RNA id: TU188679


Basic Information

Item Value
RNA id TU188679
length 8622
lncRNA type inter_gene
GC content 0.38
exon number 2
gene id G127766
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056716.1
NCBI id CM032085.1
chromosome length 26409628
location 20202748 ~ 20215231 (+)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome
species tiger barb
(Puntius tetrazona)

Sequence

CCGCACGTTTAATGATTGTTGAGATATGATTAAGTGACATTGCATATACAGGATATGAATGTGAATGTATCAAGTGTCTTTACACTATATAAAACTTCATAATAGTGCTCAATACAAATATAGATCGTAAAAACCTTTTAGACGGGACCACTTCTTTGACCATCACAAGGCCATATTTTGCGAAATTATACATGAAATTCAGCATTTCCTTTTCAGGTAGATACTTTTATCTTCtgttttttgaaataaacttCTGGGAGTCGAAGTCGAGAAGCTCGAGGATGGAGTTCATGGCGCATTTTTAGCAAAAATGCAGTGCAGTTTCACAACTTCACAGTCAGAATACGGCCCCTTGCTGGGATTAAATGCGTCGCTATGTTCTTGCAAACAAATACGCCGCTACGTACTAATTTAATCTAGCAAATGAACGGCTTCTGGCTCGACGCGGTGTTCGTTAGAGGAGCGTACGTGAACTGAACGGCCCCACCGACACGTCAGAGCAGGTGCGCACAAAGAAAAGAACGTAGTGAATAAACAGCTGTGCAAACTATACAATAAAGCTTTTCATTCTCCTACTCTGTatgaataaatagatttataaatacatttttttgctgcttttctgTAATTTCCGTGTCTATGCACAGAATGACATCATTTCCAATAATGCCTTGAAAAAACAGATATGTAGATACTCGCAAATAAAAACTAGTTTTGTGATCCGAAACCAAACGAAGGAAACTGAAACGTAAATATTAGTGTCGTACATCTTAGATATACTCCTGATAAAAGCTCTTGATAGATATCTGCACATAAACATGAATCTCTTATGACATGCAGTACAGAAAACATGAATTGGCAAACACAAACGTAATCCAccagatcattttaaaacacaaaagcttgttttttttttctctcccccaAAGAGTTTAACGTAAtagtttaataaacattttaagcgatatctttttttttttttaaaatatacaatttatcaGTCATAGCCTTGTAGTATACAACATTTGATATTTTCTCAGAGGTTTGATATGCACCTGGTTTTCACATGAAGCTACCTGAGCACCAGGCTTGATCACAGTAACACGCTACAGAGTCGCTCTATAGGACCGGACACGATAAAAAGATTGATTCAGGGACGATAAGCCGGGTTAAAGCCGACCCCTGGCTCTAGTTGGTAAACTAAATCTCGCCACCACCCTCTTTCAAAATGCTGTATAAAGTTAGCAAAGTGAGAATGTGCAAAcactttaattgcattaaaacttTGAAGGAAAGACGTCtgctaaaaatgtactcatccTCAGATCCGTCTGATGagtttttcttcatcagaacagatttggagaagaCTTTAGATTTGAATCTTTTTTCGATTTTAAGCCTTTTTGACTTTAAACCTTTGGCCAAAATACAAGTTACAAGTCTAACATCAAAATCCACCTACGCAGCCCGATCTCTGCGTGTTTCTCTGATTCAGACCTGAACCTTTTCTTCGGCGAAATCAACATTATAGATTAAATGATGGGTTtgtttcatacaaacacacagccttGATGTTAAGTGATAAGACTGGAATGATGTGggttacttgtggattactgtgtttatcagctgtttggactctcgttctgacggcacccattcactggcgagcaagtgatgtacagcaatgctaaatttctctgTATCCGTtctgatgattaaaaaaaacctttttggaTACATCTTTGGATGTCCTCATAATTTGGCaatgtttttgggtgaactattcatttattttctactCATTCACAAATATTGACTTATTAAGCGTGAATGTAtcatatgaaatatttctgaCTATCTGAATGAAAACAATTTAACACTTGCAAGCGGGATGCAAGAAAATGTTTGTCACTGTTGTAAACAAaagttattatataaacattttgttggTGAAAACACCGGTTAGGTTTAACCGATCAGAATTTGTGGACGATAACGTAAGTGTAGAAATTTCTAGTAAGTACTATATGAAAATGGGTTAGATTAGCAGTTCACATTGggccaaaatgtgcttttgaagGACATTAGGATACTTTTATGAGAAGGCACAAGTCAGGAGCCGGGTATCCAAACGTTTTAAAGGGTTTATGGAGCTCAGTCAACATCCTCATTAGGTATAAGGTGCACGGCTCTCAAGATCAAGCGCTTCCTCCACACAGGATGGCAGCGTCCTAAATTTCTCAGCAGCTGACACTTGGGCTCTTGACAGGATAAGAAAGTAAGCAGATGATGCCAAATACAGACAAAATCTGCAGCTTTTATCTCGGAAGTTAGAAATTCTTTAGTGGCCACGTCCTGACCTAAATTTCTTCCCCGAAACCGTTGGTTGAGGACATCCACAGCAGAGCTGGAATAATTCCCTAAAGCGCGGTTTGATTTGCAGCAACAAAGTCGTTCATTTTCAGTGGGAGTTGGCAATTTGAATAAAGAGCAAAGTTGAGCTTAATTTATGCAAATGTGCGGTAGATGTCACATGATCCGCCTCCCGATACAGTCGGTTGCTTTTGTTTAGTTCGGGAATGCGTACCGCAATGACTTATGGGTGCGAATTGTTTTTTGCTGCATCTAAACCAACTCGAGGAGGTGTTCTCTTTTCTAACCTAGTTATTtcactttttgcatttgttttttcagaatCGCTGCGAGGAGCGATTTATATCCAGATACTGGAATTGGATTACGTTTTCAGGCTTTAACAGGTAAGACCTTTGAAAGAGGGTGGTGGTTTTCTATTTCCGTACAAAACACGAGgtgaacatttatataatttcaaacGTTATTTTATGGTGGTGTGTAGAAACAACTTCATCTTCACGGCACTCCCTCTACACTACGTCCATCTACTGTTAGGTCAGTTCGGGGCAACGCACGACATGGGTGTTTAAGgagaaatcaaaatatataaacatttcatttgaatacgGGGGACATGGTGAGCACACGAGAAAAGATCCctcttaaaaaaatactatacatCTACTCACTTTAAATACACACTTTAAGGCCATGAGGACCTAACAACTCTAAGTGTAGCTTCTTTTGAGCAACGTGAGCCTGACAGTTCAGATTGGGCTGCTTGTGCTATTTTTGTGTCTTCGGAAAGAGTGTACATGACAGTTAAGTTTTAAAGCAGTAGTTCAcgtaaatatgaaaattctgtcatggtTTATTCGACTTCATGTTGCTTTACATCCGAACgcggtcatttttttttctcacagaacaaaaacaaatgtttgaggaATGTTGATACACGTTGATAAACCTATGAAAAatctttaatgaattaaatcaggttaaaacataaaatgcgaATATTGGATAGTGAAATAGAGTTTAGCTAGACAGACTTAAAgtgctaatattactaaaactaatatttaagataaataggatattaaaaaatgacaaaagcacgtaacgaaatgaataaaacctaaactaaaaatgtaaaatatgaataaacattataatagcGTATACAATATAACATTGGCCAAATAACACTTAATAAATATCctgatattaattatttttttatttactttacagATAAAACATcttataatgaaaacaaataaatttacttgaactgaataaaatattaagttaggacTTAGACAAGTATATTTGGTCTTAATGCACTAGGCAGGGTTTTTCatctcatttctttaaaaataatgaatgaatctaaatataagtaattttagtattccactaaacatacattttatggaCATAAATTACATATGGCTTCGGAGGACTTCAGAGCCCGTGAATTGTACAGACTGCAtttaattgtgctttttatagtgtatttttaaCTATAAATGGTCTTTGTATTGAAAAAATCTGTGTggaaattattcaaaatgttttgttctgaaaaaaatgtattcatgaccagtcataagtagtcataagtaaatgtatgtatgtatgggtcaaaattatattttttttcttttatgccaaaaaatcattaagatataTGGTATATAGATCATGTTCCCTGAAGGTATTTTGTAAGTGTCCTACcattaatatatcaaaacttaatttttcattaaagtTTGGACACCTTTTAAAGGTTGTCAAATGTTGCATCAATGGAAGcctttttatttagatttcgGATGAtgtttaaatcttaatttcaaAGCATTGcccccttatgactggttttgtgttcccGGGTCACAAATGGGTTTGGAGTAACATGAAGCTGattaaataaagacagaatGTTCTTTTTAGGCGAAGCGTCTCTTTAAGAGCTGTAaactgatctgtgtgtgttcagactaGGCTGCGCGTCCCGCTGGAGTACCTGCGCTGGCTCAGCAGGTGGCGTGGAGGCGGAGGGGTCGGGGGGCAGAACTGATGCGGGTGATGATAAGGAGGCGGCGGGGGAGGGAGGggtggctgctgctgctgattgCCTGCCTCCCGTGACCTGGTGGGCGTGGAGACGGCCGACTGGATGAGGCGATGGGCGGGGTTGTGGCTGAGGAACGCCTCCACGTGGCCACGCCCAGCAGAGTCCACGACGATCACCTTGACGATCTGCTGGCACTGGATCAGGGTGTCGGGGGAGATGGTGAGGGCGGAGCCGGGGGCGGGGCTAGGCAGGACGGCCAGGTGTTGCTGAGCGCTGGGTGGGGCCAGAGGAGAGCTGAGTTGGTACGTTTGGAGCCTGTTGTGAATTGACACCTAGTTTAGAAACAGCCAGAAGCAGGAAGCGTTATCAGCCTGGCCTGCTGCACTCTCACGGCCCTCTGGTGCGGAAACACACGACAAGGCCATGCCACAGAGCATGCAGGCGGCAAAACAcgacacaaatacatacatgcatgcatacagcgCGGTCGGAGTGGGTGaaaacttaaaatttaaatattaaaggaatagttcacccaaaaatgaaaattatc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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU188509 