Fish Transcriptome and Expression Database

RNA id: XM_043223784.1

Basic Information

Item	Value
RNA id	XM_043223784.1
length	19432
RNA type	mRNA
GC content	0.43
exon number	19
gene id	LOC122327810
representative	True

Chromosome Information

Item	Value
chromosome id	NC_056699.1
NCBI id	CM032068.1
chromosome length	31761587
location	31634401 ~ 31661603 (-)
genome version	ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome
species	tiger barb (Puntius tetrazona)

Sequence

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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Notice the +/- strand.
Display format: symbol/gene id: RNA id. (Except when gene id is similar to RNA id.)
You can browse transcripts by dragging.
A more detailed transcript can be viewed by the zoom button in the upper right corner.

Neighbor

RNA id	RNA type	direction	distance	location	representative	gene id
TU12122	lncRNA	downstream	6402	31626970 ~ 31627999 (-)	False	LOC122349752
TU12127	lncRNA	downstream	6402	31626970 ~ 31627999 (-)	False	LOC122349752
TU12118	lncRNA	downstream	7986	31622674 ~ 31626415 (-)	False	LOC122349741
TU12105	lncRNA	downstream	7986	31625931 ~ 31626415 (-)	False	LOC122349741
TU12106	lncRNA	downstream	7986	31625931 ~ 31626415 (-)	False	LOC122349741
XM_043245898.1	mRNA	downstream	4381	31626903 ~ 31630020 (-)	True	LOC122349752
XM_043245889.1	mRNA	downstream	7717	31622873 ~ 31626684 (-)	True	LOC122349741
XM_043237501.1	mRNA	downstream	31960	31595831 ~ 31602441 (-)	True	glb1
XM_043236147.1	mRNA	downstream	39106	31591137 ~ 31595295 (-)	True	cldnd1b
XM_043236111.1	mRNA	downstream	61780	31561981 ~ 31572621 (-)	True	tacr3l
XM_043233764.1	mRNA	upstream	66485	31728088 ~ 31734933 (-)	True	best2
XM_043233726.1	mRNA	upstream	78182	31739785 ~ 31745699 (-)	True	get3
XM_043233753.1	mRNA	upstream	84359	31745962 ~ 31750050 (-)	True	rnf11a
TU12124	other	downstream	4429	31626970 ~ 31629972 (-)	False	LOC122349752
TU12119	other	downstream	7986	31622674 ~ 31626415 (-)	False	LOC122349741
TU12112	other	downstream	8578	31622674 ~ 31625823 (-)	False	LOC122349741
TU12077	other	downstream	80366	31550186 ~ 31554035 (-)	True	G8089
TU12079	other	downstream	96985	31532069 ~ 31537416 (-)	True	G8091

gene	XLOC_000007 f7
RNA	TCONS_00000019
bioproject	PRJEB12982

ornamental fish

Basic

Function

Jbrowse2

Neighbor

Expression

RNA id: XM_043223784.1

Basic Information

Chromosome Information

Sequence

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

Expression Profile

copyright 2021-present@Lab of Aquatic Bioinfomatics, Institute of Hydrobiology, Chinese Academy of Sciences