RNA id: TCONS_00009566


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00009566
length 542
lncRNA type antisense
GC content 0.44
exon number 4
gene id XLOC_004845
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007123.7
NCBI id CM002896.2
chromosome length 49182954
location 32402084 ~ 32416844 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GATTTTTCTTAAATTGCGCATGCTCGCTAACTTTATGAGTCTGTAGGATGTCCCATCTGTTGATTTTCAGCTCTGAAGTGTGCTCAACAACAACTTAGAGATCCTctgtAAGCGACTGGCGTTGTGCAGCCTATTGTGTGTGGCTAaaggtaaatgtgtgtgtgaggtggaTGGGTTTGTGGGTGCCAAAGGATTGGAATACTTGATGAATTCAGTGAATATCCTGTGATTGCCATTAACAGATGTAATGACCACAAACGCAAGCAATAAAAATCCAGCCACAGCACCAAGACCAATGAACACGTTCCGAAGACTCGACTCTGGACCATctCATGTGTCGGGTGTTAACCAGCGACCCGTCATTGATTTCTGGTCTTATTCCAATCAAGTGACACATTAGAGGGTAAACGTTGACTGTCTCAAATGGTCCAACCAACAAGTTCCTGTGAAAATCTGGTCCCACTGCCCTGAAAAAAGGCTTCATGTCCATCACTTCATTGTCATAGCCATGTTCTCCTTTATTGTTCTGGAATACGTAGAAC

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000161279

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00010957 lncRNA upstream 215517 32170468 ~ 32186567 (+) True XLOC_004841
TCONS_00009559 lncRNA upstream 319941 32078068 ~ 32082143 (+) True XLOC_004839
TCONS_00009553 lncRNA upstream 583479 31795031 ~ 31818605 (+) True XLOC_004836
TCONS_00009551 lncRNA upstream 615689 31783128 ~ 31786395 (+) False XLOC_004835
TCONS_00009552 lncRNA upstream 617936 31783129 ~ 31784148 (+) True XLOC_004835
TCONS_00009567 lncRNA downstream 14770 32431614 ~ 32495365 (+) False XLOC_004846
TCONS_00010958 lncRNA downstream 14798 32431642 ~ 32501829 (+) False XLOC_004846
TCONS_00010960 lncRNA downstream 14814 32431658 ~ 32526346 (+) False XLOC_004846
TCONS_00010959 lncRNA downstream 14814 32431658 ~ 32526346 (+) False XLOC_004846
TCONS_00010961 lncRNA downstream 14844 32431688 ~ 32467321 (+) False XLOC_004846
TCONS_00009565 mRNA upstream 11640 32388860 ~ 32390444 (+) True XLOC_004844
TCONS_00009562 mRNA upstream 27928 32292564 ~ 32374156 (+) False XLOC_004843
TCONS_00009564 mRNA upstream 27928 32368574 ~ 32374156 (+) True XLOC_004843
TCONS_00009563 mRNA upstream 40839 32323098 ~ 32361245 (+) False XLOC_004843
TCONS_00009561 mRNA upstream 136915 32199651 ~ 32265169 (+) True XLOC_004842
TCONS_00009569 mRNA downstream 312626 32729470 ~ 33245236 (+) False XLOC_004847
TCONS_00009571 mRNA downstream 621913 33038757 ~ 33245236 (+) False XLOC_004847
TCONS_00009572 mRNA downstream 734402 33151246 ~ 33251465 (+) True XLOC_004847
TCONS_00009573 mRNA downstream 903660 33320504 ~ 33336787 (+) False XLOC_004849
TCONS_00009574 mRNA downstream 904040 33320884 ~ 33332997 (+) True XLOC_004849
TCONS_00009554 other upstream 485032 31916943 ~ 31917052 (+) True XLOC_004837
TCONS_00009527 other upstream 1193533 31208436 ~ 31208551 (+) True XLOC_004822
TCONS_00009526 other upstream 1206134 31195826 ~ 31195950 (+) True XLOC_004821
TCONS_00009521 other upstream 1645499 30726424 ~ 30756585 (+) False XLOC_004818
TCONS_00009507 other upstream 1892685 30509283 ~ 30509399 (+) True XLOC_004810
TCONS_00009570 other downstream 534938 32951782 ~ 32951896 (+) True XLOC_004848
TCONS_00009582 other downstream 1043978 33460822 ~ 33467729 (+) False XLOC_004852
TCONS_00009593 other downstream 1558298 33975142 ~ 33980080 (+) True XLOC_004859
TCONS_00009609 other downstream 2464933 34881777 ~ 34881895 (+) True XLOC_004869
TCONS_00009621 other downstream 2689731 35106575 ~ 35107998 (+) True XLOC_004876

Expression Profile

//