RNA id: TU106284


Basic Information

Item Value
RNA id TU106284
length 4718
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 3
gene id G93409
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000016
NCBI id null
chromosome length 12175457
location 927840 ~ 932801 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence

TGTTATATTTATATATAAAATATTTTATATATATTTTTAAATATATATTTATTTATACATGCATATATTTCTTAAATTGTGTGTGTATTTATATATACATGTGTGTGTATTTATATAATTATTATACAAAGAACATGCATATATATTACGTAAACACAGACTTTTATTTTGCAAACGATTAATCGTGATTAATCGTTGTGCAGCCCTATTACGTACCTACGTAACAATGTAACAAATTTGCATAATGCCAGGCTATGGTCTTCATTGGCTGCCTGTGAACAATGTCTGCTTTGCCCCGCCCACTGTAGTTGTAGCTGAGGCCTGAAAGAGTTTGGTTGTCAACATGTCGAAAAGATGCTTTTTTCAGCGCTGCGAGAGCAAGTCCACTTTACATGCATATCAAAAGGATAAGGTAAAGCTGGCGCCATTGTTACTGGTCGTATCGCTGTGTATACAAGTGCTGAGGAAGCCTCCAGAGCTGAAATTCAGATATGGTAATAGGCATTTCGTTTCTGACACATGCTGTAGGCAGTAGACCAATCACAACAGACTGAGCCGTCTGTCCAATCAGAGCAGAATGCATTCTCGGAAAGGAGGGGTTTTGAAAGACAATCTTCAAATGAATCGTTTTCAGACTCTTTGAGAAATGAGGTGATGTGCAATGCATATTATGAGAAGATCCAAGTGGTTTTTTTTTATTATTATTTTGGATGCATGTAAACCTATTGTAGGAGACCTCCGAAACAAAATTAGGAACATTTAAAATAGCATATTAGGGGCACTTTAAGGATAAAACAGCTGAAAGTTGGACAAATTTGATTTGATTTGATTTGATTTTGAGTGAAACTACAAGTTTTGTAGGGTTTGGGTTAATCTTTAGTTAATTTGCTTTATTCGCTGACAGCAACACAATGAATTTCCCTAATGTGAGGTTTGTGAGCGAGGCTTGTATATTGTAATATTTATCAAGAAATAATGCAGGGCGGGATGTGAAAAGCTAGGCAGTGGTATTTCAGGATAATATTATTTCTTCCTGCCTACGCAGGCCTGGTTGCATCAGCAAAAATGTTGTTTTAGAGGCAGAGATTGCTTTTACGTTTTAATGAAAGATTACAAAACTTTTTTTTTTCTTCAGAATAACCTGCAGTAATTCATTATACACAATAAATGTTTGGCCATTTGTTAATGAAATAAAAATGGGCTATTTTTTTATTTGAAATGGTATTTCTTCACAGTAAAGTCTTTTTGTGTGTATATTTAAGTGAGTGCATACAGTACACAGTCATATTGAAGGATGCTAGGTGAGTTTATAAGCATGAATGTGTGCATTTGAGCATATCTGGAGAGGATGAGGTGTTTGTGTCATGTGTGTGTGCTTTCCTGAGTTTGTTGGGTGTTTTTATTGTATGTGTTAGGGGAGTTGTATTAGCTTGTGTTGTCCTTGGTAAGGGTGTTGAACGGGGTGTGGGGTGGATGGTAATGAGGCTGAATTCATTGGGCTCTGTGGTGATCCGAGTCCATTTGGCTGCGGCGCAGTCTGCTTTTCGCTGACTCGCTCAGCCTCACCTCTCAAAAGAACTTCTAAATAACCTTGTACTGCCGAACCCATACCAGCCCTGCTGAGAAACAGAGACAGGACCAGGAGAGAGACTGCAAACACAGTCAGGGACACATTCTTTTTGTCCACACATATGGAAAAAACACACGTTTTGTATGTGCACACATACAAGAAGAGACAAGTACATACTACAGTACTGTAAATGCATATGTAGCAATCTGTGGCTACACATGTAGCGCTTCAATGTGAATACTGAGTTTTATTCTGAAAGAGTAAACGTTAAAGACTTTGTGAGTACTAGGCCTGAATACACAACTTATTGTCTGTCTATCTATCTATGGTGCCATTTTCTGTCTGTATTCTTCTCCGCGAAATAATAGCAGTGATAAATAGGGCTGCATGATATATCGAAATTATCAAAATATCGCAAATGTATCTTAATGATTTTAATAGGCTGCTTCAAAAAGTTGCAAAAATCAAAGTTTTATGTCGACGCATATAGCAAAGAATAGAATGGGCACGTGGTTGTTACTTACATGTGACTTGATTTGTAAAAAGAGTTAAGCGCAATAAGCTGCGGAAAACAACTAACATGCTGTCTGACACACATAGAATTGCGCACACAGAAAGCCGCCTCTCGGACAGTGTGCGATCCCAAATTCAGTTTTTTTTCACAGCTTATTGCACTCCAACAGTCAAATACACACAAAGTTGTCAAAATTCCTGTCTTGGCGAGTATGCATGTAAACACACTGTAAACCTGAATAAGTTGGGCTAACTCAAAAAATTTGAGGTAATCAGTTACATCAAATCTTTTGAGTTATGATGTTCCCAATTTTAAGTAAGCAGAACTCTCAAGTTTTGAGTTTGTAGTACTCATGCATGATAATTACTCCTGACTTGAAGTACTGAGTTAAGTAACTCTTACCAAGCCGCATGCACCACTTGTCACCATGATGGTAACTCTCCAAAAACCCACATTAACAGAAACTCTTCTAAATTAGCATAACAAAACATTAATCACTACTAAATCTCCCTTACCATTAATCTTGCACAAAAAAAAAAAAAATATATATATTATATAACACTTAATTTTAGCATTTACTCTCCCTTTCGAGTGCCATGGGCAAATCATGCTGGGAAATAGAAATCCCAGCCCAGTTTCAGCTAAACTTAAGTTAGTCTAAATTAAAAGAAATGAGTTCATACAACTCAAAACAATGAAACAGATCAGTTTACTTGAAATATATGTCAGTGCTGTGAACTCAAAAGTAAAAGAAAGTTCTAAATACTCATAACAGTTAATTTAATTTAATTATTAATTTGTTCAATTTAAGTTTGTCCTACTCAAACCAATTAATTATTTTGAGCGTTAGGGTTTACAGTGCAGTCGGTTATGTCTTAAGTCAACGTAAACGGTTGGGGCATAAATCTATGTCATAGTCTTCACATGAATTAAATATACGAATATATAAAAATGCATGATTAATCGTTAAAAGATTGCGATCTTGATTCAAACACCCACACAATGACAATGATTCGGCCATGTCTATTAAAACCTTGACAAAATCACATCTTCACAAACGTCTTTTTATCCACACAGTATCTTTATTTCCATGTTACAAATATTCAAATTATCTCAGATGTACTGGGATAAAAGTTTATAGATATAAACACTGATGTCTACAGAAGTGATCAAAATAGAGCAGATCACCTTTTGAAAGTAACTTGGTGCGTCAAATAATGATTCCATCAAAAACATTATTATGCCACTAGGTGGTGACAAGAAACAAGTGAAGTATTTATGAGTAAGTCATTGCAAGTCTTTTTTAAATAATGCATTCAAATTGATTAAAATTTTTAAATAGGCTGCAGCAATTAGCGTTTTGTCAGAACTTCTAGTAAATTACATGTTATTTTGTTTAGCTGTCTGTTCAGAATCGTGGGAGAATCATGATCTCTATTTGAAACAAGAAAATCATTATTCTTAATTTATCCACAATCGTACTTGGAGTGTGCATTCATTTTAAATAATTTAACAGTCCATTGTCAATTATTGCTTACTTATCATTAATTGTTAGCTCACCGCTAACATTAAAATGTTCAATGAATGCTCAGGAAATTAACTATGAACATCACATGCAAACAAGAGTTGAGTTCAGATGGAAGGACAGAACATTGCACTGGCCTCTCTCTCTTTCGCTTGCTGTTCCTCTCTCACGCTCCCTCTCTCCCCCCTTCCTTTGATCACCTTGCCACAGAGAGAGTAAGAGCCCTTTCTCTCCGCCGAGGTTAATCCTTCCGGTTTGCACACAGAAATAACCATGGCAACAGGTTATCTTTGTGCAGAGCATCACCCGACAGATAATTGATCAGACTAGAGTGGAGGCAGGTATTCTTTTCTCCCTTAACCTCTCTGGTCATTAATGAGACACGGCACACACACACACATACACACACCCAACACCCTTGACCTTGACATTTTAACAGGAACCCATGAAAGGCAACATGTAGTGAATACAAAGTAGATGTAGGACACCCCTGTGTTTGTGAAAACCCCTCACGTCCCGCAGGACAAACTACAGAACAATGTGTCCCATGAGCAGTAACCCTCTCCCCACCCTGATCGCTAAGCTTTCCGAGTCCGGATGTGTTATGCATGTGCTAGCGTAACAGCTCACTCAAGTACCATAAACTTTATGAATTTACTCTAGGCAAATGGCCGCTCTTATGTCACCAACAACAGTTGACATTGCGTGAATGATCTTGATGACAGCATTATCCATATGGTTATATGAGCTTGTGGATGTTGTGAGCTTTGAGCATGATTTTCAGTAAATATAAATTTTAAACACGCAAGGAATATTCAAGGAAATGTTGCAGATGGTGTACTTAGAGTGTATACTTTTAAACGGTTAGTTCACCCAAAAATGAAATTTCTGTCATTAATTACTCACCCTCATGTCGTTCCACATCCGTAAGACCTTCGTTAATCTTCGGAACACAAATTAAGATCTTTTTGATTAAATCTGATGCCTCAGTGAGGCCTCCATTGACAGCAAGATAATTAACACTTTCAAATGCCCAGAAAGATACTAAAGACATTTAAAACAGTTCATGTGACTACAGTGGTTCAACCTTAATGTTATGAAGCGACGAG

