RNA id: TCONS_00021976


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00021976
length 274
lncRNA type inter_gene
GC content 0.49
exon number 2
gene id XLOC_010080
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 34315762 ~ 34321379 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AGAGGAAGAGGGAGAGAAGATGAGGTGAACCATCCAACTTCAATTTCGGCTGgGGAACAGAAATTCTTGCGGAAGCCCAGATAATTGACTCTATGCTGCAATCTTTTTCTCCCGGAAACTATAAAAGCTGTTTTGCACAGGCCATGAATGCCTCCCACACAGCTCACATCAGTCCACCTGCTCGGGTCCCTGTGGGAGAGCTAGAAAACTGGAATCAAAGAGGCATGAATGAACACACTGCACCATCTGCTGGTCATCAATCACAGCACACCAC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00020024 lncRNA upstream 322303 33992319 ~ 33993459 (+) False XLOC_010076
TCONS_00020020 lncRNA upstream 372034 33939990 ~ 33943728 (+) True XLOC_010073
TCONS_00021975 lncRNA upstream 559383 33752361 ~ 33756379 (+) True XLOC_010070
TCONS_00020008 lncRNA upstream 1021982 33254300 ~ 33293780 (+) False XLOC_010066
TCONS_00020032 lncRNA downstream 157618 34478997 ~ 34502203 (+) False XLOC_010082
TCONS_00020033 lncRNA downstream 172608 34493987 ~ 34502203 (+) False XLOC_010082
TCONS_00021978 lncRNA downstream 175721 34497100 ~ 34502203 (+) True XLOC_010082
TCONS_00021979 lncRNA downstream 591905 34913284 ~ 34916253 (+) False XLOC_010086
TCONS_00021980 lncRNA downstream 591908 34913287 ~ 34916253 (+) False XLOC_010086
TCONS_00020031 mRNA upstream 141502 34160835 ~ 34174260 (+) True XLOC_010079
TCONS_00020029 mRNA upstream 180518 34111929 ~ 34135244 (+) False XLOC_010078
TCONS_00020028 mRNA upstream 183791 34111919 ~ 34131971 (+) False XLOC_010078
TCONS_00020030 mRNA upstream 197752 34111963 ~ 34118010 (+) True XLOC_010078
TCONS_00020027 mRNA upstream 259319 34046733 ~ 34056443 (+) True XLOC_010077
TCONS_00020034 mRNA downstream 201598 34522977 ~ 34532805 (+) False XLOC_010083
TCONS_00020035 mRNA downstream 202136 34523515 ~ 34527206 (+) True XLOC_010084
TCONS_00020036 mRNA downstream 207030 34528409 ~ 34531851 (+) False XLOC_010083
TCONS_00020037 mRNA downstream 210107 34531486 ~ 34532888 (+) True XLOC_010083
TCONS_00020040 mRNA downstream 1022114 35343493 ~ 35379565 (+) False XLOC_010088
TCONS_00020014 other upstream 559383 33752102 ~ 33756379 (+) False XLOC_010070
TCONS_00020013 other upstream 582384 33719969 ~ 33733378 (+) True XLOC_010069
TCONS_00020010 other upstream 972497 33343151 ~ 33343265 (+) True XLOC_010067
TCONS_00019992 other upstream 1642826 32672820 ~ 32672936 (+) True XLOC_010055
TCONS_00019985 other upstream 2118995 32192197 ~ 32196767 (+) True XLOC_010050
TCONS_00020038 other downstream 403189 34724568 ~ 34724682 (+) True XLOC_010085
TCONS_00020039 other downstream 885476 35206855 ~ 35280788 (+) True XLOC_010087
TCONS_00020045 other downstream 1080682 35402061 ~ 35405887 (+) True XLOC_010091
TCONS_00020056 other downstream 1404639 35726018 ~ 35726132 (+) True XLOC_010096
TCONS_00020068 other downstream 2261107 36582486 ~ 36584785 (+) False XLOC_010109

Expression Profile

//