RNA id: TCONS_00031946


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00031946
length 3141
RNA type mRNA
GC content 0.28
exon number 1
gene id XLOC_016193
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 10597810 ~ 10600950 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATCAAATGTCACATTCTAGCAAATGGGAATTATTTAAGTTTAAAGTTAGACAGTCAGCCATATATTTTAGTAAACAAGTTAAAAACAATAACTTGAATAAGGAACGGTCATTGATGAAcgagttaaatatttatttaaaaaaagagaatctAACAGAGGATGAAAAAGTTAGATTAGAAACTATAAAATCTGAAATTGACCAAATTTACGTTGATACTGCAAAAGGTGCTTTTATTCGTTCAAGAGCCAAATGGTtagaaaaaggagaaaaaaatacaagTTACTTTTTTTCACTAGAAAAGCGGAATTATAAAAGGCAAATGATTTCCTCACTTAAAATTGATGATGTTATTACTTCAAATCCTAAGTTAATTTCTACATATGTAGAGTCCTTTTATTCCCAATTATATAAATCTGTATTTCAAAAGGataaatgttataatttttttgaatCTGTTAAATCTTCTGTCTCTCCTATTTCACCTCAATTTAAAGATACTTGCGAAGAAAATCTGAATAAGCTTGAGATGGAAATAGCATTACGTTCAATGAAACAAAATAAGTCTCCAGGCTCAGATGGTCTTTCAGTGGAGTTCTATCTGCATTTTTGGAATATAATTGAAAATCCTTTATTTGAAATGTATAAGGAATCTATTGAGCTAAAGGAGTTACCAACCTCTTTGAAACAAGGATTAATAACCTTGCTTCCTAAACCTAATAAAGACCTTATGATTTTAGACAACTGGCGCCCAATAACACTACTTAATGTAGATTATAAATTATTATCTTTGATTTATGCAAAACGCTTAAAGGAAGGTCTAAATGAAATTATTAGCGAGTATCAAACTGGTTTCATGGCTGGGCGACACATAAGTTGGAATATTAGATTGATTCTGGATTTGTTAGATTATTCTAATTTGATTGAGTCTGAAGCATTACTACTTTTTCTGGATTTTCATAAAGCTTTCGACACTATTGAGCACCAATTTATGTTTATGGCATTAAAATATTTCGGTTTTGGGGACAGGTTTATTTCTATTATGGAATTGTTTCATAGAGATATCAATAGCTCTATAAATTTATACCCAAATACTTCTAAAAGGTTCCCCATATGTAGAGGAGTCCGTCAAGGATGTCCTATTGCtccatttttatttcttcttGTTGTAGAGTTCCTGtccatttatgttttaaaatcatCAGCAATTCAAGGTATTaccatatttaataaagaaataaggatATCTCAACTTGCTGATGATACCGTTCTTTTTCTAAAAGATAAAGATCAGTTACCTGCAGCTTTGCAATTAGTAAATGATTTCTCTATTGCATCTGGATTAACCTTAAATGTGACAAAATGTGAAATTATATCACTTTATAATTCTGAagtaaaaagtttatttaatataCCTGTTAAAAAGACGGtaaaatatttaggaataagTATAACAAAAAATTTATCAGAGAGACAAGATTTAAATTTTtcccctaaaataaaaaaagctcaaGGTATATTTAATAACTGGCTTCAAAGGGATTTATCTATTATTGGAAGAGTTTTGTTGACTAAAGTAGAAGGAGTGTCTAGATTTGTTTACCCGGCTTTATCCCTTTTTGTTCAAGAtgctatttgtaaaaaaattaatgatttatttatacaatttgttTGGAGAAACAGACATCATCATTTAAGAAAGGAAGTAATTCAAGGGCCAAGAAAAGATGGGGGATTTgaacttttagatttttttgacttAAACTATACTTTTAAAGTTAAATGGCTTAGGAATTGTTTATTGAAAGCAGACTCAATTTGGTTTTTTATACCatataatattttcaaaaaggttGGAGGATTGCGTTTTTTACTAACATGTGATTATTCTGTTAAGAAACTACCAGTAACATTGTCCAATTTTTATCAACAAGCTCTTAAAGCATGGAAGCTGTGTTATGTGCACAATTTCTCACCCCATAAAGCAATTTTGTGGAATAATTCTTATATAACTGTTAATCGGAAATCTCTCTACCTACAAAATTGGACAGATAAAGGTATTTTTTTCTTATCTGATATTTTGGACCAATCAGCTAATTTACTTTCTTACAAAAATTTTATGGAAAGATGGTCATTCCCTATTAAATTTAAAGAATATAACTATGTAACAAAAGCCATCCCCTCTGGTTTGTTAATGCTAATGAGAAGTCATATGTCTTCATATAgtatcaatattaataaaaatgatccTGCTCTTTACTTAAATGGGGTAGACTTTTGTagtaaaaaatgtacaaacaaagttattagattaatattttgcAAAAATAGAGCATTACAACCTAGAGGAAAATTTTTTTGGAATGTATATTTCCATGATATTGTGTGGAAAAAAGCTTGGATGCTTCCTTTTCGTTTTTGCTTAGGTAACAAGTACAgggaattacatttaaaaattttacataACATTTATGTTTGTAATCAAACATTAACTAAATTTACGCAGACGGATGGAAACTGTTCATTTTGTTTACATCACCCAGAGACGTTGATTCATCTTTTTTATGAATGTGAATATTCAAAAAAATTTTGGGAAGATCTAtcattatatgtaaaaaaaaaatcaggttttagTTGCAATTTGACCCCCaaagacattattttttattttgtttcaaacaATTTATCTGTGGAATTTTTATTGAATCTTTTAATTTTGTTCGGTAAATTTCATATTCATAAATGCAGGTTAAATAACTCTAAACCTTGTTTAAAGGTTGCTATTGCAGACTTTCATTTGTATATAGAATCGCTCCAATATATTAAGAGcgaaaaatgtataaatacaattattgtggCAAAGGagcttaagttaattgattaGTACTCTTGCTGTTAATTGgttaagttaaaatattatcaatgTAAAGACCTCTATGTTGTATTGTctgtttcatttgtttaatttatgtaatttattttaatttatgttattaGTTACTTTTGAATTTTGGATGTCatgttaaaattgtatatttgttgttcaataaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagtgtgtgacCATCGCTGACAGTAGCGGTATGTAAAGATCTCTCTGAAAGTA

