RNA id: TCONS_00015971


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00015971
length 280
lncRNA type intronic
GC content 0.35
exon number 1
gene id XLOC_007259
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007125.7
NCBI id CM002898.2
chromosome length 52660232
location 21777557 ~ 21777836 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

atagaagctgtttttaaaatataaatttcaggtgttggttagaacaaaaatttttttcatataaaaaacaaaatcctTAAAGCGCGCgcattttgctttttatttttatttaaatcagcctttaggttcgatcattagACTTGCTCCTGTTGgtccttaatctggcaacctgcgcctctgtttgttttgatgcagaactgcaatacctagttcaaccactgggtgtcaaacataCATACTGAACTATTAAAGAAACgatgcgtcccaaatcgcatactta

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00014320 lncRNA upstream 84166 21686224 ~ 21693391 (+) True XLOC_007256
TCONS_00015970 lncRNA upstream 484059 21293114 ~ 21293498 (+) True XLOC_007254
TCONS_00014311 lncRNA upstream 547406 21225415 ~ 21230151 (+) True XLOC_007252
TCONS_00014310 lncRNA upstream 549417 21224720 ~ 21228140 (+) False XLOC_007252
TCONS_00014300 lncRNA upstream 665916 21106565 ~ 21111641 (+) False XLOC_007250
TCONS_00014340 lncRNA downstream 351260 22129096 ~ 22134637 (+) False XLOC_007268
TCONS_00014343 lncRNA downstream 356001 22133837 ~ 22134637 (+) True XLOC_007268
TCONS_00016199 lncRNA downstream 378831 22156667 ~ 22164645 (+) True XLOC_007269
TCONS_00014348 lncRNA downstream 491444 22269280 ~ 22272517 (+) True XLOC_007270
TCONS_00014352 lncRNA downstream 540920 22318756 ~ 22324045 (+) False XLOC_007271
TCONS_00014322 mRNA upstream 26211 21699414 ~ 21751346 (+) False XLOC_007257
TCONS_00014321 mRNA upstream 31211 21699129 ~ 21746346 (+) False XLOC_007257
TCONS_00014323 mRNA upstream 34442 21722235 ~ 21743115 (+) False XLOC_007257
TCONS_00014317 mRNA upstream 83643 21685537 ~ 21693914 (+) False XLOC_007256
TCONS_00014319 mRNA upstream 83643 21686207 ~ 21693914 (+) False XLOC_007256
TCONS_00014327 mRNA downstream 5393 21783229 ~ 21816706 (+) False XLOC_007260
TCONS_00014328 mRNA downstream 5564 21783400 ~ 21816302 (+) True XLOC_007260
TCONS_00014329 mRNA downstream 42198 21820034 ~ 21846181 (+) False XLOC_007261
TCONS_00014330 mRNA downstream 51157 21828993 ~ 21838470 (+) True XLOC_007261
TCONS_00014331 mRNA downstream 83263 21861099 ~ 21901815 (+) True XLOC_007262
TCONS_00014324 other upstream 32073 21739616 ~ 21745484 (+) True XLOC_007257
TCONS_00014315 other upstream 98640 21671107 ~ 21678917 (+) False XLOC_007255
TCONS_00014313 other upstream 531784 21238682 ~ 21245773 (+) False XLOC_007253
TCONS_00014275 other upstream 2977999 18799434 ~ 18799558 (+) True XLOC_007232
TCONS_00014213 other upstream 6867887 14909553 ~ 14909670 (+) True XLOC_007192
TCONS_00014351 other downstream 538398 22316234 ~ 22319001 (+) False XLOC_007271
TCONS_00014367 other downstream 1298291 23076127 ~ 23155656 (+) False XLOC_007280
TCONS_00014372 other downstream 1409276 23187112 ~ 23372472 (+) True XLOC_007280
TCONS_00014405 other downstream 2579564 24357400 ~ 24357517 (+) True XLOC_007298
TCONS_00014442 other downstream 5019068 26796904 ~ 26830566 (+) False XLOC_007327

Expression Profile

//