RNA id: TU313217



Basic Information


Item Value
RNA id TU313217
length 6849
lncRNA type antisense_over
GC content 0.38
exon number 2
gene id G276095
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id CI01000069
NCBI id null
chromosome length 5329268
location 5138358 ~ 5152509 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence


CTCTACAGAGACTTGAGCCGCTGTTGTCAGTTTCAACAAAATGGCTGCTGGAGCGCCACAAACGAAAACCCAGTGAACGCTTCACGTCAGTGCAGTATCATTTTAAATGGATGCATTGGAATTTCCCTACCTTCTGAGCATCGGGACATTTACTCGTGTGGACTCGTTTACATACGTATTAGCGAAATGAAGGCATGCTGAAATATTTCCCTTTACGCACTTTATATACACCCAAAAGCATACAGAAGCTCAAACTGCCAGTGTGCGCGCGTCTGTGTGGGTGCGCGCGTGTGTAGCTGCTCCTAAAAATCGTCGTAATGTTGAAGATTATCAACCTTAAGCTTTCTTGCTTACGTGGAAAATTGTCGTTTAATGTAATTTTCACTGTTTGCACTGGCATTTTTTGAGTTTTTTTTTCCCCCCCCGCATCTGGATAAATTCCACTGCATATTGAGAGGTGAATTCCTCAACTGGAAAGTCAGCCTCGCCATTGCAGCTCACTGCAAGAGCGAGTGTCCCGACTGCGACTGAATAATATCTGATCTGTGTCAGTACGGGTATCGACAACATCCTCCTTCACCATGCAGCTCATGCATCACATTTGAACGGCAGACCGCAGTTGCTCCGTGTGCAAAATAAAGCCTTGGGACAAAACACGTCACACAAGAGGAGAACCATTTGATGGAAGAAAAGAAAAAGAAAAAGCAAGAGGAAAAGAAAAAGAAGGAAGCTGCTCAGAAAAAGGTGAGGGCTTCTTTCCTATGACCTACAAGCTTTCACGTAGAATCTTTTGCTTGCGTCCTCCTTATAAAAGCTGCTTAACGGACACCTTAGTCTGTCATAAGCTTCTGAGACATCTTTACCAATGTGAAGCACAGGTACCAAACAGAAGACCTGGCAACCTGTTTGATGTCTGCCTGTGAAACTGTTCAAACACAGTTGTTATGGTGCTCACTTCTTAGACATCATCATGAAGTTACAAAGTCAGTGTTCCCGTCTTGTGTATACTAATGTAACATTCACTGATGTTACACAGGTCACATTCTGGTGCTCTTTTGACTGATTTAGCACATCCAGCTTGATCTCTATTTAGCTAAATACTGAACATCTTATGTGTTCCAAGATTTATGGTCCACTAGTCATTTTTACAGTTTTTTTTTTTTTGTTCCAGAAGTGACACATTCTTTGTTATAAAGCTTTTGTACACTAGACCTGTGAAAGTGTGCATCTCTCAGTCTACCTTTGTTCTTCCTTTACAGGCTGCTGAACAGAAAACCAAAGGTCAGTTATGATTCTCTTTGCAGTGCTGCACTAAAGCATGAAGTTAAAATGTGTTTCTTTTTTAAGGATCTTCTCCATACAGATATGTTCATACCACATATATCTCCTCAAACACCTCTAGAGTGGCAACTTATGAAGCATATGAACGTTCGAAATTTGAATGTTATTGAGCGGCTCAGAAGTATGATCAGGATTATATTTCTTAATATGTAAATCTGGCAATATTGTAAACTGGCAGCATCATACGATTTTAAAAAGCGTTTCTTCAACTATGGTCACTTTTGGCACTGTGGACTTTGAGTTCACACTCTCACTAGTTTGATTGGTCTACTAATTGTCTTCAACAGTGAACATATACATCAGGAGAATGCTGTTCTTTTTGTCATTGCCATCATACCTCAAATAATGTATTCTGTTTGATTGAATTCTGTGGTGGAAATGACATTTAAAATATTTTAAATGAAAATCGCAATTTAGAATGGCCGACTTTTTTGTCTTGCTAAGACTAATTTCATAGCTAACATTTGATTGGTCCTAAATACACATAATTAAATTATATATTTTTTTTATATTTTTGTTTTAAAACTTTTTATTGATTTTAGTGTTGTTTTAATGTACATGACAACTGAAGAGCTGTTGTAGTTTGTGTAAAGATTTGCATAATTTTCACACAGTAAATATTAGAATGTGTATTTTGCTCTATTTGTAGATTATCATAGTTGTAAAAATGCAATAAAATTATGAATTTTCATATTTTTAAATCTGTGACTGGGACAAGTATAAAACAATAGAATCTGTACAGTACATAAATGGTGTTTGCAAAGTAGCCACTTAAATGGAGAACAATTTTACAAAAAGAAACAAGCTGAAAAAAATTCAACTAGTGCTTGTAGTTGAAGAAACACCCATTCATTTAAAAGTATCTGTTCTCTGTTAGTCTGATTGTTAGTAGGTCCTGTTTAAATCAGTGTTAGCAGCAGATCTTAGAGTGACAGGAGAAGTGAGAGTGACAGCACTGGAAGGGAGACAAGGGGAGCAGGAGAGGAAGGTATGTGCTGACGTGTTTGGTTCTGGTCTCCTCACCCCATAGGTTACGCCGCCTTCATTGAGAGGGGTGAGGTATGAGGCAGTAAATTTTAGACGACAGAAAAGGCTTTTTGAGGGTTGTCATGGGGCAGATGGGAGAGGGGCTTATGTCATGTGAGGGATAGACAGTCATAAATCTCATTAGAGCATCTGCTAATGCTGTAACTCTCAAACATCAGACTTAACGCAGGAGGGAGTGCTGGTTTAGTGCACACAGGGAACTTCAATTGCAAAATATTCTGGAGAATTGAGTTGCAAAGCTCTTTCTTTCGCGCTTTCATCCCCTGAATCTCTATCACTGTGTGAGTCAATGTTCAGGATCTCTTGTTTCTTTAATCTGAGTGCACTAGGGGCATTCGTGGAGCTTTGCTAATTAGATCTAATCTGGTTTTGCTTTGTTTCACATCTTTCTTTATCCCCTCTTGAGCCATGGTACCTAAGGACACACATTATCTGCTGCTGATAAGGATATGTCTGTTCCTTCCGCCTGTTAGATCTTCTTGAATTTGGCTGACCTGTTTCTGGGTGGCTCGACATGTGTGTTAGATTTCTTCTGTGTAAAGTAAAATGGACCAAAGTGCTTGTTTTTGGAAAAGGGTTTGTCGAAGGTAGCATAACCCTCCTGGATCGAAGTTGACCTTTTAGTGCCTAAGTCTTAAATACTTTACCCAAGATACTGTCTGTGTGACAGATCTTTTATAGTTCGATAAATCTGTTTGATGTTTCTTGTAATTCGGGTTTTGTTTATGAAGTTGTATGTTTATTGTAAGGATGTTGCAAAAATGCACAATTTAGTGGGTTGTTTGAACAACTAGTTGGTCTTAAAGGGATAGTTCACCCCAAAATGAAAATTCTGTCATTTAGTTACTTATGGAGTTGTTCCAAAACTGTTTGGTTACCATCTAGGGCTGCATGATATTGGAAAAAACTGACATTGTGATTATATTGTTTTTCTGCGATATATATTGAGATATGAAAAAAATTCACCAGATGACTTGAATAGCTCTATTCGGAAAGAGTTTATCATTCTAGGATGATTTGTGGCTATTTTGTAGGTGAGTGAATACGCATAGAAAATAATGAACAAATTACAAGGATAGATAAATATTATAGAACAAAGATACAAATAAAATAAATAGTGCTTTATATTTTTCAGGTAAGAGTATTCAGTACAGTATTCAGGTACAGAAATTGAATAATCAAATGTAAAATAACACTGCATAGTCTTCCCTATATAAATTAAACAATTATTCTGTGGTAAAACTATAAAAAATTATTTTTCTCTGTCTTGTGTTGTTTGATTAACATTCAGTGGGAATATTAGGCTACTGTCACTTTAAGACCGAATGCGCGGATCCAAAATACTGTTACTGTAATACTGTATTTCTTCCTCAATTGTTTAGTTCACCTAAGCCATAAGCAACTGTATTTGAGGACAATGTTTTATGTGCATTTTGACAATTTCTTTGCAAATATGTGTCAGTTCAGGCACAAATAGATGCGGAAGAGAACGGCATTCGGTGTTCATGTGCATCTGTGTGTGCGCACGCACATAAAACAGTCGCACGTTTAGAATTGAGTTCTCTTTTGCATCTTCAAATAGTTTAAGTAGCTTGAATGTTTAAACTGAAAGAACCTAAAACACGTTCAAATGATAAACTTTTATTGTATGATGGTCAAACTTTTCAATTAATCCGAGAATCACGTGCGTTTTGAACCGTGTCTGGTCCGTACGAATTAACGATCCGTATACTTTGCATCGCACATCCTGCAATGTGACTATCGCGGATATCAGTGCTAAAACGATATATTGTGCAGCCCTATTACCAACATTCTTCAAAATATTTTCTATTATGTTCCACATAAGAAAGAATTACAGGTTTGAAACTACATGAGAGTGAGTAAATGTTTACAGAGTTTTCTTATTTTGGTGGGGTGTACTGTCCCTTTTAAGGTAGCCATTTATAACTAGGATGGTTTAGGGCATGTCCATCAAATGCCAGATGTGTTTTTAACAATGTTTAGATGCTAATTGCAGTTCTTCAGTGGGGTAACTGACAGGTATTCATCAAACAAAATTATTAAATTATGTAACCTTTAGTGCACAAAATCGCCAGTCATTATAAAAACAGAGACCTACGCATAAATAACAGCAAGTAATTTAAAGACTGACAATTAATGTCTTGAAATCTGAAGTTTGATGGCTCGACAGGACTTCTGTTAGTCTTTCAGCATGCTAAAATGTTCTCTGATAAGTTGTCCCCTTTAAAACCCTGCCACTATAAATATTAAAGCTAAATAAAAAGAAAAAAAGGAGTTGACCTGACTTATCACCTACTATTTGACCACTCTGACCACAAAAATTCACTGGATATTCTGTGATTGCTGAAAGGACATTTTAAATTCAGCATGATGTCGCCTAAAGATCTTTTGTATCATTAGAGAAAGGTGAAGGTGAGCTCTGAGGCATGAATCTCTAAAGAGACTCCTGGAGGAAGCAGCGCTGTGCTCTGGTACTGAGTGAGCAGTGACGACCGCAAGGCCATCTTTCTCTTTTCAAGAGAGGCCCAGGAGGGGCATATACACACACATACACACACATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAAACCTGGACAGATTCACAGGGAAGCGCTTTTGCCAAACCGACAGTGTTTTTGTGGAATGAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAAAGAACAGAAAAAAAAGTTGGAAAACGCTGTGGGTGTCTGTGTCAGTGGAGGAAGGGAGCAGTAGAACTGTGTGAAAGAAAGAGTGAGAACCTGCTTAAGTTTCCTGTCAGCTCAAGTCTTTTGGTTTTGGCCGCAGAGAAGCTCAAAGGCCTCAGAAGATTTTCAGGCAACTGAAAAAACAACCATCCCCCCTTTCACCTCTCCTTTTTTCCTCCAAATCTCTTTCTTTCCCTTTCACTTTCTAACTCATTCTCTTAAAGTTCATTTCCATATGCACACACATAGACACAAACCTCACTGACTAATCAGATTTGCTGCTGATTGTTAATGTGCTAAACCAGATTACTCAGTTGTTTCTGCTCTTGTTTCGGTACAGGCACTTTTTTCCACTTCAGCCACAGGTACTTTCTGTCTTGCTCACTTATTGTATACTTTTGGTCCAGTTGCCTTTAACATAGTGTCAACCCCAGAAAGAACGTCTATGACCCATTTAACTGTGTATGCATATTGTGTGTAAAATTGTTAGCAGTAATTGCAATCAGTAGTTCCAGTTAGACTGTGCCAATACAATCATATACTTTTCCCCATGATATTGCATGGATTATTTTGATCCTGGTATCAATATTTTTTGTTTAATTATCTGTGCATAAACTCTGAGCCTGCTTCAAAGGTCAGTTTCAGTTCAAATTCAATAATGATATTGAGATGCATTGCAATCATTACATGTGTATCGTATTGTGAGGTAGTTGGCCACATCCAGCTCTAGTACCAAATCATATACTGTAAAAAAAGATGGTCTCCACTTCCTTCCACTGTAGAAAAATTAAGCCAGAATATCACAAAAAGGGTTGTTGGCAATTATGTCATTTGGAGCCATCTGCTCAGTAGTGATCCTTAGGTGGAGCCGCTGTATCAAGGTCCCGCCTATACTCTTGCGCCGCAGACTCAATCGCAAGCACAGCTGTCAATCATGACGTTACACCCCCTTTTTTATAGCAACTACCTAAAATGACAGAAACCATCTTTGGAGAAAAAATTATTTGACGTATAATTGGATATTTTTTTTTTTTTAGTTTGGCTTGTGAGTCGTGTCTTATTCGATTACATGGAGAGGGCAGGGTCTATGACTTATACTGCAGCCAGCCACCAGGGGGCGATCTAAATTCATTTGCTTCACTTTTTAGGACCTGTGCAGCACACCAGTGTGATTTGAGTGGGTCCTGTTCAGTTTCTAAAGGAAGGACTAGTTGCTGTATTTTGTACTGTTTGGGTCAACAAATCTTGAAAGATACTAAACAGCATATTCTCAATCACAAGTGTATATTATACTTTTTCTGTAGAGTAATATATCCATAAAAAATATTTACTTTTGGTTGGACCATTAGAATCAAATTTTCTACGAATTGTACCTCAACTAGTAGAAACACCTAGGTCATGGGTCCTATTCGCAGGGAACTCATAAACTGTTAAAATATATGCTGTAGTTATTGAGAGCCAAATAAATATAATTTTGTCAATTATTCTTTTCAGCATTTCACTGAGACCGCTGCTGTATTTTATTGTAGTGTCATTGATTTCAGATTGTTTTGCTTCTAAACATGAGGAAAGCTTGATCAGAAACTGTATTTCAGACAGCCCTGCTCAACTTAAAGGATTAGTCCATTTGCAAATTAAAATTTCCTGATAATTTACTCACCCCCATTTCATCCAAGTTGTTCATGTCCTTCTTTCTTCAGTCAAAA

Function


GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU313200 lncRNA downstream 41372 5094118 ~ 5096986 (-) True G276078
TU313225 lncRNA downstream 48781 5086117 ~ 5089577 (-) True G276103
TU313318 lncRNA downstream 78790 5059333 ~ 5059568 (-) True G276193
TU313229 lncRNA downstream 128885 5004379 ~ 5009473 (-) True G276107
TU313192 lncRNA downstream 345555 4791382 ~ 4792803 (-) False G276071
TU313328 lncRNA upstream 2527 5155036 ~ 5155302 (-) True G276200
TU313331 lncRNA upstream 6199 5158708 ~ 5158935 (-) True G276203
TU313332 lncRNA upstream 6894 5159403 ~ 5159718 (-) True G276204
TU313335 lncRNA upstream 14523 5167032 ~ 5167723 (-) True G276207
TU313336 lncRNA upstream 16306 5168815 ~ 5169201 (-) True G276208
CI01000069_05100248_05121420.mRNA mRNA downstream 16938 5100067 ~ 5121420 (-) True CI01000069_05100248_05121420
CI01000069_05042346_05044105.mRNA mRNA downstream 93123 5042275 ~ 5045235 (-) True CI01000069_05042346_05044105
CI01000069_05025745_05032197.mRNA mRNA downstream 106161 5025297 ~ 5032197 (-) True CI01000069_05025745_05032197
CI01000069_04996783_05001227.mRNA mRNA downstream 137131 4996340 ~ 5001227 (-) True CI01000069_04996783_05001227
CI01000069_04985959_04986408.mRNA mRNA downstream 151950 4985693 ~ 4986408 (-) False CI01000069_04985959_04986408
CI01000069_05227862_05278522.mRNA mRNA upstream 75353 5227862 ~ 5278522 (-) True CI01000069_05227862_05278522
CI01000069_05321785_05324036.mRNA mRNA upstream 168762 5321271 ~ 5324097 (-) True CI01000069_05321785_05324036
TU313215 other downstream 151934 4985966 ~ 4986424 (-) True CI01000069_04985959_04986408
TU313201 other downstream 196159 4942073 ~ 4942199 (-) True G276079
TU312842 other downstream 1331281 3805663 ~ 3805758 (-) True G275746
TU312875 other downstream 1369138 3765673 ~ 3769220 (-) True CI01000069_03768812_03787588
TU312899 other downstream 1562023 3563293 ~ 3576335 (-) True CI01000069_03571631_03573352

Expression Profile