RNA id: TCONS_00014410


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00014410
length 478
lncRNA type lincRNA
GC content 0.45
exon number 4
gene id XLOC_007302
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007125.7
NCBI id CM002898.2
chromosome length 52660232
location 25043810 ~ 25046769 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ttacagATTGGAATGGACCACAAGTAGAAAAaagggaatcacacacctcaTCAAAGAATGGAAACTGATGGTCAGGAATGGACGGGTGCATCGCTGGACGTGTTTGCTAATGGAGAGCAGGCAGAAGAGAGAGACTCACAGGCGAATTGGTGGACATTCCCcccaaaaaatgctgaaaaacagcaGGAAGGGTTTTGTTGGGGTTGTCTTGTTTTTTTGCAGGTTGAATTGgagcagaagaaggagactcGCAAGAAGAACGGTGGAGACATACTTGAAGACCTGGAGCTAATGAAGCAGACTGGGACAGAGCATGTGGAGGAACAGGGAAACACACTTCAGTAATGACAAGTACATCATAATAAATTAGagtgGAGTGGAGAAACGAAGGAATCACACATCTCAGCCATGATAAGACTCTGATAATCAGGTATCACCTATTAACAACAGATgttcaagaggaagggggtggtggtgg

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000161747

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00016206 lncRNA upstream 165229 24877102 ~ 24878581 (+) True XLOC_007300
TCONS_00014402 lncRNA upstream 760091 24280386 ~ 24283719 (+) True XLOC_007296
TCONS_00014400 lncRNA upstream 760096 24278047 ~ 24283714 (+) False XLOC_007296
TCONS_00014401 lncRNA upstream 760102 24280220 ~ 24283708 (+) False XLOC_007296
TCONS_00015973 lncRNA upstream 763399 24277596 ~ 24280411 (+) False XLOC_007296
TCONS_00016208 lncRNA downstream 6352 25052709 ~ 25055257 (+) False XLOC_007303
TCONS_00014411 lncRNA downstream 6453 25052810 ~ 25054380 (+) False XLOC_007303
TCONS_00014412 lncRNA downstream 6453 25052810 ~ 25055474 (+) False XLOC_007303
TCONS_00014413 lncRNA downstream 6453 25052810 ~ 25055789 (+) False XLOC_007303
TCONS_00014414 lncRNA downstream 6453 25052810 ~ 25055796 (+) True XLOC_007303
TCONS_00014409 mRNA upstream 42226 24935131 ~ 25001584 (+) True XLOC_007301
TCONS_00014408 mRNA upstream 46703 24934736 ~ 24997107 (+) False XLOC_007301
TCONS_00014406 mRNA upstream 170156 24840669 ~ 24873654 (+) False XLOC_007299
TCONS_00014407 mRNA upstream 170895 24845941 ~ 24872915 (+) True XLOC_007299
TCONS_00014404 mRNA upstream 738724 24284756 ~ 24305086 (+) True XLOC_007297
TCONS_00014416 mRNA downstream 418324 25464681 ~ 25490985 (+) False XLOC_007307
TCONS_00014415 mRNA downstream 418324 25464681 ~ 25490985 (+) False XLOC_007307
TCONS_00014417 mRNA downstream 418989 25465346 ~ 25502537 (+) True XLOC_007307
TCONS_00014418 mRNA downstream 459111 25505468 ~ 25510955 (+) True XLOC_007308
TCONS_00014419 mRNA downstream 770517 25816874 ~ 25904994 (+) False XLOC_007311
TCONS_00014405 other upstream 686293 24357400 ~ 24357517 (+) True XLOC_007298
TCONS_00014372 other upstream 1671338 23187112 ~ 23372472 (+) True XLOC_007280
TCONS_00014367 other upstream 1888154 23076127 ~ 23155656 (+) False XLOC_007280
TCONS_00014351 other upstream 2724809 22316234 ~ 22319001 (+) False XLOC_007271
TCONS_00014324 other upstream 3298326 21739616 ~ 21745484 (+) True XLOC_007257
TCONS_00014442 other downstream 1750547 26796904 ~ 26830566 (+) False XLOC_007327
TCONS_00014490 other downstream 5367420 30413777 ~ 30424854 (+) False XLOC_007352
TCONS_00014495 other downstream 5541610 30587967 ~ 30620257 (+) False XLOC_007356
TCONS_00014499 other downstream 5694631 30740988 ~ 30741116 (+) True XLOC_007359
TCONS_00014522 other downstream 6463584 31509941 ~ 31519774 (+) True XLOC_007368