RNA id: TCONS_00009568


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00009568
length 179
lncRNA type lincRNA
GC content 0.44
exon number 3
gene id XLOC_004846
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007123.7
NCBI id CM002896.2
chromosome length 49182954
location 32431614 ~ 32526346 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TCTCAAGAGTGTTCAACAGCAGAGGTGAAACTGAAAGTTAACTCCATCAAGAGCAGCGCTGGTTAACCAAGTACAAGGCATCTAATGTGAAACGTTGAAATCATCACTGaACATGAGTTCAGCTGAGAGAGCAGCCTGTCTCTTCCCCTCACATTGGCAGCTTGACATTATCAGGAAAT

Function

GO:

id name namespace
GO:0044424 obsolete intracellular part cellular_component
GO:0005813 centrosome cellular_component
GO:0005815 microtubule organizing center cellular_component
GO:0032153 cell division site cellular_component
GO:0032155 obsolete cell division site part cellular_component
GO:0015630 microtubule cytoskeleton cellular_component
GO:0005622 intracellular anatomical structure cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000153264

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00009566 lncRNA upstream 21253 32402084 ~ 32416844 (+) True XLOC_004845
TCONS_00010957 lncRNA upstream 251530 32170468 ~ 32186567 (+) True XLOC_004841
TCONS_00009559 lncRNA upstream 355954 32078068 ~ 32082143 (+) True XLOC_004839
TCONS_00009553 lncRNA upstream 619492 31795031 ~ 31818605 (+) True XLOC_004836
TCONS_00009552 lncRNA upstream 653949 31783129 ~ 31784148 (+) True XLOC_004835
TCONS_00010751 lncRNA downstream 387679 32881905 ~ 32976291 (+) False XLOC_004847
TCONS_00010966 lncRNA downstream 845989 33340215 ~ 33341296 (+) False XLOC_004850
TCONS_00010752 lncRNA downstream 846229 33340455 ~ 33343285 (+) False XLOC_004850
TCONS_00010967 lncRNA downstream 847152 33341378 ~ 33343226 (+) True XLOC_004850
TCONS_00009580 lncRNA downstream 944626 33438852 ~ 33439421 (+) True XLOC_004851
TCONS_00009565 mRNA upstream 47653 32388860 ~ 32390444 (+) True XLOC_004844
TCONS_00009562 mRNA upstream 63941 32292564 ~ 32374156 (+) False XLOC_004843
TCONS_00009564 mRNA upstream 63941 32368574 ~ 32374156 (+) True XLOC_004843
TCONS_00009563 mRNA upstream 76852 32323098 ~ 32361245 (+) False XLOC_004843
TCONS_00009561 mRNA upstream 172928 32199651 ~ 32265169 (+) True XLOC_004842
TCONS_00009569 mRNA downstream 235244 32729470 ~ 33245236 (+) False XLOC_004847
TCONS_00009571 mRNA downstream 544531 33038757 ~ 33245236 (+) False XLOC_004847
TCONS_00009572 mRNA downstream 657020 33151246 ~ 33251465 (+) True XLOC_004847
TCONS_00009573 mRNA downstream 826278 33320504 ~ 33336787 (+) False XLOC_004849
TCONS_00009574 mRNA downstream 826658 33320884 ~ 33332997 (+) True XLOC_004849
TCONS_00009554 other upstream 521045 31916943 ~ 31917052 (+) True XLOC_004837
TCONS_00009527 other upstream 1229546 31208436 ~ 31208551 (+) True XLOC_004822
TCONS_00009526 other upstream 1242147 31195826 ~ 31195950 (+) True XLOC_004821
TCONS_00009521 other upstream 1681512 30726424 ~ 30756585 (+) False XLOC_004818
TCONS_00009507 other upstream 1928698 30509283 ~ 30509399 (+) True XLOC_004810
TCONS_00009570 other downstream 457556 32951782 ~ 32951896 (+) True XLOC_004848
TCONS_00009582 other downstream 966596 33460822 ~ 33467729 (+) False XLOC_004852
TCONS_00009593 other downstream 1480916 33975142 ~ 33980080 (+) True XLOC_004859
TCONS_00009609 other downstream 2387551 34881777 ~ 34881895 (+) True XLOC_004869
TCONS_00009621 other downstream 2612349 35106575 ~ 35107998 (+) True XLOC_004876

Expression Profile

//