RNA id: TCONS_00026409


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00026409
length 7193
lncRNA type intronic
GC content 0.36
exon number 3
gene id XLOC_013361
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007129.7
NCBI id CM002902.2
chromosome length 51023478
location 18713973 ~ 18727032 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATGGACTCTTCACTGACTGCTGCACAGATCCGTGAGAAGTTCATCGACTTCTTCCGCCGCCATGAACACCAGTATGTCCACTCGTCAGCCACCATTCCACTGGATGACCCCACGCTGCTCTTCGCCAATGCCGGAATGAACCAAAATGGAGGAGAGCCGTATTCTGCCTGGCAGCATGAAGGATAACTTCTGGGAGATGGGGGACACTGGTCCATGTGGGCCGTGCAGTGAGATCCACTATGATCGCATTGGAGGCAGAGATGCTGCACACCTGGTCAGCATGAATGACCCAAATGTGCTTGAAATCTGGAATTTGGTGTTCATCCAATTCAACAGGGTGATGCTTTTCCAGAGCTGCTGAAAGATCCTGATATGGTAAAGGATATCATCAATGAGGAAGAGGCACAGTTCCTTAAAACCCTCAGCAGAAGACGCCGCATCCTAGACCGCAAGATCCAGAGTCTTGGAGAAAGCACAACTATACCAGGTGAAGCACATGATACCACAAAAAATGATAACTAATAGGGATTTAATGATTCACCGTTAGCCAGTTGAAAATCGATTCAAATATGTGACGATTCAAATGTGGGTAAAATGTTGAATGAATCgtgatacatgttttgaacagaggGGATGCTGTTTACCGGTGCAAGCTCACTTCACCTGCACATCAACGGCGAGCAAGAGGTGGGCGACAGAGTAAAATGACAGCGGTGATGTGcgccagacaaaacacaaactgtgcaaatactgcaaaaacacatctattttgacaaaaatgatGCACATAAACCATCAGCACAAtgaaaaactactgtcacagacGTCAATTACCAAAAAACTATTAACCAACTAATAAACCAAACCACGTGGTTCCACTTGCCTTAGCAATTGCTATGGAGATCAGAGGGTAAatcagtgactgtttacatggacatcagtaatcaaattatttgccttaatctaattaagacaataataagattaagatgtttacatgagttgctttttgaatgatcctttcatgatcccgtttaaCATGTTATAACAAATcattcgattaacatcattgcgtcaccatGCTATCCGCATTTCCTTGAGTTttgtgtaattttgggtgtttcattttttattttgtcaattttaacagcaatttgacactttcactttcattctggaacgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgtgtgtgcgtgtgtgtgtgtacatgtgttcgTGGACTATCCAGTCGCAAAACGCGGCGAAAAGTTCTACATGACGGTTGTAACTAAAATCGGCGTCTTAATTCGgtttctctttagttcgattatgaccttaatcggattaaattaatcaaaaatcgctgtttacattgtagactcttaatcagagtattgtcttaatcgcataaaaatctaattattagtGTCCATGTTAGCTTATGCAGTGTTTTTATATCGAAAGTGCGAAGATCTTTTTCAGACTAAAACAGAGAGTTGTTCTTTGACAGAAGCAGGTATTAGATTAGTTTTTTCCCCtcctttactgtatttataaggtacaattcaccctaaaatatcattctgtcttcatataatgatgtattggtagccgcaaaatcacacatgacgtgagctgaccgtgaggtgttactacagagggcggactatgatagacgcgcgcgtgtctgcttcagtgaacagaacctgcaggttgtgactaacaggtaataaagtagtaaaaaaCACTCAGTTTGTGtaacagagtgatcgttcaggagccgcttgggaagtatgaacagcagtggaaatgaaaccgaaagcgtgcacattatttaaataatcatctcgcattttagagttatgattacgacgagcatgaactcttttgagtttagaggtacacaaaaatgcacgtcaacatgatatacTTGATAGCGctgacatcagcgacgccgaagaaatagtaaacctgcctaaactgctgaaaagagccacgactgtcctgtgtaatgaaaagacggccaccctgtcactcctcatgcccaacatgaagacagccatacataaaaacctctcagacagatacacatcagttcaggattattttatagaacTGTTGATTACCTGGAAAGTagattgcacacacaaaaaacgcaagtgaccaaacAAAGCCTtgagctcttactgttaaattcaattgaattgaataatttcaataatattttataagaagtttttaaatagtttgattttccagagacagtcctgtttaatttattttcttaaagaaggttcagtttaacaagttgaaacaaaagaaatacataaaaaattgtttacttggtaattaaaaaaatttttaaataaaatttgaatttcagtttaattttcaaattttattccaaatatcgtgatacatatcgaatcgtgaacattatatcgtgatacacattgtatcgtgagctgagtgtatcgttacacccctagtatttagtttgtattattcttgttttgtttataaaatagCAATTAagttatggcagaaaatattttatatttagcaaaaaagtGCTGCATTTAAGAAAGAAATGAAAGCACTCTTCACCttcaatttgttttaaataattttgcttAAAAATCGTGACTGAATCATGAATTGTGAGATTAGTATGGTGAATCTTATCGAATTGTGAGTCCAGTGAATCGTTATTTTCTTAATAACCAGatgataattgtttttaaatcaataaGAAATCATTGAGGTATGGTTATTATAGATCTGTtagtttatgcatttttaaaaaagaaccaACTTTTCAAATTTGTAATGAGATCTGTTTAAATATCTGGTTGTCACCAGAAATATTCTGCTATATTTAATCAAGAAAATCAATTTTAAATTTGTCTAAATTTATTCCTTAACAACACATATTAGTATTAAATAGAAATGAATGGAATttcatacaaatattttacaacgaatataaaacattttatacttGACCTTTCACATTTTATCCATTTGATCTCAATCAAGAATGAGCTAGCTTTAAACAGTCCACAACACCTCAGCTTATATCTCTGATTAGTTGAGTTCACTGTTTTTGTTTAAGACATTTATATTATaagtatttatataaatttatatatatgtattataagtgtttatataaatacctattattaatataaattactttatttttatgtcaAAAGTAGAATACCAAGTAAAAACTGagaatttaatgatttaaacGTGGTGACATGGGCCAGTGGGACACAATGGAATTGGTTACCGTTGAAACCGTAAGCCTCAGAATGCTGGCCTCTATTTGTGAGTTCTATATGTGACATCACACTGTATGTTACTGCAATTCTTGTTGGTTTGTTCATTCTGTAGCTCTGACAATTCAAATATGGGTCAGCTCAGTTCAAGTTGTAAACCGTCAAGAAATGATTGTGGCAGTGTGGACTACTATCATTGTACACCACCACAATCTTCCACAGATGAAGTGGAAAACAATTTACATCTAGAGAGAGATGTGGAAAGAGGAAAGAAGCGTTCTTCTAAAAAGAAGAAATCAATTTGGAGGTGGGCCTTTTCCCATCAAAGAGGTGGCAAAAAATACACCAAGGCCTCATCTGACCACAGTGCTGAAGTCTCTCCTGCTGCCTGTTTGGCTCCTGACAACAGTGCTGCCCTATCTCATACAGCGGCCAGTTTGAGTCCCGACAGCAGTACTGAGGAGTCTCCTGCTGCCAGTTTGAGTCCTGACAGAAGCACTGAGGTCTCTTTTGCTATCTGTTTAACTCCCAACTGCTCTGCGGAGTTCTCTTCTGGTGTTGCCGTTTCGACTCATGACAGGAATACAGAGGTCTCTCCAGGTACTGCCGGTATGAGTCCCGACTGCTGTACCGAGGACTTTCCTGATGCTGCCAGTTTGACTCCCGACATTTGTACTAAAGACTCTCCTAATGCTGCCTCTCTGAGTCCCTACTGCTGTACCGAGGACTCTTCTGATGCTGccagtttgagtcccgactgctgCACTGAGGACTCTCCTGATGCTGCCAGTTTAAGTCCCGAATGCTGTACTGAGGACTTTCCCGATTCTGCCTGTTTGGTGCCTGACTGGATTAAAGAGAGCTCTACTTCTGCCTGTTTGAGTCCGGACAGCTGTACTGAGGTCTCTACTGCTCTGGTCCCTCCGGCTTCTTCCTGGACCGTCTATGTGTCTCCTGCACCTGTCCGCTTGGTGACAAATTGGAGTCCAGATGTCTTTCTTCATTCctcattttgtgttttaatgtcaTTTGCATCTTATTTCTGATCTGCTGTAAATAAAGCATTCttaaaaatgtgatgttttatttttattttgcatataaaaacaattatagcCACATTGATTACTTAAATGGTGTAATTTTTCAAGTAACATATGGTCTAATTTTAATTTGGCACGTTGCTTTTGAGTATTGTGATATTTCTTGTTAAATTTTATTTCCCTGTTTAAGGAGATTAATGATAGTTTTTGAGTTAAattttattgtgttattttattattattattattataaattatataaatatatctgtgaTATGAGTATTGCATATACCATTATCTatcaataattttttatatatattgcacagccctaggtaCATTATTGTGTCCACTCTGGACCATGGTGTACTGTACAGGCATACTCTTTAGATTTGATCTTTCAATGTAGTACTgtgaggaaaaaaacaaaaaaattaatcaaattaacaatcatgtactaaatgatttattttatctttatgatgactgtaaataatatttgaccagatatttttcaagacacttctatacagcttaaagtgacatttaaaggcttaactaggataattaagttaaccaggcaggttaggg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Function

