RNA id: TCONS_00000077


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00000077
length 791
lncRNA type retained_intron
GC content 0.31
exon number 2
gene id XLOC_000039
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 1896737 ~ 1899848 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

gacagatagacagatagacagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagacggaccgacggattaatggatggatggatggatggatggatggatggatggatggatggatggatggatggatggatggatggatggatggatggacgggtggatgggtggatagattgatggatggatagatagataggtaactGAAGGAAAAACTGATGTaacaatagaaaaataaatacaagtaatACATGATTTAATACAACAGGATTAAActcaataaaataattgaaatatctaggtcaataaattaattatttgtaattattatgtttttaatccatattttattatttaaactgtaatttttatttgtttttctatttatttaagcatttattgTTATATTGATTTCTGTTTTTCTATTTACTTATTACcgtattgatttatttacttatttatttgtatgttaatttattttagctTGGTTAGGATTaaatataattcaaaataaaatttatctgtaatatattatatgtgtatattatgtattatatataggTGCAGTCCTCTCCAGTCAGCAGAGAACATAGCAACAGAATTACAGTCTCAAGTAGCAGTCCAGGCCTTTGCTTAGATTTCTGGGTTATGCTGAGCATTTTAGCAGGTGGAGGAGCTCTTCTGCTTCTCCTATTATCTGTTCTCATCTGCTGTGCATGTCGAAGTTATGGTCAACACAAGAAGAACCA

Function

GO:

id name namespace
GO:0016020 membrane cellular_component
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-091204-469 Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Orthologous to human CD2 (CD2 molecule).

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000139418

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00000073 lncRNA upstream 106386 1790772 ~ 1792523 (+) True XLOC_000036
TCONS_00000071 lncRNA upstream 167425 1730392 ~ 1731484 (+) False XLOC_000036
TCONS_00000065 lncRNA upstream 193029 1705130 ~ 1705880 (+) True XLOC_000035
TCONS_00000064 lncRNA upstream 207884 1690047 ~ 1691025 (+) False XLOC_000035
TCONS_00003013 lncRNA upstream 279595 1617203 ~ 1619314 (+) False XLOC_000034
TCONS_00003015 lncRNA downstream 101873 2001716 ~ 2005632 (+) True XLOC_000043
TCONS_00002808 lncRNA downstream 123566 2023409 ~ 2023645 (+) True XLOC_000044
TCONS_00000101 lncRNA downstream 396748 2296591 ~ 2299546 (+) True XLOC_000048
TCONS_00003016 lncRNA downstream 1818823 3718666 ~ 3720603 (+) True XLOC_000053
TCONS_00000113 lncRNA downstream 2698217 4598060 ~ 4680477 (+) True XLOC_000056
TCONS_00000075 mRNA upstream 48805 1838164 ~ 1850104 (+) True XLOC_000038
TCONS_00000074 mRNA upstream 83249 1805294 ~ 1815660 (+) True XLOC_000037
TCONS_00000072 mRNA upstream 102077 1789357 ~ 1796832 (+) False XLOC_000036
TCONS_00000066 mRNA upstream 167345 1712140 ~ 1731564 (+) False XLOC_000036
TCONS_00000063 mRNA upstream 192750 1689775 ~ 1706159 (+) False XLOC_000035
TCONS_00000078 mRNA downstream 4576 1904419 ~ 1911381 (+) True XLOC_000040
TCONS_00000079 mRNA downstream 16124 1915967 ~ 1923253 (+) True XLOC_000041
TCONS_00000080 mRNA downstream 41188 1941031 ~ 2000357 (+) True XLOC_000042
TCONS_00000081 mRNA downstream 125242 2025085 ~ 2027100 (+) True XLOC_000045
TCONS_00000082 mRNA downstream 201698 2101541 ~ 2129631 (+) False XLOC_000046
TCONS_00000069 other upstream 105538 1718611 ~ 1793371 (+) False XLOC_000036
TCONS_00000070 other upstream 166583 1719207 ~ 1732326 (+) False XLOC_000036
TCONS_00000068 other upstream 175752 1717697 ~ 1723157 (+) False XLOC_000036
TCONS_00000067 other upstream 180382 1712153 ~ 1718527 (+) False XLOC_000036
TCONS_00000061 other upstream 323346 1575483 ~ 1575563 (+) True XLOC_000032
TCONS_00000094 other downstream 290857 2190700 ~ 2214397 (+) False XLOC_000046
TCONS_00000098 other downstream 372418 2272261 ~ 2288773 (+) False XLOC_000048
TCONS_00000099 other downstream 375762 2275605 ~ 2275742 (+) True XLOC_000049
TCONS_00000100 other downstream 387006 2286849 ~ 2299546 (+) False XLOC_000048
TCONS_00000102 other downstream 402115 2301958 ~ 2302623 (+) False XLOC_000050

Expression Profile

//