RNA id: TCONS_00020132



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00020132
length 343
lncRNA type lincRNA
GC content 0.40
exon number 3
gene id XLOC_010151
representative False

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 40075545 ~ 40082056 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


TAAACGTTATAACCAGAAGGAAAATAGCTATTTAAAAAAGTTGCATAAATCTCTGGACATCTCTGGGCAACCTAAAGTGACTGAACAGACATTCATAATGCTCTGCAAATATATCTGTGTGTTCTCTAAAGTTGTTTTCTTTCCTTAGAGCACACGTTGTAACGTCTTTGTTCCAAACACAAGGCATTCTTTAGAGTAAGCTGAAATGAAATGGAAGCAGATAAGCATCCCACCATTCCTGCGCTCTCCCCTGTGGAGGATTGATGAAGTGAAAAGCCACAGAACTGTCCATGCAGCCTTCAACTGTTCCAGCCAGTTCCTACTGATAATCTACTGGAGTTAA

Function


GO:

id name namespace
GO:0000003 reproduction biological_process
GO:0022414 reproductive process biological_process

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000194248

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00020131 lncRNA upstream 22992 40043795 ~ 40052553 (+) True XLOC_010150
TCONS_00020130 lncRNA upstream 26272 40043709 ~ 40049273 (+) False XLOC_010150
TCONS_00021741 lncRNA upstream 98157 39972169 ~ 39977388 (+) True XLOC_010147
TCONS_00022003 lncRNA upstream 109170 39962404 ~ 39966375 (+) True XLOC_010146
TCONS_00022002 lncRNA upstream 110846 39952357 ~ 39964699 (+) False XLOC_010146
TCONS_00022006 lncRNA downstream 1715 40082902 ~ 40114807 (+) True XLOC_010152
TCONS_00020133 lncRNA downstream 50277 40131464 ~ 40153682 (+) False XLOC_010153
TCONS_00020135 lncRNA downstream 50393 40131580 ~ 40153682 (+) False XLOC_010153
TCONS_00020143 lncRNA downstream 265297 40346484 ~ 40354078 (+) False XLOC_010157
TCONS_00020153 lncRNA downstream 499313 40580500 ~ 40583150 (+) True XLOC_010161
TCONS_00020128 mRNA upstream 1400 40043673 ~ 40074145 (+) False XLOC_010150
TCONS_00020129 mRNA upstream 1403 40043707 ~ 40074142 (+) False XLOC_010150
TCONS_00020127 mRNA upstream 43766 40024883 ~ 40031779 (+) True XLOC_010149
TCONS_00020123 mRNA upstream 491877 39485608 ~ 39583668 (+) True XLOC_010141
TCONS_00020121 mRNA upstream 689472 39271123 ~ 39386073 (+) False XLOC_010140
TCONS_00020134 mRNA downstream 50339 40131526 ~ 40314090 (+) False XLOC_010153
TCONS_00020137 mRNA downstream 135856 40217043 ~ 40220920 (+) True XLOC_010155
TCONS_00020138 mRNA downstream 219869 40301056 ~ 40339027 (+) False XLOC_010153
TCONS_00020140 mRNA downstream 259035 40340222 ~ 40345372 (+) False XLOC_010156
TCONS_00020141 mRNA downstream 259336 40340523 ~ 40344211 (+) True XLOC_010156
TCONS_00020126 other upstream 63554 40011869 ~ 40011991 (+) True XLOC_010148
TCONS_00020117 other upstream 917363 39147002 ~ 39158182 (+) False XLOC_010137
TCONS_00020107 other upstream 1678750 38394413 ~ 38396795 (+) True XLOC_010132
TCONS_00020102 other upstream 1723267 38350723 ~ 38352278 (+) False XLOC_010130
TCONS_00020097 other upstream 1775901 38296001 ~ 38299644 (+) True XLOC_010128
TCONS_00020136 other downstream 102556 40183743 ~ 40183859 (+) True XLOC_010154
TCONS_00020139 other downstream 221604 40302791 ~ 40320230 (+) True XLOC_010153
TCONS_00020142 other downstream 265260 40346447 ~ 40347376 (+) False XLOC_010157
TCONS_00020144 other downstream 265408 40346595 ~ 40348954 (+) True XLOC_010157
TCONS_00020150 other downstream 495492 40576679 ~ 40585776 (+) False XLOC_010161

Expression Profile


//