream 136531 32323098 ~ 32361245 (+) False XLOC_004843
TCONS_00009564 mRNA downstream 182007 32368574 ~ 32374156 (+) True XLOC_004843
TCONS_00009565 mRNA downstream 202293 32388860 ~ 32390444 (+) True XLOC_004844
TCONS_00009554 other upstream 253416 31916943 ~ 31917052 (+) True XLOC_004837
TCONS_00009527 other upstream 961917 31208436 ~ 31208551 (+) True XLOC_004822
TCONS_00009526 other upstream 974518 31195826 ~ 31195950 (+) True XLOC_004821
TCONS_00009521 other upstream 1413883 30726424 ~ 30756585 (+) False XLOC_004818
TCONS_00009507 other upstream 1661069 30509283 ~ 30509399 (+) True XLOC_004810
TCONS_00009570 other downstream 765215 32951782 ~ 32951896 (+) True XLOC_004848
TCONS_00009582 other downstream 1274255 33460822 ~ 33467729 (+) False XLOC_004852
TCONS_00009593 other downstream 1788575 33975142 ~ 33980080 (+) True XLOC_004859
TCONS_00009609 other downstream 2695210 34881777 ~ 34881895 (+) True XLOC_004869
TCONS_00009621 other downstream 2920008 35106575 ~ 35107998 (+) True XLOC_004876