RNA id: TCONS_00020137


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00020137
length 3878
RNA type mRNA
GC content 0.32
exon number 1
gene id XLOC_010155
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 40217043 ~ 40220920 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TGATGAACAGCTTTTTTCAGAGTTTTCTTGAGTTCAGAGGGTTCCGCGTCAAACATAGACTACAACTGCAGCCACACACATTATGGTTTGTATCTATGCAATGGAATAGCACTTAAGATATGCTGAAAGTCATAATCGTCGTAAACACAATGGAGTTAAGACATATGGAGTATTTCAACGCAGTCCCTATTACATTGGTTAATTTGTATGGTCCAAATTACGACGACCCTTCTTTCTTCAATAAACTCTTAGTTAAAATACCTGATGCGGctttacaaaatgtaattatTGGGGGAGATTTTAATTGTGTCATTGACCCGATAAAAGATACACGGCCTAGTCGTACCTTTAAAAGCAAGTCTGCAGCTacgttaaataattattttaggaATATTAATATGGTTGATATCTGGAGGCATTTAAATCCATATTCTCGAGAATATTCATTTTATTCTTCAGTGCATAAATCCTACTCTAGAATAGATCTTTTTGTTGTAGATTCCAACTTAATAAAAATGGCTTCATCCTCCCAATATCACAATAGATTAATTTCAGATCATGCCCCATTGTCACTAGATTTAAAACTAAAGTTGGAAAAAGGAACGTACTGTTGGAAATTCGATAACTCgcttttaaatgataattttttttgtaattatataaCTGAAAAAATTGGGTATTTTTTATCTGAAAATGACAATGGCAGCGTTAATGAATCTGTATTATGGGATTCAATGAAAGCTGTAATTAGAGGTGAGATAATCTCCTTTCAAAGTAGAAAGAACAAAGAAGATAAAAAGAGATTAAATGAAATAGATGATCAGATCACTAAATTAGAAGAAAACTATAAAACTAACTTATGTTCAAAGACATTGAAGAAAATAGTAGCATTGAGAAGTGAATATAATTCTATTCTTTCCAAAACAATTgttaaacaaattaatcaaattaaacaacGTCAATTTGAACTTGGTGAGAAGCCTCAAAAACTTTTAGCTCGTCAACTAAAGCAAGCTCAAACAAAAAAAGCCATTTATAAAATTCAAACTGAAAACGGGGAAACGATAACCGaccctaaaaaaataaatgaaagcttTGCAGAATTTTACAAAGAGGTCTATACATCTAATGGAAACACGGACAGAAGTGAAATAAACAAGTTTTTAAGTAATATTAATCTTCCTCAAATAAGTAAAGAAGCTGCTGAAACGTTAGAGAAGGATATCACCCTTAATGAGTTAAATGAAGTAGTGAAAAATCTCCCGGTTAATAAGTGCTCAGGCCCCGACGGATTTAGTGcagaatattataaaaaattttgGGGGATTTTAGGTCCAATCTTTCTCCGCGTGATTAATTACTCATTTTCTCAATCGATACTCCCCTCAACGCTTTACAACGCTACTATATCACTAATACAAAAACCCGGACGAGACAAAATGAAAGTGACATCATATCGCCCAATCTCAATTATCCCAATCGAGACAAAAATCCTTAGTAAAGTCTTAGCCAATAGATTACAACAATATATATGTTCGGTCATAAACCACGACCAAACTGGATTTATGCCAAATAGGCACATACATTCAAATTTAAGACgtctttttaatataatttatacgAAACATACAACTAAAGCATGTGTAATTTCATTAGATGCTCAACGTGCATTTGATCAAATTGAATGGTCTTATATGTTTGCAACTTTATCTAGATTTGGATTCGGAGACAAATTTGTTCAGTGGGTTAAAATGTTATATGCTAATCCAAAAGCTTCAATCCTCACAAACTCTACACTATCACCTTCATTTCCATTGTATAGAGGAACACGCCAAGGCTGTCCCCTATCCCCTTATCTTTTTGCCTTAGCTATAGAACCATTGGCTGCAAGTATTAGACAGAATAGTCAAATCTCtcctattttaattaataatagaccccaatatatatcattatatgcAGACGACGTGCTTATATATATGACAAAACCGGAATTGTCCATTCCAACCCTTCTAAATGTATTAGAATCATTCAAAAAATTGTCAGGTTTTACAATAAATTGGGACAAAAGTGAGTTAATGCCCCTTACGGAGGATaatgatatacattttttacaatcgACTCCATTTAAAATAACTCAtaattcatttaaacatttaggaattaatattacaaaaaagGCAGAGGCTTTATTAAAATCCAATTGGCAcgttaaattaaatcagttaaaagACAATATAAAATTTTGGATGACTTTACCAATTTCTATGGTAggaaaaattaacgcaattaagaTGGTAACACTTCCCAgattcttatatttatttttgtccatTCCAGTTTTTATTCCAGTTAAACTATTCACAAAATTAGATTCCATAATAACTTCATTTATATGGAATTATAAAACTGTTAGGATATCTAAAAAACACTTATGTAAATCTAAAGTAAAAGGAGGATTCAACCTTCCTTCGTTCAAACATTATTATTGGGCTGCAAATTTACAGTCCCTTGCTTGGTGGAGACATACTCCAGAAGACATTAAAGAAACACCAGAATGGGTTTTACTAGAAAGAACCTCCTGTAAGACAACATCATTGAGAGCTTTACTGAATAGTCCATTAAAAGTTGAATCAAAAATCTACACAGATAATTTTGTGATTAATAACTCTCTCAAGATATGGAAACAGATTAAACTGTCCCTCAGTCTCCCAAATACTTATTTGGATTGCCCAATAAATTCAAACCATGCCTTTATTCCTGGAACTCTAGACAAAACATTTACACGTTGGAAAGAAAAAGGATTAGTATATATAAGAGATTTATATGTTGATAATAAATTTGGCTCATTTAGTCagttaaaatcaaaatataatcTTCAATCCTCTGAGTTTTtcagatatttacaaataagGGATTTTACTAGGAAAAATTTTCATGGTTTTGAAAATATACCCATACACCAGACACTTGAGAATTTAACAAAACACAGCCCAATAGAAAAAGGTACTGTCTCTTTTTTCTATAACTTATTATTGGATGAGGTTAATTCAAACACTGACAAAATTAGGAAAGAGTGGGAAAAAGAGCTAAATACAGTAATATCAGATGAGTCATGGGAAGATTATCTTTCCAAAATTCATGATTGCTCTATCAACACGAGACACAGACTGATTCAATTTAAAGTTGTTCACAGACTGCATTATTCTAAAgtgaaattaaataagatttttccaAATTCTTCCTCATTGTGCAACAAATGTAATAACTCTGAAGGTACACTGGCTCACTCATTCTGGTCATGCCATAAACTTAGCTCATTTTGGCagagcatttttaattttatatctgAAGTATACGGGATAAGTCTGTCACCAGATCCAAAATTGGGCATTTTCGGAGACACCTCAGAAATAGGAGATAAATATATATCACAGGCAGTATCTTTGTGTATGATATtagcaaagaaaataattttacaaaattggAAGTCAGATTATGTGCCTGTTTTTGAAATATGGGTTAGAAGCTTAAGTTTCGTGTTGCCCATGGAGGAAATGCGATATGGGATGATAAACaaactaaacacatttttaaaaatctggagcCCTATTATGTTCTATATCAGTAATGCTAACTTGTAACTTTTTATAAGTGAGATTGGTCTGGAGTAAATCGAATTGTGGAGCCtatgcatttctctgtaaattatttttgtttcatatttaattctatttatttccttATGCTTTCTGGATGATGTTGTATTATGTTGTATCTGACTATTTGTATATTTTGAAATGGCCTTTGTAACcccccttatttttatttatttatgtagttttttttttttctgtttatgttgTTGATTAtttctt

