RNA id: XR_006252504.1


Basic Information

Item Value
RNA id XR_006252504.1
length 5767
lncRNA type inter_gene
GC content 0.40
exon number 5
gene id LOC122357607
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056700.1
NCBI id CM032069.1
chromosome length 25613461
location 14091564 ~ 14098847 (+)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome
species tiger barb
(Puntius tetrazona)

Sequence

TTTACATAGTGTATCTTTGacatgattttaatttattacactcTGGCAATGGTAATAcgaacagacagaaaaaaaagaatgtgagGATTAGGTGTCTCTCTCTTAGATCTGCTATCTGTCATCGCCAGGTTAACTTCTTTATGAATCAGTCTCCTCAGGCTGTTTTTAGAGCAGAGAGGGGAGCATGTATATTTAAGCTTGTGCCGCTTTTTAAAGGAAACTTTTGCCGTGTTAACAAGATCATTTTCATTACTTTGCATTTTTGGAATATCTAGCCaacagaaagatttttttttcaaatagcaGGTGTCACACTGCCGCAGCCGTCAGGATCATTCCCACAACAGAGAAAGCTAGCACTGAGCAGAGAAAGCTAGCACCGAGCATgtcagattaataaatatttgacaatatgttttttttccttagtCATGCCAATAACTATTTGTCATCAATGAAGCAGAAGAAACCAGGTCACAGGCAGTAGTAAAGATGATTTATGACAAAGTAACAGTCAGTCCTGTTTTAATGGTTCCTTGGCCTCATGCAAGACAAGAAAGCATTGATCTGGCTTTTACGACAAGTTAACCTCTCAGGAATGAGTGTTAATAGATTTTGAAACAACTATTAatagcaaataaaacatttatggcCACAGTATTTTATGCACGGAGCAAAAATCAATAGATGTTTAATGAAATTTAGCTTGTGCAACTATTAACAGCAGTTTCAGAGATGGATTATTGTGGTTAGGATTTGAGCGCTTACTGACTCAAATGTGGAGAAAGGTTGCAGTGGCGTTTCGAAACGACCCTGGTAAAAGAGAGAAGCAAGAGAATAGTCGCTAGCAGATTGCTGCATCTGGTGTTGGCCTCTCTTGTCACTGAAATGCCAGTCCTCACGGTTGCTATGCCGCTGTATCAAAGCGGAGGATGGCGCATGGGAAGGATTGTGGGAATGTAAAGCTGCACAGCAAACAGAGGGTCACCCAGCCAGATTCAAACAAACTCGTCTAGCACTCCTATTCATTCAAAAGTTCAATCAGTCACCATGGATACCTTCTCTCCTAATGAGTTACAAATGTTTCAGTTGATGTTGATTGAATTGTTTTACCAGCCAAGGATGTTTATTGGAGTCACTGGGATTTGAACTGGCTGTGATGGATAAGCTTTTTCTATTGTTCTTGGGTTTTTAGCATGTGTAATATTAGAGAAGTTACAGACTAATTTGTTtaaatcctttctttctttatacAGAAAAGGCCTTGTTTAAAGTCTAATTACACTAAAACAAATTAGTGCAGAAACCAAATTTTAGcttatttcacacaaaaaccTAACTCAAATTCACGGTATATGCATTTTGTCATTCTGTTCTTAGTGACGAATTATCAGTTGATGTGTTGTTCATTTTCCAAGTAtgcaaatacaatacaaaaataattggaaaataaaaatactcttTCAGTCTTttgattagaatttttttttaattatttgtgatatTAACAGCAATATCTGAGTCGAAGTAGCTTCAGATAAATCCTACACCAAATTGGTGttgtaaatatgtttgtgtcTTGCCATGTGACCCCATTTAAGGTCTTCACTTTGTGTTGACATGTACGTTTCGGTTACATCTTGGAAACATTTTCTgtgggggaaagaaaaaaaccttaaacCTTTCTGTTATTGAACGTTTAGTCAGATTTAGCCCTgtcaaaaactgttaaaaatgactCTGCTCATTTAACCCAGAATTCCTTCCTTGGTGGCTTGTCTGTCACCAATTATATCTCTCTGTTTATTCTTTGACAAGTTAATTCACATGCATGTGGACCGACAGTGAAGGCTTGTGGATCTTTCCCATCACACTTAAAACACAGCCGACCACCCTCTCCTCTCTCAAGTAGGCTTTTCACAGAGGCTTTAGGAAACTGTTTAAGGTATTTGCCCTTTTTTCATCTATTCAACTGCAGCAGGCAAATCCTGGGAGGCAGAACCTGTTGATATCCCATAAGGGGCTTATATGACTCATCGTAGCCTAGATGCAACATGCTTGTTATTTGAACAGCTGCATCTCCACTCCACACTTTTATCAGGCCCATTGTGATCCTGCCATCCTGCGCTTTTCCTACTTGTTCGGAAAGCTCTTGACAAACCTACCAAAAATTGGTCATAGAACAGACGGCTAGACAGTTTTTTGGGTGGAGGCTCGGTACTAAGGTGATTGTGATTCTCATTGCGCTTCAGTGTTTCGAGATGAAGATCTGGTGTTGTTGGACTTCGTTCAGAAGTATTAGAAATCGCTTGCACTAAGCTGTTATTTAACGGCAGCTTGATGGATGAGGCGCACACACGTACCTCCTCACACCTCATCTGGCCGAATGCATTCCTCATGCAATTAGTCCTTCTGAAGTTGCTTATTAGTTGGATCTCTTCTTTGTGGATAAGTCCTTTCACTGAACTGTCACAGCTCCTGGACAAGCCTCTCCAATCCACAGCCATTTACAAATGAATGGGGCACCATGCAAACCAAACAGAGCACATCCTTTTCCTGCTCTTTCACATCTTTGGTGAAAAGGAGGGGGGAAAACTCAATTTGTATTTGCGCAGACCATAAACAAACATCGGTCAGATCAAATGAGGCATTCAGAGCCTGAAGAAAGGTCAGAGAGAAAGGGGAGGGAGAGATAGAAGAGGGATTGAAGGAGGTGCAGAATGGAACTCTCCCAGTGCCAATTCACAAGCTCTGGGCTTTTATGAGGGTGTCAGTTCTGTTGTCAGACTGACGATGTAGAGAAACAAGTCAATGTGAGGGCGGAGGACAGCACACCTTCCTCAGGTACCTGCAATGTGACCGTAAACTAACCAGCACCTTTAGAGACTGCCGGGGCCACAGCCAAAGCACCTTTCCCGCATGAAACCTAGAGCGCCAGTGGTTCTGCAAAGTTTTTTATGACGAACAGAGAGTTCCTTCAAAGAGAACTCAAGTTCTTCAAAAGAGCATTCAATTGCATGCACTGTTCAAGAGATGACTATGGCTacataaaattaatgaaattctAAGTTGGAAAAAATCATTAGCATGGCATGAGTTATAATTATGAGAAGTCTTTTGTATGATATGAGAAATAATAACCATGATATGGTTTTGCATTGTcttgctgaaatacacaaggccTTCCCTGAAATAGACTTCGTCTGGAGGGGAACATATGTTGCTTTAAAACTTTACCTACCTTTTAGAATTCATAGTGCCTTCCAtaacatgcaagctgcccataccCTATGCGCTTATGCACCCCCATACCAGCGTGATAACACACTGGAAGGAATTAAGATAATTTCCAACAAGGATATAAAATTTGGACTTGTCTGACCATAGAACACTTTGAAAcggttcattttaaatgtgcagatCTGCAAATGGCACCGCAGACTGTGTTTGCCGACTGTGGTTTCTgaaagtattcctgggcccatttattaacgtcaatgacagaatcatgttGAAGAGTGATGCAGTCTGAGGGCCTTGAAGATCACAGGCTTCCAACACCTACGGCCTTGTCCCTTACGCACATTTCTGCAGTGTCTCTGAATATTTTGATGATGTTGCCCTTTGCAATTTGAtgttgagaaatgtttttttttttttttttttttttttaattattacacagTATTTTTACACATCTTTCACTGATTGGAGAGCCTCTGCCTCTCTAAGACatcccttttatagctaatcatgttacagacctgatgtctGTTAACCTAATTAGTCGCTAGATGTTCTCCTAGCTGAATCTCTTAAAAAATCTTTTCCTTTTAGCCCTCTGCTGCCCCCGTGCCAACTTTTTTGAGACTTGTAGCAGGCAGCAAATTTGAAATAAGCTCTTTAAGTAGacaaaagtgtaaaatttcACTTTATCTAACCATCTGTCTGTCAGACAGATGGACGTCTGGAGGCCTGGTTGGTccattaatttgaatatattcatgttcgcgatataaaaaaaatctgcttttaacCATTCTTAAACAGTTAATCTTTCTAATCTTAGATATATtcatctattttaattaaaattggtttcaatttaaatataggAACATTTCTGGCTTCATAGCTGACTAAAAACTACTTTTCCCAAAACTCTCAGCAGTGGATGACATCACTCTGCGTGTTTGTCTAAGTGCTTCAGTTGAAGCAGTCAGTCCAGCAGCCGATGGCTGTCACAGTCGCCTGCCAAACACACTCCATATTCACAATGCAGTTTAATTAATGACATCACTAAAAGGTTTGGTGCAATGAAGTTTGCATCTAGTTCAATTTCCTAAGTGCCTCTGTATCCCTTTCTAAGCAACAGCAACAGAGTGAGCCATCAATAATGCACCCCCAAAAGAGGAGGCCAGCTACAGCGAGCGGCACCAAACTCAGTAGATGGGATTGTCAAAATGAGAAGATCCGTACAGGATCCAGGTGACGGATGAAGAGCGAACAGTAATTCACCTCATTAGTCCTTCAAAGAGCAGAGCAGAGTTTAATCAGGACTCTCAGAGATAATGTGCTGGAAAAGGAGACCAGCCGCTCTTGGGTGTGCAGTGAtttataaaagtgattttctgCCAGACTGATGCCTGAGGTCTGAGGTCTTGTGAAGCCCTCAAGTGGTGAGgcctCTCCATCCCTCTGATGAAGCACTTAGCCCACTTCTATTTATAGCAGCAAGAGCGGCACGATCGATTATTCAACCTGACTCTGATTCTGCCTTCTCATGAACTGTTATTCAATAACCACGGATAAAATTAGACATTGCCATCCTGAGGGGACAAATGGCActgagcgaaagagagagattgTAGAATGTATGGCTGTGAATAGCAGGTCGAGATTTCCTTGTCTCGATAGGCTGCAGTCGAAAAAACTTCTGCATCCTGCACAGCTGGACAGCAGTACCTGGATGTGTAGCTAACATGAAGCAGCACTTCCTCTGTTTCGCTTTTCATTGCGGAAACGGCTACGAGAAATAAACAAGGCACAGACAGACATAAAAGAGACTGGAGTTAATGGTTACCTCTGCTGCACTCTTGTCTAATCATGCCCCTTTAtcagtataaaaatacaaattcccATTGCCAAAATGACGGTTGCCTTTTCCTTTAAGCTGGCAGTAAATTTTATTGAAACAACTGAGATGATTAACCTCTGATAGTATCCTAATGGAAACTCTCTGGCACCTCGCACACGGATTAATGCCAAGAGGAACCTCcaattcataatttttatttgaaatgggaCACCCATCTGCATACGGACTGATGGGTTTGGACAGGGCACTTGCTGTTGAACCGCTAACAGGCTTAGCTTAATGAGATGCAGATGAATGTCAGTGACAAGGCTTAAGACCAGCACCTGTTGTCTGAGGTGCCCTTCATGTCACATACCACAAATGTCGTTTTTTTGTATCTGGCACTAATAATCTAAACTCCATTGATGTTATGTTAATAACAAGCAAGTCTgcctatttatgtatttttattttctgatagtttaaataattgaatcatgtttatttgttatcCTCATTACTGGAGTTATCACTTACACTCATTTCTAGCCTATAACTCTTCAGCGTTTGAAGTGCAGTGGGCTGGCAGTAAATGAACTCGGTGCACCTGCGAGGCGCAATACAACaacaagccagcagagggagccaatgatagaaaaaaaacataataataataataaagcgaTTTAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU17513 lncRNA upstream 23469 14002545 ~ 14068095 (+) True G11820
