RNA id: XM_043224642.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_043224642.1
length 6666
RNA type mRNA
GC content 0.39
exon number 4
gene id c1ql4a
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056721.1
NCBI id CM032090.1
chromosome length 19062720
location 16359689 ~ 16376808 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome
species tiger barb
(Puntius tetrazona)

Sequence

CAGGTGTCGGAGTCAGAAGTCCAGCGCTGTTGCTGCTTTATTATTTCCCTCAACAAAACGAACGGCTAAAGCGGAAGTTTCACTCGCGCGTGCGGTCAAGGTCCGAGGAATAAATAAGTCTGTTGCTGGAGTAAAGAGAGTAGTCTTCGTCTGCTGAAGACGCGTATGAATTACGTTCACCTTTAATTTGTTCCGGAACTCAGCGAATGTAAGGACAGACAACAGAGGAAGGTTTTTAATTCTAAAGAGATTCCATAAACACCGAAGGGAAGTTCTATTTCTGTGGATTTTTTCCAGTCCTGCCAGAGCAACTACAGGGGTCTTCCATATGTCcctgaaaaattaataataatattctgtaGGATCAATACATTGTGGCTCATCAGGTTTCTATGCAGGGCGTTGGACAAATTTCGTTGTACCggatcagtttattttaaagcgTGGAACACTGGATGACACATTGTTTTGCCACATCTGTCAGGTGTTTTGTTGGacttaatttgaatttttgttcTGCAAGCTGATAACTTCGTGATTTCGTCTAGCCTTTCATGAACAGATTTTTGAAATTGCCCAGTTGCACATCTTTTCTTAGGTggacaatattttttgtttgttgttgttcacttatgcaaaaaaaaaaacaacaaccctgTGTATTAGAGAATTCACtgtataattaatgttaacatacTAGGggatgaatgaaaatatttctattgtTATTAGCAAAGGAATTCcaacactttaaaaatactgtattgcattgtattgcaaatatattttaggtGACCAAGAGCCACCTTGTGTTTCTGTAATCATCTTTTATTCTTTTCCGTGCCACACCTTTGTGTTGCAGACACCACTGTTCCTATTTGTTCTTCCAGATCTTCCTGTCGCTCTCCACACTGTCCCACCACTAGTCCCATCACACCCTCTCATTTCTGTATGCTCCACGCTCTTCTTAGTCTCCTTGTCTCATCCATAAATTCATCCTCTATCCTTTTCCCTACTGGCCTCATTCCTCAGTAGATATCTGTGGCTCCTTGGCTGTTCTTTTGTACCCAAACGCAGATTTGCTTTCACACTTTAGCGAGTTTTTCTCTTAACTTTCACGCTGGCGGGCACCATTCCACCTAAAGGAGAGGAGGACTTTCTAACGCTTGCTGCCTCCCGGCTCAGCCGTCGCAAGCGTGTCATAGGAGCGGCCGTGGGTGTGGCCATGGTTCTGATTCTTCTGGTCACCATCCCTTTACTGGTCCACAGCACTAAAGGAGGAGGAGCCGGCAACACGGGAAGCCATTATGAAATGCTAGGAAGTTGTCGGATGGTTTGTGACCCCTACACCACATCTCACGGCCAGGAGCTAACCGCTGTTTCACCCGCACCTCCTGATTTTCCAAACCGGAAAGGGAAGTCTGGGTATCGGGGACCTCCAGGAATCCCAGGACCACCTGGACCACGAGGACCACCTGGAGAGCCGGGAAAACCAGGTCCACAAGGGCCCCCGGGTCCTGGACCAGGTGGTTATGTGCCGTCATTCTACAGCCCTAAGATTGCGTTTTACGCAGGCCTACGCAAGCAACATGAAGGCACTGATGTGCTCAAGTTTGATGATGTGGTGACCAATGTTGGCAACTACTATGAACCCAGCACTGGAAAATTCACATGCCCTCTACCTGGTATCTACTTCTTCACATACCATGTCCTAATGAGAGGAGGAGATGGGACCAGCATGTGGGCGGATCTGAAGAAGAACGGACAGGTGAGGGCCAGCGCTATCGCCCAAGATGCTGATCAGAATTATGACTACGCCTCCAACAGTGTGATCCTGCATTTAGACGTGGGAGATGAGGTCTGCGTGCAGCTGGACGGAGGGAAAGTCCACGGAGGAAACACCAACAAATACAGCACGTTCTCCGGCTTCCTCATCTATGCTGACTGACCTGCTCTACGCACTCAGATGTACTGTgtacgaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacgcacacacactcgaacacacactcatgcagtTACCTACACGCACCGAACAGGCTCGAAAGAAATGGACGCGGTTCACACGGAGCAGAAGGGCTTCACAGACAAAACGCCAACCAATTCCTTTCATAAAGCAGGAGGATTTCCGACACGCcgtttgtatgtgtgtaaattATAACTATCTTACATTATACACTACTCCCAAacctaaattaaaatgcatataaatatatgtctATATCTATCCTGGACAGTGACGCGCTCATACTTTCACGTGTACTTGTTAGCGTACTTGTCTCCATTTTGTGTGTCGGACAAAACCAGAGATTCAGGCTCACTAGTCGACGAGCTGCATTTACACATGGCTGGACTTGAAAGAAAATAAGTGcgtaaaatgtacttttgattCAGGCGCAGCTGTAGCGTGAGACGGGCATGTGTGTACGCACGCGCACACGTCGCAGGGGTATCGATTCGTTTAAGTCTTCTCGTTCGGTTCACGTGACTTAAAGTGACCGCTGCCTTTGTGGAATCGGAAGGAACGTAATTACGCACACAATGGCTCGCTGCAACCCGAAAAGATAGATTTCCAATCGCTCTTAATAATCTGGGCCGGGCTGGAACgttaatatattgatttacGCTGATAAGGCTCTTCGatattcaaatttaaaccaGTACGATGTTTAAATCAAGGCTTGTTACCTTGTGTAATAAAGTCTAATAAAAGATGTTACAATGTAAAACCTTTAAATCAATATGAAAACGTTACACCCGTGACAAATAAGTAGCGACCTTTTTTATACCAGCATTAcgttaaattatgaattatttatatacaaattgtAGATTTATTGATTTTCAGGTTTAAGAGTGTAATAGATGAGCAAAACTGAATTAAAGAgaatatgtatttgcatttcTACATCACATTTAGGAAGAGAAACATGGCGGTCAATACATTTTCGCAGTGATCAGTGAGTTTGTACgtgttatattttagattatgttttttatgaaaGTTAAAGATGTATAAATCAAGCTCCATACACCTACCTGTTATATCAAGCTCAGttagctttatattttattttaaaatgcctgaAGTATGAATGATAGATCTGAAAAATCCCTTTtaaaggttatatatatatatatatatatatatatatatatatatatattgtagtaCAGATTCATAACctgtattgatttattgatttattttaaatacagcacTAAGAAGTTGTTGATCTAAGTCAAGCCATGTGCAAATACACtgatacaaatatacaaaataacatgtcaaaacatcaaaaacatttcCCATTCATAAacaattcaataataaataatattcaaatatctCTGCCtcatttttatgtaacatttgtACAGCCGAACATAGAAAACATTGCGCGTTAGGTGGTTTGTAATCAAAGCAAacattttccactttttttttttttcaaaagaaagtacatttaatatcctataagcattttattatagaattatttttacagtttgtagaattatttattttcgcATTTAGAGAAAGTAGGTGAGCAAATGTTAAATTCAAAGAAATGattaattcataaatgttttgctaTCAAAAGACCTTCACGGCGATTAATATCatgcattcaaatatgaattaaGGTTGCTATTTTAGGACAAATCCTAAATAACGAAAAggcaaaatgtttgaaatgataaaatgcaaactgaatttaagctttaatttctaatctaaaataaatttgtaCAGCTGACTATACAAAAACCCACAACATGTTAGGtctatactaaaataacattgctTCTGTCATGCATGTTCTATGAAATGTTCTCATTTCTAATGAAAATTCAGTGtcttggagagagagagagagagagagagagagagagagaaaagaaaaacaagcaaaacaagaACATCGACATGAACAATACTAGGATTCTACCTGTGCATGTCAGGGCTAAAGCGAATAGAGAATCCTTTAATTAAAAGCGAGAGGTAATGACATTCCGGCCTTAAGGCTTTGGTGAATCTGCAGCCTGTGGGAATATGTGGGGGATCTCAGCGTGTCCGCGGCCAGCCTCCTCGCGCTCTCCTGCCAGATTCCAGTTGAAAGTTAATTGGACGGGGAGAGGTCTGAGGCGGCCTGCGCTGAGGCCCATTAGTGATTCCCCTGTCGAATGCAGAGCCACGAGGATCACAGACTCACAAATAGGCagattaaaataatcaatacaCTTCACTTGCCTCCAACACATTCGCACAAGTGCGCCCAGAAACAGACCTGCATGCACATCCACACAGATCCGCGCAAAACGAATTCAGTAATTAGTGGAGGACCTATTCACCGCTGGTGTATGATACTTGGCTCTCTGGCTCTCGCTCGGAGAGTGTATGTGCTGTCTAATGAGGGGGGAATACTTCTGACTGCTGCCgagcggagagagagaaaaggtcagTGAGCTGTTGATGGGCTCTTCTCGGCACACAATGCATCACGGGGTATTTCAGCCAACCCAAACAAACCCTCAGATTACATCTCGTGTGATGTTCTTTTAGctatagaaaaaataataagagGTATGTGATCAGACACGAAGATATACACAGACTCGAACGTCAACAAAAATAAGACGACAAACtttatatatgtgcattttaaatatttgttcatttctaatgtatttttttccatttaataatcttaaaatctaatttaactgaattttcaggatcattactccagtgtttaGTATAACAATCCTTTTGCAATCATAATGatgaacatttttactgttataaatattgaaaacagtcatcctgcctaatatttttatagaaacagaggtatgtatatttttttcttttctgtttttatttaaaatatattttattcacttaaaatcactgtttgtatatcaaaaaagtcaattttaataaatttagtatttga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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU234496 lncRNA downstream 984 16355369 ~ 16358705 (-) True G158336
TU234492 lncRNA downstream 112396 16247016 ~ 16247293 (-) True G158333
TU234428 lncRNA downstream 241475 16117881 ~ 16118214 (-) True G158284
TU234426 lncRNA downstream 257475 16101625 ~ 16102214 (-) True G158282
TU234368 lncRNA downstream 350774 16008106 ~ 16008915 (-) False G158231
TU234531 lncRNA upstream 40128 16416925 ~ 16439280 (-) True G158353
TU234534 lncRNA upstream 44722 16421519 ~ 16439280 (-) False G158353
TU234561 lncRNA upstream 47167 16423964 ~ 16424362 (-) True G158377
TU234569 lncRNA upstream 56164 16432961 ~ 16433629 (-) True G158383
TU234575 lncRNA upstream 67009 16443806 ~ 16444037 (-) True G158388
XM_043225267.1 mRNA downstream 15002 16341446 ~ 16344687 (-) True neurod4
XM_043225148.1 mRNA downstream 28017 16259075 ~ 16331672 (-) True znf385a
XM_043224075.1 mRNA downstream 116408 16241062 ~ 16243281 (-) False tac3a
XM_043225544.1 mRNA downstream 125115 16222809 ~ 16234574 (-) False b4galnt1a
XM_043225230.1 mRNA upstream 23008 16399805 ~ 16401705 (-) False tmem107l
XM_043225229.1 mRNA upstream 23008 16399805 ~ 16401705 (-) False tmem107l
XM_043225228.1 mRNA upstream 23008 16399805 ~ 16401705 (-) True tmem107l
XM_043225231.1 mRNA upstream 23008 16399805 ~ 16401697 (-) False tmem107l
XM_043224307.1 mRNA upstream 111429 16488226 ~ 16505803 (-) False ribc1
TU234495 other downstream 984 16357652 ~ 16358705 (-) False G158336
TU234490 other downstream 116294 16240810 ~ 16243395 (-) True tac3a
TU234433 other downstream 189855 16143833 ~ 16169834 (-) True G158288
TU234366 other downstream 350774 16008106 ~ 16008915 (-) True G158231
TU234274 other downstream 642439 15699269 ~ 15717250 (-) False LOC122329227
TU234864 other upstream 799855 17176652 ~ 17179779 (-) False slc48a1a
TU234899 other upstream 962470 17339267 ~ 17343385 (-) True G158609
TU235255 other upstream 1669141 18045938 ~ 18047878 (-) False march9
XR_006247822.1 other upstream 1854846 18231643 ~ 18235536 (-) False hnrnpa1b
TU235534 other upstream 2370594 18747391 ~ 18754712 (-) True G159076

Expression Profile