lncRNA upstream 211112 19985741 ~ 19991636 (+) True G127663
TU188470 lncRNA upstream 277946 19781765 ~ 19924802 (+) True G127637
TU188465 lncRNA upstream 576227 19626153 ~ 19626521 (+) True G127632
TU188463 lncRNA upstream 579466 19623013 ~ 19623282 (+) True G127630
TU188450 lncRNA upstream 626589 19575889 ~ 19576159 (+) True G127617
XR_006253191.1 lncRNA downstream 9887 20221304 ~ 20224584 (+) True LOC122363139
TU188698 lncRNA downstream 45295 20256712 ~ 20281295 (+) True G127780
TU188708 lncRNA downstream 113913 20325330 ~ 20383758 (+) True G127785
TU188734 lncRNA downstream 162437 20373854 ~ 20375835 (+) True G127800
TU188810 lncRNA downstream 350666 20562083 ~ 20572310 (+) True G127860
XM_043263955.1 mRNA upstream 4933 20160121 ~ 20197815 (+) True ptprq
XM_043263956.1 mRNA upstream 42570 20155466 ~ 20160178 (+) True LOC122362491
XM_043216815.1 mRNA upstream 48296 20121656 ~ 20154452 (+) True otogl
XM_043216823.1 mRNA upstream 84316 20101629 ~ 20118432 (+) True si:ch1073-390k14.1
XM_043216824.1 mRNA upstream 84316 20111238 ~ 20118432 (+) False si:ch1073-390k14.1
XM_043264419.1 mRNA downstream 18737 20230154 ~ 20238801 (+) True wash1
XM_043264422.1 mRNA downstream 38985 20250402 ~ 20256447 (+) False fkbp4
XM_043264421.1 mRNA downstream 38986 20250403 ~ 20256447 (+) True fkbp4
XM_043216543.1 mRNA downstream 48352 20259769 ~ 20278496 (+) True b4galnt3b
XM_043264561.1 mRNA downstream 75048 20286465 ~ 20311133 (+) True c2cd5
TU188630 other upstream 115167 20086695 ~ 20087581 (+) False zfhx3a
XR_006246956.1 other upstream 188962 20003004 ~ 20013786 (+) False wdr59
TU188266 other upstream 1361213 18777768 ~ 18841535 (+) False G127500
TU188268 other upstream 1420589 18777768 ~ 18782159 (+) True G127500
TU188207 other upstream 1641138 18560366 ~ 18561610 (+) False G127456
TU188799 other downstream 336410 20547827 ~ 20549318 (+) False glipr1b
XR_006246928.1 other downstream 339731 20551148 ~ 20556627 (+) False si:dkey-30c15.17
TU189467 other downstream 2189557 22400974 ~ 22406982 (+) True LOC122363143
TU189495 other downstream 2223389 22434806 ~ 22438679 (+) True G128367
TU189951 other downstream 3245683 23457100 ~ 23579802 (+) False cdh13

Expression Profile