RNA id: TCONS_00010772


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00010772
length 5024
lncRNA type inter_gene
GC content 0.42
exon number 4
gene id XLOC_004961
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007123.7
NCBI id CM002896.2
chromosome length 49182954
location 46046268 ~ 46063763 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AATTGTGTCAGTGGTGCTGCCTTTTATGACTCTGGTGCACTAAGTTGTGATTATGCTTAAACACTTACTTAAACGCTGGTGCTATTGGTAGTGGTTTCGGTTGTTATGGTCTTAGTCGTGGTACTTTCTAGAGTTGCGGTGCCAGCTGTTGTGCTCTCAgttgttgtggtgccagttgtggtgctttctggagttgtggtgccagttgtggtgctttcagttgttgtggtctcagttgtggtgctttctggagttgtggtgccagttgtggtgctttctggagttgtggtgccagttgtggtgctttctggagttgtggtctcagttgtggtactttctggagttgtggtgccagttgtggtgctttcagttgttgtggtgccagttgtggtgctttcagttgttgtggtctcagttgtggtgctttctggagttgtggtgccagttgtggtgctttcggttgttgttgtgccagttgtggtgctttcggttgttgtggtctcagttgtggtactttctggagttgtggtgccagttgtggtgctttcggttgttgtggtgccagttgtggtgctttcggttgttgtggtCTCAGTTGTGGTACTTTCTGGAGTtgctttcggttgttgtggtgccagttgtggtgctttctggagttgtggtgccagttgtggtgctttcggttgttgtggtgccagttgtggtgctttcggttgttgtggtgccagttgtggtgctttctgtTGTTGTGGtggagttgtggtgccagttgtggtgctttctgttgttgtggtctcagttgtggtgctttctggagttgtggtgccagttgtggtgctttcggttgttgtggtctcagttgtggtactttctggagttgtggtgccagttgtggtgctttcggttgttgtggtctcagttgtggtactttctggagttgtggtgctttcggttgttgtggtgccagttgtggtgctttcagttgttgtggtctcagttgtggtgctttctggagttgtggtgccagttgtggtgctttcggttgttgtggtgctttcggttgttgtggtgccagttgtggtgctttctggagttgtggtgccagttgtggtgctttcggttgttgtggtctcagttgtggtactttctggagttgtggtgccagttgtggtgctttctgttgttgtggtctcagttgtggtgctttctggagttgtggtgccagttgtggtgctttcggttgttgtggtCTCAGTCGTGGTACTTTCTagagttgtggtgccagttgtggtgctttcggttgttgtggtgccagttgtggtgctttcggttgttgtggtTTCAGTTGTTTTACTTTCtggagttgtggtgccagttgtggtgctttcggttgttgtggtCTCAGTTGTGGTACTTTCTGGAGTTTTGGTGCCAGTTGTGAtgctttcggttgttgtggtctcagttgtggtgctttctgtTGTTGTAGTttcagttgtggtgctttctggagttgtggtgccagttgtggtgctttcggttgttgtggtgcctgttgtggtgctttctggagttgtggtgccagttgtggtgctttctgttgttgtggtctcagttgtggtgctttctggagttgtggtgtcagttgtggtgctttcggttgttgtggtGTCAGTTGTGGTACTTGCtggagttgtggtgccagttgtggtgctttcggttgttgtggtgccagttgtagtgctttcggttgttgtggtgccagttgtggtgctttctggagttgtggtgtcagttgtggtgctttcggttgttgtggtctcagttgtggtactttctggagttgtggtgccagttgtggtgctttctgtTGTTGTGGTttcagttgtggtgctttctggagttgtggtgccagttgtggtgctttcggttgttgtggtctcagttgtggtgctttctggagttgtggtgccagttgtggtgctttcggttgttgtggtctcatttgtggtgctttctggagttgtggtgccagttgtggtgctttcggttgttgtggtgccagttgtggtggtttcggttgttgtggtgccagttgtggtgctttcggttgttgtggtCTCTGTTGTGGTACTTTCtggagttgtggtgccagttgtggtgctttcggttgttgtggtCTCAGTTGTGGTACTTTCTGGAGTTGTagtgccagttgtggtgctttcggttgttgtggtgctttcggttgttgtggtCTCAGTTGTGGTACTTCCtggagttgtggtgccagttgtggtgctttcggttgttgtggtgctttcggttgttgtggtactttctggagttgtggtgccagttgtggtgctttcggttgttgtggtgctttctgtCACTTGGCTTTCTATTGGTGTTGTTTCTGAAGTGGCGTATTCTGTTTGTGAAAAAGAGAGAGACTcaatatttttgtaacatttcttGTTTTTATCTTATATAGCACAGATCTATTTGTTGGAATAGCCAAGTACACATAATTCAaatcaaaatatgaataaatatgacttttcatgattatattttatgaaTTTACAACCGTATATATCAATACTTAATTTTTgatttaggcgaggcagtggcgcagtaggtagtgctgtcgcctcacagcaagaaggtcgctggttcgagccttggctcagttggtgtttctgtgtggagtttgcatgttctccctgccttcgcgtgggtttcctccgggtgctccggtttcccccacagtccaaagacatgcggtacaggtgaattgggtaggctaaattgtccatagtgtatgagtgtgtgtgtgaatgtgtgtgtggatgtttcccagagatgggttgtggctgaaaggggatccgctgcgtaaaaacttgctggataagttagtggttcattctactgtggcgaccccagattaataaagggactaagccgacaaataaatgaatgaatcatttttaatttgtaatatgcattgctaagaactttaaATGTGGTTTGTATgtgatgtaatttttattttttatttttcaaaagctTTGCATTGTTTTATAAAACTCGGTTTCCAAAAAAACTAGCCCTTATGGTTGGTTTTGTGGTAACATTAGTATTTACAGTCCTGTTTAAGAGTACAACAAACACCTTTATCCTCCACCAGGTGGCAGTAAGAGTGTGCACAACATAACTTTGAATGGTATAATGTACAAGCCCTGCATGCCAAAATCAATACCTTTAACATTTCACACTTGCTTTATGCAGCCTTAATTAtttaagaagaaataaatcacacAGAAAGCATCTTCCAACATAATACATTACCAGTTATTATGTCCATGGTTGTTGTTTCTGTGGTAAACATAGTGTTTGGATTGGCAGTAGTATATGTAGTGTTTATGTTCCTTAcatctgggagaaaaaaaaaatcatggctaCATTTTATATACTGGAATGATTATGATTAACATAAAGGAAAGGGAAatgtaagtatatttatttacctGCACAATATGCCAAAGAGCAGAACTCTGGTTTCACAAACTCATAGACATAAAAACCTCCAGGACAGGCTTTGACTTGAATGGGATTGGACTGGAAATAGCAGCAGTTGTTGCTCCATTGACCGCAGACATCTCGAGAGACCACTCCATCCTCAAGTGTTGGATGTCCTCCGCTCAGCCACAGTGGAGCATGAGTGCCGCAACTGTGCTCATCAACACATGTGTCTGGCATCTGAACACTCTGACCATTAATGAAGAGACGGTACCAGCCGTCCCAGTTAACCTCACAGTCGCACATTATTTCAAAGGAATATTGATTACTGGTGGCTCTCCACGGGTTATCCAGGGCATGGTAACTGGTGCAGGGATCAACAGGAGGAACCACTGTTAAGgagaaattaaatgaatatatcACTGTTGAATTAGTTTAATGCAAAAtacttaaatgcatttaaaactaTTACTGTTTGGTTGGAAAAATTGCAGTTTGCAAAATGTGCATCTGGTGTTTGGTCTTACACTAGTCAAAATGCATTGCAAGTATTCATTGCTTCATGCATATACGTTCACACCATTTACAGTACATCCGTATTTCGAAGATTCAGTTTAACCACTAGTTAAAGTGTGAGTATTTATCAGCTTTGTGCGTTTCAAAACTGCCAACTTGTCTGCATTTGTCTTTCCAGAACTCCTTAAAATCAgcacaatttaattatttaaatttaattattgttaattgTTATTAGTTTAATAATTTAAGATGGCATGCTAACTGACTTTTGCAAGTTGCAAGTAATTTGGACTGGTATCTGAAATATTACCTGATTATTTAAGGCCattgttattgtcattttttagcCAATTGTTTGTAAGTATTGTTGACGTTAAAATGATCCTTGTTTTGGCTTTAATTAAAGTCTAACTGTTGCATATAAGATTCTTTTCTGACATTATTTGCAGATCTACTTTTATCCATGCATTATCCAtgcatttacattatttttagccATCATATTTACTTTTGTTTCTAAAATGAATGCAACTAGCAATCAAAAATGATGCACATCTGCACATTAAACATGCATacaggtttcttttttttttttttttttgcgtgcaAAATGGTAAATATGTATttgatttaacatgttttattaaatagaTTAACACTTTAAATTACCTGTGCTTAGAATTTATTTAAGctacaattcttgctattaataaaccattaaccttctggggtctgaggtgattttagGACCCTTAAGAttttttgacatgccctgacatgtGTTATTTTAGCTACTTATTAGATAGTCCTGGCCAActtgtattttgttttcattaaatttaatataatatcaaCTTGTTTTCACcacaaactgtgctacaataatatgtgagaaatatggATGTACACGCTTGCATTTTTTAGGGGGGAGAAAAGTATGCGTGGTTATTAATCTTTAAATGTGATGAGCTCAGACTGAA

