RNA id: TCONS_00021922


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00021922
length 201
lncRNA type inter_gene
GC content 0.43
exon number 2
gene id XLOC_009862
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 21634387 ~ 21634836 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GTCAGCTCACATACAGCAGTAGGACAGACGCTTTGATTTTGCTTCATTGATTTCTTGGATTTAAAGGCTGATCGGCTTCTGCATAATCAGTCTTTAGCCAGGAATGGATGGCAGAAAAGAAATGAAAGTCACTGGAAAAGAGGCCGAGCTTCAGTGTGATGAGTTCAAACAGGTAAGATCTCCTTGGAAGATGAAAGCAGA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00021921 lncRNA upstream 491871 21141048 ~ 21142516 (+) True XLOC_009859
TCONS_00019662 lncRNA upstream 746963 20871044 ~ 20887424 (+) False XLOC_009850
TCONS_00019660 lncRNA upstream 754182 20871015 ~ 20880205 (+) False XLOC_009850
TCONS_00019663 lncRNA upstream 759887 20873723 ~ 20874500 (+) True XLOC_009850
TCONS_00021920 lncRNA upstream 938870 20684940 ~ 20695517 (+) False XLOC_009848
TCONS_00019681 lncRNA downstream 64159 21698995 ~ 21703320 (+) False XLOC_009863
TCONS_00019683 lncRNA downstream 64253 21699089 ~ 21703817 (+) False XLOC_009863
TCONS_00019684 lncRNA downstream 64259 21699095 ~ 21703511 (+) False XLOC_009863
TCONS_00019690 lncRNA downstream 166883 21801719 ~ 21802475 (+) True XLOC_009864
TCONS_00021709 lncRNA downstream 239559 21874395 ~ 21877421 (+) True XLOC_009866
TCONS_00019676 mRNA upstream 193161 21425114 ~ 21441226 (+) False XLOC_009861
TCONS_00019678 mRNA upstream 193461 21426524 ~ 21440926 (+) True XLOC_009861
TCONS_00019677 mRNA upstream 205173 21425139 ~ 21429214 (+) False XLOC_009861
TCONS_00019675 mRNA upstream 215612 21330634 ~ 21418775 (+) False XLOC_009860
TCONS_00019674 mRNA upstream 215612 21330634 ~ 21418775 (+) True XLOC_009860
TCONS_00019679 mRNA downstream 64144 21698980 ~ 21706709 (+) False XLOC_009863
TCONS_00019680 mRNA downstream 64148 21698984 ~ 21719111 (+) False XLOC_009863
TCONS_00019685 mRNA downstream 64376 21699212 ~ 21741877 (+) False XLOC_009863
TCONS_00019686 mRNA downstream 103358 21738194 ~ 21745336 (+) True XLOC_009863
TCONS_00019687 mRNA downstream 154867 21789703 ~ 21804638 (+) False XLOC_009864
TCONS_00019667 other upstream 720903 20913413 ~ 20913484 (+) True XLOC_009854
TCONS_00019658 other upstream 1129522 20496773 ~ 20504865 (+) True XLOC_009846
TCONS_00019655 other upstream 1330112 20296823 ~ 20304275 (+) True XLOC_009845
TCONS_00019651 other upstream 1463559 20167834 ~ 20170828 (+) True XLOC_009843
TCONS_00019642 other upstream 1929849 19704424 ~ 19704538 (+) True XLOC_009838
TCONS_00019682 other downstream 64170 21699006 ~ 21703679 (+) False XLOC_009863
TCONS_00019718 other downstream 1762965 23397801 ~ 23399160 (+) False XLOC_009882
TCONS_00019728 other downstream 1972395 23607231 ~ 23607352 (+) True XLOC_009889
TCONS_00019735 other downstream 2203084 23837920 ~ 23854611 (+) False XLOC_009892
TCONS_00019751 other downstream 2326035 23960871 ~ 23962929 (+) False XLOC_009898

Expression Profile

//