RNA id: TCONS_00016626


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00016626
length 4967
RNA type mRNA
GC content 0.40
exon number 12
gene id XLOC_008252
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 3125136 ~ 3162586 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

acagtataacgTTACCGATATTAGCAGTTAATATGTGGTTTTGCTGTAGTCACCATGTCTTGTAAGGGAAGTTTGAAATCCTGTGTCGCTCAAATCCACCCATATGAGACACTGCCAGCTGAGAGAGGACTGAACATCCACCTCAACTCGCAGACATGCAGAATTGACGCTTTACTCCACCATCTCCATCCTAATCTGCCACAGGAATGAAGACCTTGACGATTCATTTAACACGAGAGTAGTATGCTGGACGTGGGGAAGTGGCCGGTGTTCGCCCTCCTGCCCCCTGAGGAACTACGGCTCATCCGTCAGGCCTGTGTGTTTGGCAGTGCTGCCAATGAGGCCATCTATGTTACTGTCAATGATGAGgtGTTTGCTCTGGGCACAAACTGCAGTGGTTGTCTAGGTCTGGGGGACACTCAGAGCACCATAGAGCCCAGGCGGATCGACATCTTGTGTGGGAAGAAGATCATCTCTTTGAGCTACGGCACTGGTCCACACGTGGTCATCGCCACTGCAGATGGAGAGGTTTATGCCTGGGGTCACAACGGCTACAGTCAACTGGGAAACGGCACCACCAATCACGGCCTGACGCCCGCACTGGTTTCCACCAACCTCATTGGGAAGCGGGTGACGGAGGTTTCCTGCGGTTCTCACCACACCATAGCCCTTACCACAGATGGAGAGGTATACGCCTGGGGCTACAACAACTCGGGTCAGGTGGGCTCTGGATCCACAGCCAATCAGCCCACTCCTCGGCGGGTCAGCAGCTGCCTGCAGAACAAGGTGGTGGTGAACATCGCCTGCGGACAGCTCTGCTCTATGGCCGTCCTGGACAATGGAGAGACATACGGCTGGGGTTATAACTGCAATGGGCAGCTCGGTTTGGGCAACAACGGCAATCAGCAAACCCCTTGCCGGATCGCCGCCTTACAGGGAATCAACATCATACAGgTGGCGTGTGGATACGCTCACACACTGGCTCTCACAGACGAGGGATTTGTTTACTCTTGGGGAGCGAACTCTTATGGGCAGCTGGGCACAGGCAATAAGAGCAACCAGGCGGTGCCCACCCTCATCAACATGGACAAGGAGAGGATGGTGGAGGTTGCTGCATGTCACACCAGTCACACATCAGCAGCCAAAACTCAGAGCGGTCAGGTGCTGATGTGGGGTCAGTGTCGCGGTCAGGCTGTGGCGTACCCTCACCTCACCCACTTCACCAGCACCGACGATGTCTTCGCCTGCTTCGCCACACCAGCCGTCACCTGGCACCTGCTGTCTGTGGATGGAGACGACTATCTGACTGTTGCCCAGTCGCTAAAGCGAGAGTTCGACAGCCCTGACATCTCTGACCTCAAGTTCCTGGTTGACGGGAAGTGTATCCACGTGCATAAAGCCCTTCTTAAAATCAGGTGTGAGCATTTCCGAGCACTGCTGAATGAAACCGACGAAGAGACCATTGAGATTCATCAGTTCTCTTATCTGGTGTATCGTGCGTTCCTGGAGTACCTGTATACTGATACGATCAACCTCCCCCCTGAAGATGCAATCGGTCTGCTGGATTTGGCCACATATTATCGTGAGAGTCGTCTGAAAAGACTGTGTCAGGAGACCATCAAGAGAGGAATCACAGAGGAGAATGCTATAACACTGCTGTCAGCGGCGGTCAAGTATGAAGCACGGGATCTGGAGGAGTTCTGCTTCAAGTTCTGCGTCAACCACCTGACGGCTGTCACTCAGACGCAGGCCTTCGCTGACATGGACCACGACCTGCTGAAGAACTTCATCAGCAAAGCCAGCCGCTACGGGGCCTTCAAAAACTGACAGATCCAGcgtagaaagagagagagagagagagagagagagaggtattCTGTTCTGGATTGTTAATTTCAAATACCTCGGATTTGGAGAGACAAAAGCCAAATTCTTGAGGTTTTGAGGGTGGAGAAGTGGGAAACCACTGCACTGGTTGTCTTCAGGGTCCCAGTGCCTTTACATTTGATCCCCATCTGAAGCACCATGAAAGACTGGGTTGAAAGGGACCAGGAAGGTGTAAAAGATTCATTGTAAAAAACATTAACTCAGCTTCAAGTAAACAACTTTGACTTAACATTGACTCAACaacaaaattgtaaggcaacttgctgtaCAGTGTTTTTTTAGTTGAGTCCACTGAAATCCTGTCATCTGAAGTacttgggttaaaagttgagtcaattCCTAAAGAAGCTGTGTAGCCTTACAATTTGAAGTTGACTCGACTTAAAATAGTAAAGCTGcacagttttttttaagttgactccACTTATATCGTGTCATCAGCAGTACTTGGCTTAAAAGTTGAGTAAAGTCAAAAAAAGCTGCGCAGCTACACAGTTTTAAGTTGATTTGACCTAAAATTGTAAGGCTGCAGAGTTTTTTGAGTTGACTCTACTTGAATCGTGTAATCCGCTGTACTTAAAAagggttaaaagttgagtcaactcaaaaaaaaagttgtattacaaaaaaaaattgagttgacTCAACTGAAGTCGTATAATCTGCAGTACTTGGGTTAAAAGTCGAgggaactcaaaaaaaaaaaaaaaactgcgcaGCCGTACAATTTAAAGTTAACttgacttaaaattgtaaggctaCACAGTTTTTTTTGAGTAAACTCCACCTAAATCGTGTCATCTGCAGTacttgggttaaaagttgagtcaactgaaAAAGCTGCGCatccttacaattttaagttgactggacttaaaattgtaaggctgCACAGTTTTTTCAGTTGACAGCACTTAAATGGTGTCATCTGCTGTACTTGGGTTAAAAGTGGAGTCaactcaaaaaacaaacaaactgtgcagccttacaattttaagttaacttgacttaaaattgtaaggctgcacagttttttttttgagtaaacgCCACCTAAATCGTGTCACCTGCAGTACTTGGGTTAAAAGTGGAGTCAACTTAAAAAACTGTGCAGCTTTACTGtcttaagttaagtcaacttaaaattgtaaggccgCAGTTTTTTGAGTTGACTCCACTTAAATCATGTAATCCGCTGTACTTGGGTTAAAAGTGGAGtcaactaaaaaaacaaacaaactgtgcaGCCTTACAACTTTAAGTTGACTTGACTTAATATTGTAAGGCTGCACagtttttttgagttgactcaacttaagtCATGTCATCTGCTGTACTTGGGTTAAaatttgagtcaactcaaaaactGTGcggttttacaattttaagtcgagttaacttaaaattgtaaggccgCACAGTTTTTTGAGTTGACTCCACTTAAATCGTATCATCTGCAGTAAAAGGATTAAAAGTCGAGTTAACTCAAAAAATCTGCAcagccttacaattttaagttgactgGACCTAAAATTATAaggctgcagtttttttttagctGACTCCTCTTAAATTATGTCATATGGTTTACTTGGCTTAAAaattgagtcaactcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagctgcgcagccttaaaattttaagttgcgTTAACTTCAAATTGTAAGgctgcacagttttttttttggagtagACTACACTTAAATTGTGTCATCTGCAGTTAACTCAAAGCTGTGCAGCCATAGAATTtcaagttgactcaactttttatttgtttgtaatgATTGAAATcactgaacaaacaaaaaaaggaaggGATTGAAATATGAAAAAGCAAAAGGGAAGAACCGTTTTGTGTATATGAGATGGTTGATCGAGAAAGACTTCTTCATTTGTTTTCCTAATAGATTTACAGCCTGAAGTTTAAATTTAAAGGGACCGtacacccaaaactgaaaattccgtCATCTTCTTCAGAACCATTCAGTtaacattgacttttatagtatttgttttcccaaCTATGGATGATATTTCTAAAAATTTGAACCACTTGAGAGAGAATAAATAATGAGTTAATTTTGTTTTGGgggaactgttcctttaagagaTTATTCGACAGGTTATCCATCCTAAATTGGTCTCCTATTGTCACAATGGCCTTTATAAATCTGGCCAACAACCAAACAAAGATGATCCTGTGTCATTGGAGAtcatgattcatttttttttcttcagaccTTAGCAGGAGCTTTGATGTAGCAATACGTCACATTTAGAGTGTTCTAGCATTGTTTTGAAATGTACTATAGTGACTTTGGCACTAGATTAATTTACAGATCAGAGTAATGTCATTTTTTATTGactattatgtgttttttttgtcatgtttgcTGTCTTTTTGTGTATCAGTGTTATTTTGAGCATGTCAGAAAGGTCACTGCTTTCGTCCAGTCGTATTTTTACAAGCACTAATAAGCGAATCGTGCAAAAGCTGTGGAGAAAATAATGGCAGAACCGTATTTCACCTCAAAATCTACAAATAAATttgtacatatatttaaatataaatgtaaatattaagagacctcttaaaacagtttttttctggATTTACTGTGGATTTAGTAGATTTGTTAGGTATGAgtttgaatgaaaaaataaataaataaattaataaaattatatataaatttacttaAATCCCATGAGCCCACTGAAGAGGTGTTGGCATAATCGAAAAATGGCAGAGAGGGCCAATACATTGCAACAATAATGTGACAGATGTAATACATTTGAATTCTATTCAATACTATATGTATATAAATCATTCATACTAtttgtaaaatactttttaaataactgaaaactgtttaaattcaaacaaatttttcattttttttgtgaaaaaaatggggaaaaaatggctaaaaaagttaaaacattggttatgtgttgtttaaaataaataaataaatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataaacagagaaaaaaacgctc

