RNA id: TU313236



Basic Information


Item Value
RNA id TU313236
length 6881
lncRNA type inter_gene
GC content 0.38
exon number 2
gene id G276114
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id CI01000069
NCBI id null
chromosome length 5329268
location 4704052 ~ 4710962 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence


AGAACAAAGAAATTTTTACAGGTTTGGAACAACTTGAGGGTGAGTAAATTATGACAGAATTTTCTTTTTTGGGTGAACTATCCCTTTAAATACCCTAATTGAACTAAGGCCTAATCCTGGCTTAATCTAAGCCCTGTCTGTGAAACCGGTACTACTTAAGTGTCTCAAAAAGCACCCTCAAGTTCATCTAATTGCATTGATATACATTTAAAGTATAATACGTTTTCACTTAATTGCTGTTAAAATGCAATTAAATGTCCAAAAAAATTACATTGCTTTCACTTAAATATATGCTTTTAAACTACACTATACTACACTTTTTTAAAAAGTATTCTAAAGTGTACATCTTTTTCACAATGCTTGGTCCTCCTGTTTTACTAAAACAGGGAAACAGCATCATCCAGGTCCTGCTCAGTCCAGCTTCTTACAGAGGTGGAGGCCAAATGCAGCCGTAATAGGACAAACATGACCTCATGACCGTCAGCTCAGTCATACAGTCAGATTAGCTTCTCTGACAACAACAGCACAGCCGCAGGGAGCTCATGCCATCACTACGACAATGCGAGAGACGTACCTTACGCAAGGGCATGACACCCAATACAGAGACCTGAAAACAGGAAATTCATGATGTCGCTCTGACCCGTTTGAGCTTGCGCACACTCTCATGGTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACACACTCACACACACACACACACACACACACACACACAGACACACACACACACACAAACAACATGCAGCAATCTAGGGACTTCTTAGTTCAAGTTATACATACCTAATTAAAACAAGGAGGCAGCCAATTAAGCAAGAGACCTGATGACAGAATTAACATTTCAAAGAGCAGAGGAATGAGAGACAGAAAGCGAGGGAGAGAATGAGAGAGATGTGGCAATAAAAAGGTCAAAAGAGGAAAGCAAATAAAAATATTGCGAGTGGTATAGATATAGATAGAGAAATGAATAAGTGCAAACGTCTAATATGACTTCCTCTTTGCTCTGATCTTGTGCCTCATGCGGTGCAGAACCCAGCAGGATCTTAGCACCATTATTTAAAGAAGAGTGCTCAACACGCTCCACTTCTGAAGGGCGGAGGACGCCCGCATCTCCAGCCGCATACTAAAACATCAGTTCACAGAGACGCACTTGAGAGGATGAGGCTGGGACTGTTTGAAATGTAGCAAAAGCTTCAAGAGATTTCTGAGGCAGAAAATTAAACAGATGGCAAAATCACAAACAGAGGGCCTGTTTTTCCCAGCTGTTTTCTCATTCTTTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTAAGTGGAACTATTTTTTTCTCTCTCAAATCATATTATCTTTTGTTTAGTATCTGTACTATCTTTTCTTCCTCTTTATCAGTGTTCAGCTTCTTCTTAAATGTCTTGGCTTCTTTTCGCTATGTTCACACAGAAGCAGAAAACTAGTGTCAGTCCTTTTTGGGGGGCTAATTTCACCCGGAAACAGAGAGAGGGAGGCATGAACTGTGTGTATGAAGGTTTTAGATCCCGTTGCTGTCTATCCCCACCAGATTTGTTATCGGAGCATTTGTAGCCACTGTCAGTTAATTAAGATTTGACGGATGAACTCTCAACTCGATTCGGCTCGTTTATTAAAAACTGCTGTGTGCAGAATTGTGATAAGACTTTCTGGTGTTATGGAAGTTGCCATATTTGATATTTACTTTAGTGACTGTCACTATGGTTACAGGTGTTATTCACGGCTATCTCAAGAATTGGAAAGGGGGTTACTTGTTCATACAAACAGTTTTCGATAAGCTTGGGTTTGCAGTTATATGTACAGGATAATTTGAGAGTCTGTAGTAATGTTAACAAATTATGTTAGTCATCATTTAATCACCCTCTCATGTCGTTCCAGACCTTTATGATTTTCTTTCTTCTCTGGAACACACACACACACACACAAAAGATACATAAAAAAAATGTCTTCAGTTTGAAATATCTTCTTTTGTGTTTCACAGGAGAATGTCAGTCGTATAACAACATGAGTAAATGATGACAGAATTTTCATTTTTAGATGATCTCTTTAACATTGTAGAAAATATGCATAATTTATAAATATGTTTATATGAGATTAATCAGCTGTAAACACAACATAAATGTAACATTTTCACAGACAGTGAAGTAAATGCACAGATGAACTTGAATTAATTAGTATTTTCTACAGTCAAACCAAAATGTATTCAGACACCTTGAACATTTCATTCATTAATAGTTTATTCACTATAGTTTAAAAAAATGGTAATAAAATATGACAAGATCTCAGAGTTAAACTGTGTCAGAAAAAAATAATCTTAATTATGTCAGATAACACTTAAGCAAAACATGGTCAGGTCAAATTGTCTGAATAATTTTTGGTCCCAAATTTTTATCAGTTTTACTGGTAGTCCACTTTATGAGGAATTTTTGGGTATAATATGTCACAGTTTACTTTATTTTGCTATCCTCACTTACATAAATGAACTATAGTGTCCTGCACCCACTAGTGAAAATATATAAAAAATTATATCTAGTGTCTGAATAATTTTTGCTTTGACTGCATATACTCGCGTTGTGAAATTGTGATTGCCGTAACAACAGAAAATCCTGTATACTTTGTAGTATAAATCAGGAAAAATTCACAACACTGTGAAATGTATTGTATTTTAATTAAGTTGAAAAATCTTTTACATGTTTAATACATTTACATTAATGTTAAGGTGTAAGTTTACAGTTTGACACATTTGTCATTTTGCTTTGTTATTGCTTATTTGTTACTAACATTTTTTTTTTTTTTTGACTAAAATGTTGTTTCTATCAAAATGAAATGGATTACAATTAATTAATACGGTGTTATGAAATCTGCACCCCTTAACCATGAAACTGTGGAAAAGAAAGAAACGAGATGGGGGAGGAAGAACAGAGGAGAAGAAAAGGGAACAGAGGGAGAAAGCCAGAAAGAAAGAGTCTCTTGTCCTGTGATCAGAGGCAGCTTGTCAAAGACTCCCTTGCCGACACTTTAATGATTCCTCACACGTCAGAAACAAACTCCGAAGATGATGATCATCTTTTCATCTGCTGTCTCTGGCCTCATTACTGCCACAGCACTCTTGGTCAGCAGTGAGGATCAGGAGTGAGAGAAAGAAAGAGACAGAGCCACAGAGAAGAGTAAAAAGCAAAACATTTTGATCTATAATTTATTTCCAAAGCAATGCCTTTACTCAGCTCCTGAAACATGGTAGGAACAGGGGTGGTTTATGATCATTATTTCAGCAAGTCACAATCTTTCAGTCTCCTCCCCCTTACTCTTATTCTCCTTACATGTTTATATTTTGCTCATCATAGGGCCGTGTTCTGTGGAACCTTATTAGTGATGTTTGCTAAGGCAGCATTGCTCATTATAAGGGTTAGGGATTTAAATAGATAACCTTTGTATGTCATTGATATCTGCCGCACCATCAGACATTGACAGAGGGACCTGAGCTATATCTATGGAATAGAGACTTGGGTTGTCTCTTTGACTTGGCAAGAAAGCAGCCATCTACCATCCACCCACCCTTGTAACAAACAACCTAGCAATGGTGTTGCTATATACATACATATATATATATAGAGAGAGAGAGAGATCTAAAATACATATTTATGTATTATTAATATATTTGCGCTCAACTGGTTTGAGGGGGAAAATTCACCAATATGAAATAAGCCTCTTTCCATCCAATGTTGTGAACTTAACTAATGCACGAAAATTGGAATATCGCACAAAACATTTGCAAATAAAAAATTCATCTGCCTCATTTGAGCGCATACATTTTTATATATATTAATTTTTAGAATTTATGCGTATCTTGGCAGTTCCATCCAGCATTTTTTTTATGCGATATCCCAAAATCCGCATTAAAAATAGTTGGATAGAACTGCCAAGATGCGCATAAATTCTAAAAATGCACATTAAAAAACTTATGCACTCAATTAAGACACATACATTTTTATCCGATAAGAAAACGTGCAGAAATTATGATGGAAACATATTTACCCAATAAATCAATTTGTAAAATCTAAACAAGCTTTACAGATCTTTATTGGAAAGTGTTTAAACAGTAGGGCTTTTCACACTGCACTTAACACTTCTAAACACCGCTTTTAACCCCAGGTAAAGGAGCATTTCACACTTGTAATTTAGATGCAGGGTTAGTACCGCTTTTTACCCAGGGTTATGAAACCCTGCTCTTAACTCTGCACTGCGGTGCCAAACAGTGTGAAACGATGCGGTGTTAGAATGTTAAAACTAGATGCTTAGCAACCAACAACCAATCACATGCCTTATATTCACGCACTTTGGGCAGAACAGACCATCATTCTTACCTTTAGAAAAACATTCAGGAAAAAAATTGATATTACAGTCAGCAATGAGGACACACAAAGCTTTTATGTAAACAGGTCACATGCTGCGTTTGTCCAATCAGTAACACTGACACCACAAATATGCAAATAAGGACCCAGGGTTTAGGAATGTGCAGTGTGAATCGGTAGCTTATGAATACCCAGGATTTACTGTTAACCCTGGGTATAGTATGAGCAGTGTGAAACGTGAATAAAGATAACCTAGGATTCCATTTACCCAGGGTTTAGAATGACCCAGGGTTAACTAAGTGTGAAAATCCATATGCATTTCGATGTACATCCAAAAAGCATTAACTTCCGTGACGTAGTACACAATGCCATGTATGTATGGCTGTCTACACTACGCCATGACGTACTACGCTATGTCCTATGCTATAACACGTAGTACGTCATGTCATTGTGTACTACGTCATGGAAGTTAACGCTTTTTGGACGTACGTTGAATGCGTATGGCTGTCGCGCCGGAAGCTCGTTATTTTACTTTATAAAGTTTTAAATAAGGATATTTGTCTTACACAAATGCATCAATTCGCTTCAGAAGGCCTTTATTAACCCCCTGG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Function


GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU313216 lncRNA downstream 583 4699271 ~ 4703469 (-) True G276094
TU313255 lncRNA downstream 34241 4669332 ~ 4669811 (-) True G276133
TU313251 lncRNA downstream 38639 4665170 ~ 4665413 (-) True G276129
TU313180 lncRNA downstream 79150 4623102 ~ 4624902 (-) True G276064
TU313181 lncRNA downstream 80315 4616929 ~ 4623737 (-) False G276064
TU313192 lncRNA upstream 80420 4791382 ~ 4792803 (-) False G276071
TU313193 lncRNA upstream 80420 4791382 ~ 4792703 (-) True G276071
TU313229 lncRNA upstream 293417 5004379 ~ 5009473 (-) True G276107
TU313318 lncRNA upstream 348371 5059333 ~ 5059568 (-) True G276193
TU313225 lncRNA upstream 375155 5086117 ~ 5089577 (-) True G276103
CI01000069_04692723_04695795.mRNA mRNA downstream 7485 4692492 ~ 4696567 (-) True CI01000069_04692723_04695795
CI01000069_04628032_04638137.mRNA mRNA downstream 65915 4627853 ~ 4638137 (-) True CI01000069_04628032_04638137
CI01000069_04603992_04607459.mRNA mRNA downstream 96466 4603099 ~ 4607586 (-) True CI01000069_04603992_04607459
CI01000069_04599199_04600481.mRNA mRNA downstream 103571 4599169 ~ 4600481 (-) True CI01000069_04599199_04600481
CI01000069_04595809_04598174.mRNA mRNA downstream 105878 4595750 ~ 4598174 (-) True CI01000069_04595809_04598174
CI01000069_04802439_04905601.mRNA mRNA upstream 90635 4801597 ~ 4905886 (-) True CI01000069_04802439_04905601
CI01000069_04919538_04930550.mRNA mRNA upstream 208057 4919019 ~ 4930550 (-) True CI01000069_04919538_04930550
CI01000069_04932463_04940554.mRNA mRNA upstream 221182 4932144 ~ 4941148 (-) False CI01000069_04932463_04940554
CI01000069_04942590_04973602.mRNA mRNA upstream 231449 4942411 ~ 4973663 (-) False CI01000069_04942590_04973602
CI01000069_04983344_04983640.mRNA mRNA upstream 272360 4983322 ~ 4983640 (-) True CI01000069_04983344_04983640
TU312842 other downstream 896975 3805663 ~ 3805758 (-) True G275746
TU312875 other downstream 934832 3765673 ~ 3769220 (-) True CI01000069_03768812_03787588
TU312899 other downstream 1127717 3563293 ~ 3576335 (-) True CI01000069_03571631_03573352
TU312851 other downstream 1277678 3426149 ~ 3426374 (-) True G275755
TU312791 other downstream 1625884 2992504 ~ 3078168 (-) True G275699
TU313201 other upstream 228559 4942073 ~ 4942199 (-) True G276079
TU313215 other upstream 258333 4985966 ~ 4986424 (-) True CI01000069_04985959_04986408

Expression Profile