RNA id: TCONS_00017646


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00017646
length 6560
lncRNA type inter_gene
GC content 0.42
exon number 3
gene id XLOC_008932
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 2598804 ~ 2611170 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

tggcatcaAAAATCAGGACAGTCCTGCAATTGATTATTGATGTGTTTCTGATGCCAATGTTAGCTGTCGTTTTGACATCAGAGCAGTTTCACCAGTTGACTGAatctatttacaatatttatggCTTTTTTAACGTATTTTTTACGTCAATTTTGACATCAAGAAACCATCTGGGAAGGACAAGCTCACGGTTGACTTTTCCATCCTAGATTTGTTGCCGCTTGTTGACTGACCTGATCAATATTTCAAGCTCCCATGCAGGAGCATCGGTTACCACCTAATCTTTTGCAGATCTTCATCTCAGTCCGATGACAACCTAATTGCCTGACTGTCTGCTCAGAAGAAAGAACATTCACCAAGATATTTCACATAGACAAGAGATGCGTCTATATTGTCTCGCTTTAAGCTCTCTCTCAGCTCTGTGTGTATTGTTGCAGCTCAGCAAGGAAACTCGACACTCGTCTGTGATTAATAAAACATCACCCCGAGGGCCGAAAGGCACAACTACCCGAATGCTTTCAGCTGTATAAGCGTTGAAAGGCGACATAATCTCCCAGGGACAAGATTTGGGCTGAGATTGAAAGAGGTCTAGTATAAGTTGAACTCTTCATGCTGCACTCAGATCAGCGGCGGATGGGAATACGGAGAGCATGGAGAGCGGACAGAGCTTGACGCGGGTGATCTCAGAAATGCAGAATGAAATCAGAAAGctggagaatgaaaacaaagagcTCCGTGGGCAGCTGGACCGGCCGGATTCCTGCGCATTATCAGCTTCGCCGCAGGAGAGCTTGTTTCACGCTAACCTGAGACGCAATGTGTCTGCGCCGGATCTTGAAGGACAGTACAAAGAAAACATTATCATGACTGTGCGGAGATACTCCATATCGGCAAACTCCATTAATGGCTCTCGGAAGAATGAGATTTTACACAAGCCAAGGAGATACGAGGAAACTGTAAACAATAAATGGGCAAAATTACATGATGGTTCTCCAGGGCGTCCTACTAGTGCCTATGCTAAACCAGACATGGAGAAATTAACCAACAGACATTCCCTTCAGGAGTACGTCAACAAaaacagAGTCAAAGTCAAGACGGTCACTTTCCTGTTGCCGGTAGATGATATTTATACCAATCGCCCTGCCCTGGCCGAGCAGCTGCCTGAAAGGAGCACCTGTGAACTCAAAACAATTGATGAAACCGACTCGTGAGGTGCTGGAAAACCACAACCAAATGGATGTTCGGGAAGCTCACATTGAAGCGAAAACTATGCCACACTCATTAAAGACATTTTGTCCGAGTCCTGTGGAGAATTAATACCTACACCTGACCTCAGCACTTCGACTCCTGTTACAGATTTGGTTTCTGAAATTCATCCAGCTGAAGAAACACAAGTCACCTCATAGTGTCGTCCGATGGCCTGTCAATCACGCTATGGTGTTTGGATCAGGTGTCGGTACAAACGGTGGAGACATTCATGGAGACATTCACTTCCCGCCCACTACAATGCACGTTCTACCAGTTCACAGAATCTCCTATTGTTTTATTAAGAGTTAGATTGCCTTATTTTAACAGTTTCTTTATGAacatttaaaggtgcaataggagatcttggaaaatgctaacatTAGCCTGATAGCACTGAGAGCTATAAGTCCCTGCTGATCCTATAATcttaaatgtgcatgaaaatcttcaatttaaaatgtattttcctacaagaaagagaagaaaaagagGCCAAAAGAAGGTGTACACATTATTATTTTGCTTAGATCAGGGAAAATCTGCAGTCCAGAGGCtgcagttgaaaacatcttttcCCCAAATGATTTATGCGGTCACATTTAAAGATGTTAAAGTCGGCATGAAATCAgaatttactcttttttttcatatttatatagtgCTTGTTATGAATGATCTATCAGGCAATTTGAGCTAattggggtggggctatcagtcctttaagcaatcagtaatttggggcggggctatctgtcatttagtGTGGGTCTATTAACCCCTTTAGGGCGTAACTATTAGTTGTTTGGAGCGGGGCTATCTATCCTTTAgagcagggattcccaaacttttttattccgggactCAACaccaagtaattcaatctcaagacccaccataatattttaatatggaaaaatgggtaaaaaaaaaaatgtatccattcaaagcagtcaaaaatatatggtgtgtggctttttggattttgcgatttgatatgcaTAAAATGAGGCTCGAactagtgtttaaaataaaacacgcaggacggagcaaaaaaagCTCTATTAAAAGCAAGTAATTTGGGGCAGGGCTATCTGTCATTTAAGGTgtggctatcagtaatttggggaagggctatctgtcatttaaggtgtggctatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttagggtgtgactatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttagggtgtgactatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttagggtgtgactatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttaaggtgtgactatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttggggcgaGCTATCTGTCATTTGGGGTGTgattatcagtcatttggggcagggctatctgtcatttagcGTGTGACTATCAGTAATTTGGGGTGGGGCTGTCCTTCCTTTAGGATGTGGCTATAGGTCATTTGGGGCAGGGCTATCATTAATTTAGGGCataactatcagtcatttagggtgtgacTATCAgccctttagggtggggctatcggtCTTTTATGGCatgactatcagtcatttggtgTGGGGCTATCTGTTTTTATGTCATGACAATTAGTCATTTGGGTGCGGGTCTATCCTTCCTTTAGGATGTGACTATCGGtcatttggggcggggctatcattAATTTAGGGCATGACTATCAGTCATTCAGGGCGTGACTTTCagccatttagggtggggctattagtcttttagggcggTTAGGACACGTCTATCAGTTCTTATGAATGATCTATCAGGCAATTTGAGCTAattggggtggggctatcagtcctttaagcaatcagtaatttggggcggggctatctgtcatttagtGTGGGTCTATTGACCCCTTTAGGGCGTAACTATTAGTTGTTTGGAGCGGGGCTATCTATCCTTTAgaccagggattcccaaacttttttattccgggacccacctaggtAATTCAACaccaagtaattcaatctcaagacccaccataatattttaatatggaaaaatgggtaaaaaaaaaatgtatccattcaaagcagtcaaaaatatatggtgtgtggctttttggattttgcgatttgatatgcaTAAAATGAGGCTCGAactagtgtttaaaataaaacacgcaggacggagcaaaaaacTGTCAACTGACGGGCTATCTGTCATTTGGGGCGAGCTATCTGTCTTTTAAGGTgtggctatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttagggtgtgactatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttaaggtgtggctatcagtaatttggggtgggctatcagtcatttaaggtgtggctatcagtaatttggggtgggctatcagtcatttagggtgtgacTATCAGTAATTTGGGGCAGGGCTATCTGTCATTTGGGGCGAGCTATCTGTCATTTGGGGTGTGACTATCAGTAATTTGGGGCAGGGCTATCTGTCATTTGGGGCGCGCTATCTGTCATTTGGGGTGTGATTATCAGTAGTTTGGGGCAGGGCTATCTGTCATTTGGGGTGAGCTATCTGTCATTTGGGGTGTGACTATCAGTAATTTGGGGCAGGGCTATCTGTCATTTGGGGCGAGCTATCTGTCATTTGGGGTGTGACTATCAGTAAtttggggcagggctatcagtcatttaaggtgtggctatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttagggtgtgactatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttaaggtgtgactatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttaaggtgtggctatcagtaatttggggtgggctatctgtcatttaaggtgtggctatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttaaggtgtggctatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttagggtgtgactatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttaaggtgtggctatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttagggtgtgactatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttaaggtgtggctatcagtaatttggggtgggctatcagtcatttagggtgtgactatcagtaatttggggcagggctatctgtcatttaaggtgtggctatcagtaatttagggtgggctatcagtcatttaaggtgtggctatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttaaggtgtggctatcagtaatttggagtgggctattagtcatttagggtgtgactatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttggggcagggctatcagtcatttggggcagGGCTATCTGTCATTTGGGGTGTgattatcagtcatttggggtgggGCTGTCCTTCCTTTAGGATGTGGCTATAGGTCACTTGGGGCAGGGCTATCATTAATTTAGGGCataactatcagtcatttagggtgtgacTATCAgccctttagggtggggctatcggtCTTTTATGGCatgactatcagtcatttggtgTGGGGCTATCTGTTTTTATGTCATGACAATTAGTCATTTGGGTGCGGGTCTATCCTTCCTTTAGGATGTGACTATCGGtcatttggggcggggctatcattAATTTAGGGCATGACTATCAGTCATTCAGGGCGT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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00018809 lncRNA downstream 2683 2590381 ~ 2596121 (-) True XLOC_008931
