RNA id: TCONS_00021741


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00021741
length 201
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 2
gene id XLOC_010147
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 39972169 ~ 39977388 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

tgtaaaTGTGGCCTTAATGCCCACAACATCcacttataatgttttaaatgcaaCACTTGAAATGCAGCACATCCTACACATTATTCTggagGGAAAACCACTGCGTCCTCAAGGTTTCTTTATATTCTCCATTAATTTGCACAACATCTTTTTCATAATAGATATTTGTGCAATGACACGATGGCAAGCTGTGAAGAAAAC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00022003 lncRNA upstream 5794 39962404 ~ 39966375 (+) True XLOC_010146
TCONS_00022002 lncRNA upstream 7470 39952357 ~ 39964699 (+) False XLOC_010146
TCONS_00022001 lncRNA upstream 70229 39857185 ~ 39901940 (+) False XLOC_010145
TCONS_00020124 lncRNA upstream 70229 39858672 ~ 39901940 (+) False XLOC_010145
TCONS_00021740 lncRNA upstream 70312 39859725 ~ 39901857 (+) True XLOC_010145
TCONS_00020130 lncRNA downstream 66321 40043709 ~ 40049273 (+) False XLOC_010150
TCONS_00020131 lncRNA downstream 66407 40043795 ~ 40052553 (+) True XLOC_010150
TCONS_00020132 lncRNA downstream 98157 40075545 ~ 40081187 (+) False XLOC_010151
TCONS_00022004 lncRNA downstream 99923 40077311 ~ 40082056 (+) False XLOC_010151
TCONS_00022005 lncRNA downstream 100126 40077514 ~ 40082056 (+) True XLOC_010151
TCONS_00020123 mRNA upstream 388501 39485608 ~ 39583668 (+) True XLOC_010141
TCONS_00020121 mRNA upstream 586096 39271123 ~ 39386073 (+) False XLOC_010140
TCONS_00020122 mRNA upstream 589601 39271250 ~ 39382568 (+) True XLOC_010140
TCONS_00020120 mRNA upstream 726090 39242339 ~ 39246079 (+) True XLOC_010139
TCONS_00020119 mRNA upstream 738718 39196727 ~ 39233451 (+) True XLOC_010138
TCONS_00020127 mRNA downstream 47495 40024883 ~ 40031779 (+) True XLOC_010149
TCONS_00020128 mRNA downstream 66285 40043673 ~ 40074145 (+) False XLOC_010150
TCONS_00020129 mRNA downstream 66319 40043707 ~ 40074142 (+) False XLOC_010150
TCONS_00020134 mRNA downstream 154138 40131526 ~ 40314090 (+) False XLOC_010153
TCONS_00020137 mRNA downstream 239655 40217043 ~ 40220920 (+) True XLOC_010155
TCONS_00020117 other upstream 813987 39147002 ~ 39158182 (+) False XLOC_010137
TCONS_00020107 other upstream 1575374 38394413 ~ 38396795 (+) True XLOC_010132
TCONS_00020102 other upstream 1619891 38350723 ~ 38352278 (+) False XLOC_010130
TCONS_00020097 other upstream 1672525 38296001 ~ 38299644 (+) True XLOC_010128
TCONS_00020086 other upstream 1951035 38021019 ~ 38021134 (+) True XLOC_010122
TCONS_00020126 other downstream 34481 40011869 ~ 40011991 (+) True XLOC_010148
TCONS_00020136 other downstream 206355 40183743 ~ 40183859 (+) True XLOC_010154
TCONS_00020139 other downstream 325403 40302791 ~ 40320230 (+) True XLOC_010153
TCONS_00020142 other downstream 369059 40346447 ~ 40347376 (+) False XLOC_010157
TCONS_00020144 other downstream 369207 40346595 ~ 40348954 (+) True XLOC_010157