Function

GO:

id name namespace
GO:0016056 rhodopsin mediated signaling pathway biological_process
GO:0050877 nervous system process biological_process
GO:0009314 response to radiation biological_process
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GO:0050953 sensory perception of light stimulus biological_process
GO:0098916 anterograde trans-synaptic signaling biological_process
GO:0007600 sensory perception biological_process
GO:0007601 visual perception biological_process
GO:0009416 response to light stimulus biological_process
GO:0003008 system process biological_process
GO:0006836 neurotransmitter transport biological_process
GO:0030424 axon cellular_component
GO:0099503 secretory vesicle cellular_component
GO:0097458 obsolete neuron part cellular_component
GO:0008021 synaptic vesicle cellular_component

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00011027 lncRNA upstream 87765 45883994 ~ 45958520 (+) False XLOC_004960
TCONS_00011026 lncRNA upstream 124886 45883789 ~ 45921399 (+) False XLOC_004960
TCONS_00011030 lncRNA upstream 155182 45884018 ~ 45891103 (+) False XLOC_004960
TCONS_00011025 lncRNA upstream 317744 45707191 ~ 45728541 (+) True XLOC_004959
TCONS_00011023 lncRNA upstream 346303 45690812 ~ 45699982 (+) False XLOC_004958
TCONS_00011034 lncRNA downstream 24451 46078647 ~ 46102420 (+) True XLOC_004962
TCONS_00011035 lncRNA downstream 134100 46188296 ~ 46231871 (+) True XLOC_004963
TCONS_00010774 lncRNA downstream 488475 46542671 ~ 46543189 (+) True XLOC_004970
TCONS_00009729 lncRNA downstream 629016 46683212 ~ 46693443 (+) True XLOC_004976
TCONS_00010775 lncRNA downstream 981525 47035721 ~ 47036420 (+) True XLOC_004984
TCONS_00009708 mRNA upstream 357332 45676667 ~ 45688953 (+) False XLOC_004957
TCONS_00009710 mRNA upstream 357690 45677293 ~ 45688595 (+) True XLOC_004957
TCONS_00009709 mRNA upstream 359198 45677293 ~ 45687087 (+) False XLOC_004957
TCONS_00009707 mRNA upstream 789074 45238292 ~ 45257211 (+) True XLOC_004955
TCONS_00009706 mRNA upstream 827807 45200744 ~ 45218478 (+) True XLOC_004954
TCONS_00009714 mRNA downstream 332787 46386983 ~ 46391264 (+) True XLOC_004964
TCONS_00009715 mRNA downstream 350111 46404307 ~ 46408636 (+) True XLOC_004965
TCONS_00009716 mRNA downstream 371604 46425800 ~ 46447830 (+) False XLOC_004966
TCONS_00009717 mRNA downstream 389281 46443477 ~ 46447830 (+) True XLOC_004966
TCONS_00009718 mRNA downstream 407894 46462090 ~ 46466474 (+) True XLOC_004967
TCONS_00009703 other upstream 1419278 44626890 ~ 44627007 (+) True XLOC_004951
TCONS_00009686 other upstream 4585651 41460518 ~ 41460634 (+) True XLOC_004935
TCONS_00009675 other upstream 5634603 40411566 ~ 40411682 (+) True XLOC_004927
TCONS_00009671 other upstream 6542607 39503564 ~ 39503678 (+) True XLOC_004924
TCONS_00009670 other upstream 6615968 39430202 ~ 39430317 (+) True XLOC_004923
TCONS_00009724 other downstream 549245 46603441 ~ 46603555 (+) True XLOC_004973
TCONS_00009746 other downstream 829648 46883844 ~ 46937955 (+) False XLOC_004982
TCONS_00009747 other downstream 861175 46915371 ~ 46937946 (+) True XLOC_004982
TCONS_00009795 other downstream 2761964 48816160 ~ 48825502 (+) False XLOC_005016

Expression Profile

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