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000191128

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00020133 lncRNA upstream 63361 40131464 ~ 40153682 (+) False XLOC_010153
TCONS_00020135 lncRNA upstream 63361 40131580 ~ 40153682 (+) False XLOC_010153
TCONS_00022006 lncRNA upstream 102236 40082902 ~ 40114807 (+) True XLOC_010152
TCONS_00022004 lncRNA upstream 134987 40077311 ~ 40082056 (+) False XLOC_010151
TCONS_00022005 lncRNA upstream 134987 40077514 ~ 40082056 (+) True XLOC_010151
TCONS_00020143 lncRNA downstream 125564 40346484 ~ 40354078 (+) False XLOC_010157
TCONS_00020153 lncRNA downstream 359580 40580500 ~ 40583150 (+) True XLOC_010161
TCONS_00022007 lncRNA downstream 652321 40873241 ~ 40893518 (+) True XLOC_010162
TCONS_00021742 lncRNA downstream 720817 40941737 ~ 40945757 (+) False XLOC_010163
TCONS_00021743 lncRNA downstream 720832 40941752 ~ 40943109 (+) False XLOC_010163
TCONS_00020128 mRNA upstream 142898 40043673 ~ 40074145 (+) False XLOC_010150
TCONS_00020129 mRNA upstream 142901 40043707 ~ 40074142 (+) False XLOC_010150
TCONS_00020127 mRNA upstream 185264 40024883 ~ 40031779 (+) True XLOC_010149
TCONS_00020123 mRNA upstream 633375 39485608 ~ 39583668 (+) True XLOC_010141
TCONS_00020121 mRNA upstream 830970 39271123 ~ 39386073 (+) False XLOC_010140
TCONS_00020138 mRNA downstream 80136 40301056 ~ 40339027 (+) False XLOC_010153
TCONS_00020140 mRNA downstream 119302 40340222 ~ 40345372 (+) False XLOC_010156
TCONS_00020141 mRNA downstream 119603 40340523 ~ 40344211 (+) True XLOC_010156
TCONS_00020145 mRNA downstream 242445 40463365 ~ 40464426 (+) True XLOC_010158
TCONS_00020146 mRNA downstream 287962 40508882 ~ 40541981 (+) True XLOC_010159
TCONS_00020136 other upstream 33184 40183743 ~ 40183859 (+) True XLOC_010154
TCONS_00020126 other upstream 205052 40011869 ~ 40011991 (+) True XLOC_010148
TCONS_00020117 other upstream 1058861 39147002 ~ 39158182 (+) False XLOC_010137
TCONS_00020107 other upstream 1820248 38394413 ~ 38396795 (+) True XLOC_010132
TCONS_00020102 other upstream 1864765 38350723 ~ 38352278 (+) False XLOC_010130
TCONS_00020139 other downstream 81871 40302791 ~ 40320230 (+) True XLOC_010153
TCONS_00020142 other downstream 125527 40346447 ~ 40347376 (+) False XLOC_010157
TCONS_00020144 other downstream 125675 40346595 ~ 40348954 (+) True XLOC_010157
TCONS_00020150 other downstream 355759 40576679 ~ 40585776 (+) False XLOC_010161
TCONS_00020157 other downstream 821390 41042310 ~ 41054232 (+) False XLOC_010166

Expression Profile

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