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU106285 lncRNA upstream 58903 862104 ~ 868937 (+) True G93410
TU106301 lncRNA upstream 87345 840166 ~ 840495 (+) True G93423
TU106237 lncRNA upstream 148669 778775 ~ 779171 (+) True G93367
TU106234 lncRNA upstream 153596 773794 ~ 774244 (+) True G93364
TU106229 lncRNA upstream 154572 759186 ~ 773268 (+) True G93359
TU106289 lncRNA downstream 29778 962579 ~ 1040425 (+) True G93414
TU106288 lncRNA downstream 146027 1078828 ~ 1079935 (+) True G93413
TU106312 lncRNA downstream 151666 1084467 ~ 1084767 (+) True G93434
TU106322 lncRNA downstream 262909 1195710 ~ 1198373 (+) True G93442
TU106360 lncRNA downstream 279543 1212344 ~ 1212621 (+) True G93476
CI01000016_00885996_00887374.mRNA mRNA upstream 40362 885996 ~ 887478 (+) True CI01000016_00885996_00887374
CI01000016_00772375_00772848.mRNA mRNA upstream 154951 772270 ~ 772889 (+) True CI01000016_00772375_00772848
CI01000016_00569502_00581271.mRNA mRNA upstream 346341 569502 ~ 581499 (+) True CI01000016_00569502_00581271
CI01000016_00540871_00541608.mRNA mRNA upstream 386117 540632 ~ 541723 (+) True CI01000016_00540871_00541608
CI01000016_00496095_00506965.mRNA mRNA upstream 420807 496095 ~ 507033 (+) True CI01000016_00496095_00506965
CI01000016_00952494_00954683.mRNA mRNA downstream 19693 952494 ~ 954953 (+) True CI01000016_00952494_00954683
CI01000016_00959079_00960728.mRNA mRNA downstream 25852 958653 ~ 961060 (+) True CI01000016_00959079_00960728
CI01000016_00972599_01002933.mRNA mRNA downstream 39311 972112 ~ 1003172 (+) True CI01000016_00972599_01002933
CI01000016_01033465_01037665.mRNA mRNA downstream 100664 1033465 ~ 1038446 (+) True CI01000016_01033465_01037665
CI01000016_01052539_01073915.mRNA mRNA downstream 119738 1052539 ~ 1075533 (+) True CI01000016_01052539_01073915
TU106281 other upstream 308 905400 ~ 927532 (+) True G93406
TU108565 other downstream 2929374 3862175 ~ 3862305 (+) True G95439
TU108786 other downstream 3339835 4272636 ~ 4273905 (+) True G95648
TU108629 other downstream 3901757 4834558 ~ 4836655 (+) True G95503
TU108946 other downstream 4287079 5219880 ~ 5225941 (+) True G95792
TU109033 other downstream 4473068 5405869 ~ 5407863 (+) False CI01000016_05405791_05407797

Expression Profile