GO:

id name namespace
GO:0005737 cytoplasm cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00027287 lncRNA downstream 79300 18629066 ~ 18634673 (-) True XLOC_013358
TCONS_00026400 lncRNA downstream 158412 18551208 ~ 18555561 (-) True XLOC_013354
TCONS_00027286 lncRNA downstream 600085 18111994 ~ 18113888 (-) True XLOC_013351
TCONS_00027285 lncRNA downstream 927183 17777527 ~ 17786790 (-) True XLOC_013349
TCONS_00026394 lncRNA downstream 1001306 17707958 ~ 17712667 (-) True XLOC_013348
TCONS_00027289 lncRNA upstream 17430 18744462 ~ 18749405 (-) False XLOC_013362
TCONS_00027290 lncRNA upstream 60352 18787384 ~ 18793265 (-) False XLOC_013363
TCONS_00027291 lncRNA upstream 88622 18815654 ~ 18821370 (-) False XLOC_013359
TCONS_00026960 lncRNA upstream 149358 18876390 ~ 18878724 (-) True XLOC_013366
TCONS_00027292 lncRNA upstream 383015 19110047 ~ 19111916 (-) True XLOC_013371
TCONS_00026405 mRNA downstream 46557 18636273 ~ 18667416 (-) False XLOC_013359
TCONS_00026404 mRNA downstream 46557 18636273 ~ 18667416 (-) False XLOC_013359
TCONS_00026407 mRNA downstream 51396 18656980 ~ 18662577 (-) False XLOC_013359
TCONS_00026398 mRNA downstream 126228 18547023 ~ 18587745 (-) False XLOC_013354
TCONS_00026399 mRNA downstream 129134 18550418 ~ 18584839 (-) False XLOC_013354
TCONS_00026413 mRNA upstream 76507 18803539 ~ 18850302 (-) False XLOC_013364
TCONS_00026412 mRNA upstream 76507 18803539 ~ 18850302 (-) False XLOC_013364
TCONS_00026415 mRNA upstream 105194 18832226 ~ 18849916 (-) True XLOC_013364
TCONS_00026416 mRNA upstream 143593 18870625 ~ 18875308 (-) False XLOC_013365
TCONS_00026417 mRNA upstream 144371 18871403 ~ 18874921 (-) True XLOC_013365
TCONS_00026408 other downstream 12209 18696207 ~ 18701764 (-) True XLOC_013360
TCONS_00026403 other downstream 136079 18577814 ~ 18577894 (-) True XLOC_013357
TCONS_00026402 other downstream 136424 18577474 ~ 18577549 (-) True XLOC_013356
TCONS_00026401 other downstream 144651 18569241 ~ 18569322 (-) True XLOC_013355
TCONS_00026386 other downstream 1298384 17411870 ~ 17415589 (-) False XLOC_013343
TCONS_00026410 other upstream 17430 18744462 ~ 18749405 (-) True XLOC_013362
TCONS_00026411 other upstream 60352 18787384 ~ 18793265 (-) True XLOC_013363
TCONS_00026414 other upstream 88622 18815654 ~ 18821370 (-) True XLOC_013359
TCONS_00026421 other upstream 268215 18995247 ~ 18999255 (-) False XLOC_013369
TCONS_00026429 other upstream 383015 19110047 ~ 19111751 (-) False XLOC_013371

Expression Profile

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