RNA id: TU106332


Basic Information

Item Value
RNA id TU106332
length 7235
lncRNA type antisense_over
GC content 0.37
exon number 2
gene id G93449
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000016
NCBI id null
chromosome length 12175457
location 1228198 ~ 1235846 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence

ATGGAAGATACATATATCAGAATAAACCAAAAATCACTCCTTTCCAACATGTTAACAAGAATACCCACTGGTTTTCTTAACCTCATCCCATAAAAGGGAAAGTTAAAAAGTCAAAAACACCACATCATGCTATTTAACAAGCAAAACAACACACCCTGACTGTGCACACATGAAATATTAATGCCTCCCTCACCCTCTCTACAAAAATTTGGCACTGAAAAACACTTTACTCCTATCAGCCAGTCAACGGATTTGCTGTCTGCGTGGGCAAAATGAGAGCAGACAGTTTTGTCAAAATCCCCTCAAAGCCTCGCAGAGCCAAACTGTGACCAATCTAATCCTTTATTCTGCGAAGAGTTTGAGGACATGATAACACTCTCTATCTGTATGGTGCTTGAGCTCTGCATAGAACATATTGGCGATTACTATGTTCTCAACTTCATGTCCGTGTCCTCAGCCTCCTGTCTGTCTGTCTGTTTGTTTGTTTCTGCCCCTGGTCCATACCTTCTGGTAGAGCTTGAGTTGCTACTGCTGTTGGTGATGGAAGGGGCTTTGGGGGGCGTCCTGTATGGGGCATAAAGCTCTGCGTCACGAGGGGCGGTGGGGCTTCCTGCAGGCTTGAATACAGGCAGGCTCCTGATGTGAGAAGATGAAATCTTCCCTGCGGAGTTGCTGGGCAGAGTTTCACGAGTCTTGTAGCTTCCGGTGCTGCTAGATGAGCTGAAATCTGTCTCGCTGCCTACAACACATAAAAATGGAGATCAAAAGCTTAAAGTTTCTTCTAAAAAGTCTTCAACATCAGCAAAACTTATCCAAGGGTATCCAAAAAAGACAGTGTGGAAGTAGAGACTTCAAACCTGGCAAATGCACAACCCGAGCACGTTTCCAATTAGCATATTTTCAGTAGCCAGATCAAAAAGGCTTGTCAGAGGATATAGGGTTACACACTTCTGTGATGAACACTGCCTGCTTCCATTATGGAAGAACTAAAGCTGGGAAAGTCAAAGACTGAATCTTTCAGAGACAGAGGAATCCTTCACATTGGATTTCTCTCAGACTTTTGTGTAAGCTTGAATATCACCTTACCTGCAGCAACCATTATCTTTTCCAGTTAGCTTTTGCACTTAGACCACTGTTTTTGCTTTGACAGCCATTCAAAAGTAATGTATTCTATCTTGCAAGCAACATATTAATTGCAAAAAAAAAAAAAAAAATCTCAGTGATCTCAAAGTTTTTTCCAAGAATATACACACCTGAGAAGCATCTCTTTCCTTTTGACAAAACCATGATAAAGTGTACTTTTTTAAATGTGCTAACTATCTACCTAACTAACCAACCAAATAACCAAACAAATGTGACTAACTCACTAACAATTACAAAATTGTGCAGTTGCTCAATACAAATCAAGCTCAAATGCTGTGAATTCTTACAAACAGTGGGAGGAGCCAACTACATTTAATTGCACTGATTGGCCATCTACAAGCCAACCAATCAGTGGCCTCTATGAGACAGGGTAATCAAGCACATGGCACCTGCTGCTTCCTGGATTGTTTTGCCTCCACTTATTTGTTTTCAAGAAAAGACTTCAGAGAAACCCAGTCTCAAGAACACCTAAATGGATTAAACAGGCAGGTGTGACCAACACATTAAATAAATTAATTACTCATCATACTTTTAAAATAGGAAACGGAGAGATGGGAAATAAGAGAGAGAGAAATAAGAGAGTTTTCATGTTTGTACTTGCACCCCAGTGGACGTGCACGCTTGCACACAAGTTGATAAGGATTTCATGCACAAACTGTCCTTGTACTATTCATGGTTGTTTATGTGACTAACCAAACATTAAAATTCTAAACCCAGTGATTCTAATTTGACATACTTTATTGAATGCATAAAACATGCAGTTCTATAAACAAAGTGATTGTAAAGTGTCCTTTAGCACTATATAAAATATCATAATAATAATAATAATATATTATTATCATCAAGGCTTGACATTAACACCCACCAAATGCGGGTGGATTTCAGCAGTAGTGTGTAACGCATTCACTCCTATTAGCCACTTTCGTGGGTTGAATATTAAATATAATATAAACATTTTTTAACTGTAGTCGTCTAAAAAGGCATCTGAAATAATAAACTAAGTGTAATGTAATGTTGTCAAAAATATAGATTTTTCGATACATATTGATACTGTAATATCTGAAACGCTTCCAATACTCGCTGTCTCGCTCTCTCATCCCTCCGACAGCGAGTTGACACACAAACCTGCCTCCCCTCACTCACTCATTTAATTTGCTATGGACGAATATTGTTAGTGTCACAGGGCATGAATTCCCACAGATTTTGCCGCATAAATCTGCCTCTCAGTACTAAATTGAGGTTTTTTTTCGCTGCTTATTGCACTTAAACAGTCAAATACACACAAAATGATGCCGGTCTTGGCGAGTATTTATGTAAACATAGTCAGTTATGTTTTAAGTTAATGCAAACAGTTGAGAAACAAAACGCATGTGTAACAATATAATGGATCTGCGTGTCAGGTCCTAAAGTAACAGCAGCCTAATATATCTGCTGCCAAATTATGAGATAATATTAAAAATATCTATATATCCGTTTTTCCTCATAGTATCAATGTCAAAATTGTGGCACAGTGGCTGGTTAGCAAAATAGTTAATGTCAAGCCCTGATTATTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATAACTTTTAGAATAAAAAAGTAGCTAATATTGCAGAAGTAAAATTACCTTTATGCATGATGGAGGCACGCTGTTGCTTCTCTCTCTTGTGCTTCTGTGTGGGTGTGCTCCACTCAGCAACTACGTTCATCCGAACTCTCTTCACCTTGACCTTGCGCTCTCCCAGAGAGGGTGAACCCAGTGGGCTGTTGTCAGAGCCTGAGGGGGTTTTGGTTGGCGATGCACATTGACTGCTTGGGCATCCAGTATCATCTGAGAAGACAGAAACAAGTGTAAATACTGCTCTACAATGATGTAACACCCATTTAAAGGTCATGCTAGTGTGCTTTTCCTTATCAGAGAGGTCAAATGTATTAGGAAATCAACACACAAACTCCAGAGCAAATAATGACATTTCAGGGCTCTTTTGTGATCTAATGCTACATTATACTTGGAAAAAAATTCCCAAGTATCCTATCAGGATGGTGTGGGGTCATGGCAACCTCATGTGGCCTACCTGAGGACAGGCTGTTTGGACTGATGGTTCTTTTCGAGTGCTGGGAGCTAATGTCAAAATCCTTGCTCTCCTCTTCTGACAGTGGCATGTTGGATACAGATGACTCCTTCGCTTTAGTACGCAAGGGGTGGAGGACAAATCGAGGGATACGGCTGCGCATGCTTCCCTTTTCCTTCACCTGCAGGAAATGGTGGGGCTACGATTACATAGAGACAAGCAACCTACAGCCAGCATCTGAGGTGAGTTATTTAAAGCTGATATTGAGCTGAATTATGCTTTGGTCCTTAAAGTTATTTGAGTATCCAATGTAAGTCTTGCATGCATGCCACTTGTCTCGCTGTAAGGAAAATGTGTTATTTAAAGTTAAGATAGTAAAGCACCTCATACGTCTGCAAAGGTCCCATTCTTCTTAAATAGGGAATACTTCAAATAAAACTGTAAAAAATAAGGAAACATGTTGCTTGAGCGTGATGGTATGACAAACAAAACAGAACAAAGAAAGATAATAGTGTACAAAAGTAGGTCATAACACAAGATGCCAGGCTGCTTTAACCCAATTTATGAATGGCTCTATAAATAGATTATAGCTTATGGCTGAAGCTAAAGTATGATAAAGTATAATTCTATATTGTCCATAAAATACAATAAAAATTGTCAAGTCTTGTTTTCTATCCCAACATTTTTTTCGCGGTGTCATCTGTTTCAGCCACCCACTAAATCTAAATTAATTTCACTAGTACTTGGAATTTAAACTGCATGAACTCTTATTATAAATTAAACTGATCCAGTGCTCTAATTTAACATGATTCATTTGATGGTCAGTGAATTTACTGAGTGTTATGTAAAAGGCTTTGCACTTTGAGAAGGAAGTAATATTGTCAATTTAATCCTTGTCCGTTTTGAGAGATGATAAAACCCCACCCTTCTGGTTAACTTATTTAACTGCTTTGGGTGTTCCAGATCTGCTTATAACTAACAGACCAAAGCCCAGCGGCTGAATAATTTAATATAATGTATCACGCTTGATTGACTATGACGTCATTGGTCCATTTCCTGTTGTTAGTGGTGTCTGTTGTGGTTGTGTGCGACTTGTTTTTCAGCATCTTTTTGATGTTGGTTATATAAGGGTTAGAGTTGCTTTCAGTGCGGATGACGTAATTGACCACTTAAGGTTCACGCTTGTTGCATAGCTGCGTTCTTGCCTCTTTCCATTTTGTATCCGGATGTCATGTTTCATTACAAAAGATGTCAAAGCACAACCTTTATGTAAGTTTCCCATTCCTTTCGGCTATGGAAAACATGCTACTTGATTTTGAGTATCTTATGTCACTGCATTCTTTTAAATTATGCAAGTATTTTGCTACTTTTTAAAAATGTTTATACTTCATTTAAAGAAAAAATATGTTTACTAAAGTTTTTTTTTTTTTAATGTTCTGAAAATGTACACTAGTACCATTCAAATGTTTGGGGTCGGTAATATTTTTTTATTATGCAAGAAATTAATACTTTTACACAACTGTTTTCAACATTAGGCAGCAAATCAGCATATTAGAATGATTTCTGAAGGATCATGTGACTGAAGACTGAAGTAATGATGCTGAAAATTCAGCTTTGCCATCACAGAAATAAATTACACTTTTAAATATATTAAAATAGAAAACAGTTCTTTTAAACTGTGATAATATTTCACAATATTACTGTTTTAGATCAAATAAATGCATGCAGCTTTGCCGAGCATAAGAAACTTCTTTCACATTTATAAATCTTGCTGACCCCAAACTTTTGAA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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU106360 lncRNA upstream 15577 1212344 ~ 1212621 (+) True G93476