TU17543 lncRNA upstream 39944 14048717 ~ 14051620 (+) True G11836
TU17521 lncRNA upstream 96191 13994791 ~ 13995373 (+) True G11823
TU17503 lncRNA upstream 174373 13904568 ~ 13917191 (+) True G11812
TU17458 lncRNA upstream 390238 13694319 ~ 13701326 (+) True G11779
TU17582 lncRNA downstream 9308 14108155 ~ 14166955 (+) True G11856
TU17576 lncRNA downstream 32912 14131759 ~ 14150859 (+) False G11855
TU17537 lncRNA downstream 37267 14136114 ~ 14185786 (+) False G11832
TU17538 lncRNA downstream 37267 14136114 ~ 14144277 (+) True G11832
TU17577 lncRNA downstream 41203 14140050 ~ 14164377 (+) True G11855
XM_043224053.1 mRNA upstream 16121 14051753 ~ 14075443 (+) True rbm33b
XM_043256021.1 mRNA upstream 52390 14035516 ~ 14039174 (+) True en2b
XM_043220658.1 mRNA upstream 75669 14009083 ~ 14015895 (+) True htr5aa
XM_043216938.1 mRNA upstream 99240 13951333 ~ 13992324 (+) False si:ch211-207d6.2
XM_043216945.1 mRNA upstream 99240 13965797 ~ 13992324 (+) False si:ch211-207d6.2
XM_043219771.1 mRNA downstream 503 14099350 ~ 14105505 (+) True dnajb6a
XM_043216903.1 mRNA downstream 18639 14117486 ~ 14136011 (+) True kcnb2a
XM_043216912.1 mRNA downstream 40630 14139477 ~ 14141857 (+) True rdh10b
XM_043255093.1 mRNA downstream 53219 14152066 ~ 14153672 (+) True tmem70
XM_043257000.1 mRNA downstream 91622 14190469 ~ 14194710 (+) True pi15b
TU17265 other upstream 1218419 12867983 ~ 12873145 (+) False rnf152
TU17266 other upstream 1218479 12867983 ~ 12873085 (+) False rnf152
TU17183 other upstream 1465177 12623823 ~ 12626387 (+) True LOC122358236
XR_006247863.1 other upstream 1810060 12281372 ~ 12281504 (+) True LOC122328950
XR_006247873.1 other upstream 1810905 12280590 ~ 12280659 (+) True LOC122328989
TU17566 other downstream 76517 14175364 ~ 14179615 (+) True G11854
TU17573 other downstream 76517 14175364 ~ 14179615 (+) False G11854
XR_006252462.1 other downstream 677475 14776322 ~ 14782977 (+) False ackr4a
XR_006252465.1 other downstream 677475 14776322 ~ 14782704 (+) False ackr4a
TU18526 other downstream 2168196 16267043 ~ 16268797 (+) True G12531

Expression Profile