RNA id: TCONS_00018238


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00018238
length 218
lncRNA type lincRNA
GC content 0.50
exon number 2
gene id XLOC_009275
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 27642233 ~ 27658455 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GCTCAAGCGCAAAATGCCCTAGGTGACGAAGCACAGAAGAATTGCACAACAAATTTGATTCAATGGTGAGGGATGTCAAGCCCACCGAGACGAGTGGAGGTCCAGTGGATTAAAGCAATGTCACAACATGAGCCACTGACCCGGGATCAGACAGCCAAACCAAGCCGCTTCTGGACTTTACTGGCACAGCTGCGTCCATTAGGCAAAATGCTCAGAAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000152604

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00019175 lncRNA downstream 228232 27391544 ~ 27414001 (-) False XLOC_009273
TCONS_00018829 lncRNA downstream 250326 27391557 ~ 27391907 (-) True XLOC_009273
TCONS_00019174 lncRNA downstream 277743 27352522 ~ 27364490 (-) False XLOC_009272
TCONS_00018228 lncRNA downstream 277743 27355315 ~ 27364490 (-) False XLOC_009272
TCONS_00018229 lncRNA downstream 278076 27357359 ~ 27364157 (-) True XLOC_009272
TCONS_00018830 lncRNA upstream 1826 27660245 ~ 27661117 (-) True XLOC_009278
TCONS_00019179 lncRNA upstream 126131 27784550 ~ 27884677 (-) False XLOC_009280
TCONS_00019178 lncRNA upstream 126131 27784550 ~ 27884677 (-) False XLOC_009280
TCONS_00019177 lncRNA upstream 126131 27784550 ~ 27884677 (-) False XLOC_009280
TCONS_00019180 lncRNA upstream 126131 27784550 ~ 27956162 (-) False XLOC_009280
TCONS_00018231 mRNA downstream 119395 27415772 ~ 27522838 (-) False XLOC_009274
TCONS_00018230 mRNA downstream 119395 27415772 ~ 27522838 (-) False XLOC_009274
TCONS_00018232 mRNA downstream 119395 27417115 ~ 27522838 (-) False XLOC_009274
TCONS_00018233 mRNA downstream 119395 27418921 ~ 27522838 (-) False XLOC_009274
TCONS_00018234 mRNA downstream 119395 27437411 ~ 27522838 (-) False XLOC_009274
TCONS_00018241 mRNA upstream 44990 27703409 ~ 27710513 (-) False XLOC_009279
TCONS_00018242 mRNA upstream 50320 27708739 ~ 27710575 (-) True XLOC_009279
TCONS_00018244 mRNA upstream 312879 27971298 ~ 27972474 (-) True XLOC_009282
TCONS_00018245 mRNA upstream 348349 28006768 ~ 28082310 (-) False XLOC_009283
TCONS_00018246 mRNA upstream 400572 28058991 ~ 28085563 (-) False XLOC_009283
TCONS_00018201 other downstream 1343486 26298629 ~ 26298747 (-) True XLOC_009260
TCONS_00018200 other downstream 1367476 26274640 ~ 26274757 (-) True XLOC_009259
TCONS_00018199 other downstream 1566753 26075363 ~ 26075480 (-) True XLOC_009257
TCONS_00018197 other downstream 1647138 25994980 ~ 25995095 (-) True XLOC_009256
TCONS_00018188 other downstream 2057371 25578475 ~ 25584862 (-) True XLOC_009252
TCONS_00018243 other upstream 264559 27922978 ~ 27923093 (-) True XLOC_009281
TCONS_00018264 other upstream 717094 28375513 ~ 28375627 (-) True XLOC_009292
TCONS_00018276 other upstream 1076508 28734927 ~ 28735041 (-) True XLOC_009299
TCONS_00018305 other upstream 1726714 29385133 ~ 29386439 (-) True XLOC_009309
TCONS_00018320 other upstream 2011773 29670192 ~ 29670306 (-) True XLOC_009318