RNA id: TCONS_00020144



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00020144
length 517
RNA type processed_transcript
GC content 0.43
exon number 5
gene id XLOC_010157
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 40346447 ~ 40354078 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


gataacaaaaataaaatccacACGTTTCCATGGTAACGGACGTGGCGTTCTCCATCGGACAATCATGGCGGATGATTTGGACGATTTACTTGATGAAGTCGAATCAAAGTTTTGTTGCAACACTTCGGAGTCTAAACAGACAAGCCGTGTTATGAAACATACGGATCAAAAGTGTGACAATCTCGAAGAAAGGAAACTGCCAAGAAAACAAGGACGTAAAAGAGTTGAAAATGAGATAGATATTGACGCTATGCTGCATGAAATACTGGATGATGATGTTGATACACCAACCAGCACACATCTGTAAAATCTTTTATGAACCAAACAGGAACCCAGTCCAGCAAAGGCATCCTCAAGTGCTCAGACAATCTCCAAGAAATGTTGCCCTGTGTTTCTTGGTGGAAGCTCTGTTGCACACGGCATTGGAACCAGCGTTTCCGAAAGGGCCTGCAATCGATTAAGATGTACATATTGCGACTTCAGCGTAATCACCTTTGATGATCATGAATGGGACTCG

Function


GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000139272

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00020133 lncRNA upstream 192913 40131464 ~ 40153682 (+) False XLOC_010153
TCONS_00020135 lncRNA upstream 192913 40131580 ~ 40153682 (+) False XLOC_010153
TCONS_00022006 lncRNA upstream 231788 40082902 ~ 40114807 (+) True XLOC_010152
TCONS_00022004 lncRNA upstream 264539 40077311 ~ 40082056 (+) False XLOC_010151
TCONS_00020153 lncRNA downstream 231546 40580500 ~ 40583150 (+) True XLOC_010161
TCONS_00022007 lncRNA downstream 524287 40873241 ~ 40893518 (+) True XLOC_010162
TCONS_00021742 lncRNA downstream 592783 40941737 ~ 40945757 (+) False XLOC_010163
TCONS_00021743 lncRNA downstream 592798 40941752 ~ 40943109 (+) False XLOC_010163
TCONS_00022008 lncRNA downstream 592925 40941879 ~ 40943999 (+) True XLOC_010163
TCONS_00020140 mRNA upstream 1223 40340222 ~ 40345372 (+) False XLOC_010156
TCONS_00020141 mRNA upstream 2384 40340523 ~ 40344211 (+) True XLOC_010156
TCONS_00020138 mRNA upstream 7568 40301056 ~ 40339027 (+) False XLOC_010153
TCONS_00020134 mRNA upstream 32505 40131526 ~ 40314090 (+) False XLOC_010153
TCONS_00020137 mRNA upstream 125675 40217043 ~ 40220920 (+) True XLOC_010155
TCONS_00020145 mRNA downstream 114411 40463365 ~ 40464426 (+) True XLOC_010158
TCONS_00020146 mRNA downstream 159928 40508882 ~ 40541981 (+) True XLOC_010159
TCONS_00020147 mRNA downstream 211668 40560622 ~ 40569769 (+) False XLOC_010160
TCONS_00020148 mRNA downstream 214579 40563533 ~ 40569769 (+) True XLOC_010160
TCONS_00020149 mRNA downstream 226788 40575742 ~ 40585764 (+) False XLOC_010161
TCONS_00020139 other upstream 26365 40302791 ~ 40320230 (+) True XLOC_010153
TCONS_00020136 other upstream 162736 40183743 ~ 40183859 (+) True XLOC_010154
TCONS_00020126 other upstream 334604 40011869 ~ 40011991 (+) True XLOC_010148
TCONS_00020117 other upstream 1188413 39147002 ~ 39158182 (+) False XLOC_010137
TCONS_00020107 other upstream 1949800 38394413 ~ 38396795 (+) True XLOC_010132
TCONS_00020150 other downstream 227725 40576679 ~ 40585776 (+) False XLOC_010161
TCONS_00020157 other downstream 693356 41042310 ~ 41054232 (+) False XLOC_010166
TCONS_00020166 other downstream 1197809 41546763 ~ 41548437 (+) True XLOC_010175
TCONS_00020194 other downstream 2423758 42772712 ~ 42781394 (+) False XLOC_010194
TCONS_00020198 other downstream 2527492 42876446 ~ 42878011 (+) True XLOC_010197

Expression Profile


//