TCONS_00017644 lncRNA downstream 79201 2517783 ~ 2519603 (-) True XLOC_008930
TCONS_00019112 lncRNA downstream 270520 2323666 ~ 2328284 (-) True XLOC_008928
TCONS_00017640 lncRNA downstream 270659 2323666 ~ 2328145 (-) False XLOC_008928
TCONS_00017629 lncRNA downstream 713565 1855023 ~ 1885239 (-) True XLOC_008923
TCONS_00019113 lncRNA upstream 7109 2618279 ~ 2625928 (-) False XLOC_008933
TCONS_00019114 lncRNA upstream 202346 2813516 ~ 2816142 (-) True XLOC_008942
TCONS_00017662 lncRNA upstream 307087 2918257 ~ 2931021 (-) True XLOC_008946
TCONS_00019115 lncRNA upstream 504167 3115337 ~ 3116262 (-) True XLOC_008951
TCONS_00019116 lncRNA upstream 549268 3160438 ~ 3162459 (-) True XLOC_008952
TCONS_00017645 mRNA downstream 2679 2589949 ~ 2596125 (-) False XLOC_008931
TCONS_00017643 mRNA downstream 79164 2510761 ~ 2519640 (-) False XLOC_008930
TCONS_00017641 mRNA downstream 101236 2490204 ~ 2497568 (-) False XLOC_008929
TCONS_00017642 mRNA downstream 105033 2490235 ~ 2493771 (-) True XLOC_008929
TCONS_00017638 mRNA downstream 410472 2182691 ~ 2188332 (-) True XLOC_008926
TCONS_00017648 mRNA upstream 20251 2631421 ~ 2632891 (-) True XLOC_008934
TCONS_00017649 mRNA upstream 27714 2638884 ~ 2640966 (-) True XLOC_008935
TCONS_00017650 mRNA upstream 39617 2650787 ~ 2652640 (-) True XLOC_008936
TCONS_00017651 mRNA upstream 44396 2655566 ~ 2657508 (-) True XLOC_008937
TCONS_00017652 mRNA upstream 89476 2700646 ~ 2726662 (-) True XLOC_008938
TCONS_00017639 other downstream 332721 2265969 ~ 2266083 (-) True XLOC_008927
TCONS_00017627 other downstream 760921 1834971 ~ 1837883 (-) True XLOC_008922
TCONS_00017597 other downstream 1276898 1321790 ~ 1321906 (-) True XLOC_008910
TCONS_00017537 other downstream 2173048 425695 ~ 425756 (-) True XLOC_008873
TCONS_00017535 other downstream 2249237 349451 ~ 349567 (-) True XLOC_008870
TCONS_00017647 other upstream 13858 2625028 ~ 2625663 (-) True XLOC_008933
TCONS_00017655 other upstream 125213 2736383 ~ 2736498 (-) True XLOC_008940
TCONS_00017689 other upstream 1493238 4104408 ~ 4104526 (-) True XLOC_008968
TCONS_00017694 other upstream 1753988 4365158 ~ 4365272 (-) True XLOC_008973
TCONS_00017700 other upstream 1815324 4426494 ~ 4482147 (-) False XLOC_008974

Expression Profile

//

Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000091_00400737_00412559.mRNA True 2580 mRNA 0.43 15 CI01000091 400440 ~ 412559 (-)