Function

GO: NA

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-071016-3 Orthologous to human RCBTB2 (RCC1 and BTB domain containing protein 2).

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000130968

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00018870 lncRNA upstream 135185 2988791 ~ 2989951 (+) True XLOC_008251
TCONS_00018869 lncRNA upstream 237638 2886700 ~ 2887498 (+) True XLOC_008249
TCONS_00018751 lncRNA upstream 259207 2865624 ~ 2865929 (+) True XLOC_008250
TCONS_00018750 lncRNA upstream 269507 2844812 ~ 2855629 (+) True XLOC_008248
TCONS_00018868 lncRNA upstream 309422 2814070 ~ 2815714 (+) True XLOC_008247
TCONS_00016627 lncRNA downstream 7388 3169974 ~ 3201297 (+) False XLOC_008253
TCONS_00016628 lncRNA downstream 33565 3196151 ~ 3201213 (+) True XLOC_008253
TCONS_00018871 lncRNA downstream 75009 3237595 ~ 3239957 (+) True XLOC_008255
TCONS_00018872 lncRNA downstream 220228 3382814 ~ 3383114 (+) True XLOC_008258
TCONS_00018873 lncRNA downstream 364819 3527405 ~ 3529781 (+) True XLOC_008260
TCONS_00016624 mRNA upstream 235035 2856696 ~ 2890101 (+) False XLOC_008249
TCONS_00016625 mRNA upstream 237823 2857556 ~ 2887313 (+) False XLOC_008249
TCONS_00016621 mRNA upstream 546997 2559875 ~ 2578139 (+) True XLOC_008244
TCONS_00016619 mRNA upstream 581302 2520319 ~ 2543834 (+) False XLOC_008243
TCONS_00016620 mRNA upstream 581577 2534740 ~ 2543559 (+) True XLOC_008243
TCONS_00016629 mRNA downstream 56548 3219134 ~ 3223448 (+) True XLOC_008254
TCONS_00016630 mRNA downstream 83889 3246475 ~ 3251221 (+) True XLOC_008256
TCONS_00016631 mRNA downstream 121830 3284416 ~ 3368645 (+) False XLOC_008257
TCONS_00016632 mRNA downstream 121830 3284416 ~ 3379041 (+) False XLOC_008257
TCONS_00016633 mRNA downstream 122098 3284684 ~ 3372979 (+) True XLOC_008257
TCONS_00016623 other upstream 439430 2685055 ~ 2685706 (+) True XLOC_008246
TCONS_00016622 other upstream 450546 2673935 ~ 2674590 (+) True XLOC_008245
TCONS_00016611 other upstream 766511 2358511 ~ 2358625 (+) True XLOC_008239
TCONS_00016606 other upstream 1251358 1873658 ~ 1873778 (+) True XLOC_008236
TCONS_00016599 other upstream 1556794 1560665 ~ 1568342 (+) True XLOC_008228
TCONS_00016634 other downstream 343723 3506309 ~ 3506423 (+) True XLOC_008259
TCONS_00016665 other downstream 2692525 5855111 ~ 5855225 (+) True XLOC_008292
TCONS_00016677 other downstream 3396464 6559050 ~ 6559185 (+) True XLOC_008299
TCONS_00016680 other downstream 3515935 6678521 ~ 6727082 (+) True XLOC_008301
TCONS_00016681 other downstream 3608000 6770586 ~ 6772120 (+) True XLOC_008302

Expression Profile

//

Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000092_00290289_00332484.mRNA True 1446 mRNA 0.55 10 CI01000092 290289 ~ 332484 (+)
bowfin (Amia calva) AMCG00016044 True 2209 mRNA 0.52 11 CM030122.1 3799589 ~ 3817285 (+)