TU106322 lncRNA upstream 29825 1195710 ~ 1198373 (+) True G93442
TU106312 lncRNA upstream 143431 1084467 ~ 1084767 (+) True G93434
TU106288 lncRNA upstream 148263 1078828 ~ 1079935 (+) True G93413
TU106289 lncRNA upstream 187773 962579 ~ 1040425 (+) True G93414
TU106382 lncRNA downstream 26074 1261920 ~ 1262207 (+) True G93497
TU106367 lncRNA downstream 104606 1340452 ~ 1342798 (+) False G93483
TU106368 lncRNA downstream 104606 1340452 ~ 1341657 (+) True G93483
TU106433 lncRNA downstream 158852 1394698 ~ 1449594 (+) True G93547
TU106486 lncRNA downstream 185774 1421620 ~ 1449437 (+) True G93598
CI01000016_01217119_01220858.mRNA mRNA upstream 6261 1217119 ~ 1221937 (+) True CI01000016_01217119_01220858
CI01000016_01183747_01191853.mRNA mRNA upstream 35340 1183747 ~ 1192858 (+) True CI01000016_01183747_01191853
CI01000016_01122656_01129008.mRNA mRNA upstream 99190 1122656 ~ 1129008 (+) True CI01000016_01122656_01129008
CI01000016_01052539_01073915.mRNA mRNA upstream 152665 1052539 ~ 1075533 (+) True CI01000016_01052539_01073915
CI01000016_01033465_01037665.mRNA mRNA upstream 189752 1033465 ~ 1038446 (+) True CI01000016_01033465_01037665
CI01000016_01238151_01242924.mRNA mRNA downstream 2145 1237991 ~ 1242960 (+) True CI01000016_01238151_01242924
CI01000016_01253760_01273553.mRNA mRNA downstream 17560 1253406 ~ 1273953 (+) True CI01000016_01253760_01273553
CI01000016_01277792_01304615.mRNA mRNA downstream 41082 1276928 ~ 1304762 (+) True CI01000016_01277792_01304615
CI01000016_01408124_01408966.mRNA mRNA downstream 170790 1406636 ~ 1409165 (+) True CI01000016_01408124_01408966
CI01000016_01476236_01476607.mRNA mRNA downstream 240390 1476236 ~ 1476762 (+) True CI01000016_01476236_01476607
TU106281 other upstream 300666 905400 ~ 927532 (+) True G93406
TU108565 other downstream 2626329 3862175 ~ 3862305 (+) True G95439
TU108786 other downstream 3036790 4272636 ~ 4273905 (+) True G95648
TU108629 other downstream 3598712 4834558 ~ 4836655 (+) True G95503
TU108946 other downstream 3984034 5219880 ~ 5225941 (+) True G95792
TU109033 other downstream 4170023 5405869 ~ 5407863 (+) False CI01000016_05405791_05407797

Expression Profile


Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
tiger barb (Puntius tetrazona) TU170090 True 4341 lncRNA 0.36 2 NC_056714.1 21997010 ~ 22001617 (+)