RNA id: TU3359


Basic Information

Item Value
RNA id TU3359
length 2711
lncRNA type read_through
GC content 0.37
exon number 3
gene id LOC118965227
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048565.1
NCBI id CM023219.2
chromosome length 95772356
location 3822517 ~ 3826226 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

ttttacatttatttggtATATTAATATTTTGTCTTTATTTCATTCCCACAAACACCTGGGTACAtcctaaattgcaccctatttccccatatagtgcactacttttaaccagagtgCTATGggcctttttttgtgtgtgttgtgggaaAGGGTCGAGAGCCAAggacacccctccctccctccctccctccgttcgtTCTACCATGTTAACCCTCTATTGAGAGATGGGCTGGGACCTTGTGGAACCGTCACAGAAtcacagagaggatgacagattTTCTGGCACTAACAGATTATtttttattccctctctctcagggagGGATGCAGTCACACCTTAACCCTGAGGAGAGAGACCCCGCCCACACACTGCTGACTGAGAGAAGATGTACCATGTTCTCGTCAACAAATGAGGACAGCATCTGAGCCATTGAAGAATGAGGTTTtgaatatttaaaaataaaaatatatatatatttctatgtTTACAAACATAGTTACATTCCATCTTGGGTTTATATGGATGATATCACAGGAGGCAAACTGTCAATAAAAACAATGACTGCTACAGCACCGCCAAAAACACATTCCACATCCAGAAAAACAGACGTTGAAACGGGTACATAAGGAAGGAGATTGTCAAGGACGAATCTAAGCACCACTACCTCGGCTTAGCAATACAATATGTTTCTAAAGTGCTTTACAGAGGCGCTAACTCACACGACGACACTGTAGATTTCAGTCAGTGGGTTCAGAGACACACCTAAACTACCCTGGACTAAATCACACACGTGAACTCTCCAACAAACTGTCACCGGTCACATTTACAGTGTATCTTTCCAAAAGGTCCGTCTGAAGAGACACACAAAGCCAGAGAACTGCCTCACTAATACTCCTAGAACTAGAGAAACCTGGTGGTCGGTCGGTCAGTACGGTCGGTCAGTGGCACATATCTGGTGACGACTCCAGAGgtgagctgtctgtctggtcagcTATTTTCAGTTAAGGTTACGGTCAGGAGGAGTCTGGATGGACAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAAGGTCAGGAGGAGTCTGGATGAACAGGAGTGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAAGGTTAGGAGGGTTAAGGTCAGGAGGAGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTATCTGGTTGGTcatgagggttaaggttaggaggagTCTGGATGGTCAGGATGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTcaggagggttaaggttaggaggtgTCTGGATGGTCAGGAGGGTTTGGAGGAGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGTTGGTcatgagggttaaggttaggaggagTCTGGATGGTCAGGATGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGTTGGTcaggagggttaaggttaggaggtgTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGGGGGTTAGGAGGTGTCTGGTTGGTCAGGAGGGTTAGGTTAGGAGGTGTCTGGTTGGTCAGGAGGGTTAAGTTTGGGAGGTGTATGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGTTGGTcaggagggttaaggttaggaggtgTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGGATGGTGAGGAGGGTTAAGTTTGGGAGGTGTCTGGATGGTcaggagggttagggttgggaggtgtCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGTTGGTcaggagggttaaggttaggaggtgTCTGGATGGTCATGAGGGTTGGGAGGTGTCTGGGTGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCAGGAGGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCAGGAGGGTTAAAGTTGGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGTGTCTGGTTGGTcaggagggttaaggttaggaggtgTCTGGTTGGTcaggagggttaaggttaggaggtgTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAAGGTTGGGAGGTGACTGGATGGTGAGGAGGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAAGGTTGGGAGGCGTCTGGATGGTCAGGAAGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAAGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGGATGGTGAGGAGGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAAGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAAGGTTAAGGTTGGGAGGCGTCTGGATGGTCAGGAAGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGAATGGTCAGGAAGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGGATGGCCCAGGTATTTAGAAACAGTCCTGACATTGTCCTGTCTCATGCCCTGGATGTGAGCATCTAGTCTCTGGAGCAGCTCCTGGGAGCGCAGGTTCTCCTCCTCCAGGTACCGGGAAGCCACCGAGCCA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU3353 lncRNA upstream 8312 3813916 ~ 3814205 (+) True G2585
TU3329 lncRNA upstream 41839 3780289 ~ 3780678 (+) True G2570
TU3318 lncRNA upstream 57920 3756223 ~ 3764597 (+) True G2559
TU3156 lncRNA upstream 150015 3650116 ~ 3672502 (+) True G2426
TU3153 lncRNA upstream 152762 3650116 ~ 3669755 (+) False G2426
TU3842 lncRNA downstream 38775 3865001 ~ 3865275 (+) True G2958
TU3850 lncRNA downstream 41508 3867734 ~ 3871079 (+) False G2963
TU3848 lncRNA downstream 41639 3867865 ~ 3871079 (+) False G2963
TU3849 lncRNA downstream 41639 3867865 ~ 3870281 (+) True G2963
TU3862 lncRNA downstream 54669 3880895 ~ 3881979 (+) True G2971
XM_036981292.1 mRNA upstream 197935 3602663 ~ 3624582 (+) True bcl6aa
XM_036989274.1 mRNA upstream 422369 3399426 ~ 3400148 (+) True LOC118966170
XM_021615461.2 mRNA upstream 1242209 2538334 ~ 2580308 (+) True LOC110531937
XR_005052106.1 mRNA upstream 1564192 2212136 ~ 2258325 (+) False zbtb11
trnap-cgg mRNA downstream 21397 3847623 ~ 3847694 (+) True trnap-cgg
trnap-ugg mRNA downstream 21662 3847888 ~ 3847959 (+) True trnap-ugg
XM_021616297.2 mRNA downstream 22291 3848517 ~ 3853009 (+) True im:7152348
XM_036983882.1 mRNA downstream 1122501 4948727 ~ 4957086 (+) False agxta
XM_036983911.1 mRNA downstream 1123165 4949391 ~ 4957086 (+) True agxta
TU3203 other upstream 318936 3503269 ~ 3503581 (+) True G2464
TU3048 other upstream 606283 3214697 ~ 3216234 (+) True G2343
TU2640 other upstream 1177348 2644335 ~ 2645169 (+) True G2016
TU1265 other upstream 1558952 2258883 ~ 2263565 (+) False G998
TU4120 other downstream 349097 4175323 ~ 4178073 (+) True G3176
TU4195 other downstream 572678 4398904 ~ 4399444 (+) True G3234
TU4331 other downstream 613740 4439966 ~ 4441908 (+) True G3351
TU4683 other downstream 1028295 4854521 ~ 4856248 (+) True G3596
TU4684 other downstream 1030299 4856525 ~ 4857065 (+) True G3597

Expression Profile