RNA id: TCONS_00018755


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00018755
length 282
lncRNA type inter_gene
GC content 0.44
exon number 1
gene id XLOC_008278
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 5256501 ~ 5256782 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TACGCTCAGTATAGCTGAATCTTGTGAGGATTGGAGTTAATTCTTGACTACTCTTTAAAGAATATTGTAGATTCAAACATAGTCAATCGCAGACAACGGTTAAAACTGGGTAGGAAACAGACAGACGAACGGGGTCCAGCAGTCAATCCTCTcagtcctgagcacagacagacacacatgagCAAACACAACCAACTGACAAAGGAACATAGAAGCGTCGCCCAGAAATAGGCAcgataatgagcctcagctgaCGAGCTAATCAAAACAGCTGAGTATCGT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00018882 lncRNA upstream 702073 4553896 ~ 4554428 (+) True XLOC_008271
TCONS_00018754 lncRNA upstream 724536 4528549 ~ 4531965 (+) True XLOC_008270
TCONS_00018879 lncRNA upstream 935486 4313091 ~ 4321015 (+) False XLOC_008269
TCONS_00018878 lncRNA upstream 935872 4313091 ~ 4320629 (+) False XLOC_008269
TCONS_00018883 lncRNA downstream 21121 5277903 ~ 5278903 (+) True XLOC_008279
TCONS_00018884 lncRNA downstream 211316 5468098 ~ 5470851 (+) False XLOC_008289
TCONS_00018885 lncRNA downstream 211578 5468360 ~ 5471508 (+) True XLOC_008289
TCONS_00018886 lncRNA downstream 584775 5841557 ~ 5853342 (+) True XLOC_008291
TCONS_00018887 lncRNA downstream 902227 6159009 ~ 6160503 (+) True XLOC_008297
TCONS_00016652 mRNA upstream 107708 5116179 ~ 5148793 (+) False XLOC_008277
TCONS_00016653 mRNA upstream 107708 5132439 ~ 5148793 (+) True XLOC_008277
TCONS_00016650 mRNA upstream 150330 5086338 ~ 5106171 (+) False XLOC_008276
TCONS_00016651 mRNA upstream 150446 5088210 ~ 5106055 (+) True XLOC_008276
TCONS_00016649 mRNA upstream 181518 5028608 ~ 5074983 (+) True XLOC_008275
TCONS_00016654 mRNA downstream 20979 5277761 ~ 5280100 (+) False XLOC_008279
TCONS_00016655 mRNA downstream 24076 5280858 ~ 5284248 (+) True XLOC_008280
TCONS_00016656 mRNA downstream 30921 5287703 ~ 5289199 (+) True XLOC_008281
TCONS_00016657 mRNA downstream 37003 5293785 ~ 5295023 (+) True XLOC_008282
TCONS_00016658 mRNA downstream 42622 5299404 ~ 5300815 (+) True XLOC_008283
TCONS_00016634 other upstream 1750078 3506309 ~ 3506423 (+) True XLOC_008259
TCONS_00016623 other upstream 2570795 2685055 ~ 2685706 (+) True XLOC_008246
TCONS_00016622 other upstream 2581911 2673935 ~ 2674590 (+) True XLOC_008245
TCONS_00016611 other upstream 2897876 2358511 ~ 2358625 (+) True XLOC_008239
TCONS_00016606 other upstream 3382723 1873658 ~ 1873778 (+) True XLOC_008236
TCONS_00016665 other downstream 598329 5855111 ~ 5855225 (+) True XLOC_008292
TCONS_00016677 other downstream 1302268 6559050 ~ 6559185 (+) True XLOC_008299
TCONS_00016680 other downstream 1421739 6678521 ~ 6727082 (+) True XLOC_008301
TCONS_00016681 other downstream 1513804 6770586 ~ 6772120 (+) True XLOC_008302
TCONS_00016699 other downstream 3426040 8682822 ~ 8682937 (+) True XLOC_008317