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000160216

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00031942 lncRNA downstream 164962 10428893 ~ 10432848 (-) True XLOC_016191
TCONS_00031924 lncRNA downstream 734422 9862833 ~ 9863388 (-) True XLOC_016181
TCONS_00031921 lncRNA downstream 793263 9804247 ~ 9804547 (-) False XLOC_016179
TCONS_00033777 lncRNA downstream 849594 9746437 ~ 9748216 (-) False XLOC_016178
TCONS_00031950 lncRNA upstream 21285 10622235 ~ 10632377 (-) True XLOC_016194
TCONS_00031964 lncRNA upstream 355271 10956221 ~ 11027191 (-) True XLOC_016200
TCONS_00031975 lncRNA upstream 650147 11251097 ~ 11258378 (-) True XLOC_016203
TCONS_00031976 lncRNA upstream 729774 11330724 ~ 11331316 (-) True XLOC_016204
TCONS_00031977 lncRNA upstream 736090 11337040 ~ 11337983 (-) True XLOC_016205
TCONS_00031945 mRNA downstream 33791 10468362 ~ 10564019 (-) True XLOC_016192
TCONS_00031944 mRNA downstream 34234 10467799 ~ 10563576 (-) False XLOC_016192
TCONS_00031943 mRNA downstream 34234 10467799 ~ 10563576 (-) False XLOC_016192
TCONS_00031941 mRNA downstream 147026 10396579 ~ 10450784 (-) False XLOC_016191
TCONS_00031940 mRNA downstream 211072 10342177 ~ 10386738 (-) True XLOC_016190
TCONS_00031947 mRNA upstream 2600 10603550 ~ 10641998 (-) False XLOC_016194
TCONS_00031948 mRNA upstream 3648 10604598 ~ 10632431 (-) False XLOC_016194
TCONS_00031949 mRNA upstream 7038 10607988 ~ 10631767 (-) False XLOC_016194
TCONS_00031951 mRNA upstream 86326 10687276 ~ 10703621 (-) True XLOC_016195
TCONS_00031952 mRNA upstream 189925 10790875 ~ 10821053 (-) True XLOC_016196
TCONS_00031915 other downstream 850379 9747302 ~ 9747431 (-) True XLOC_016178
TCONS_00031914 other downstream 850817 9746858 ~ 9746993 (-) False XLOC_016178
TCONS_00031909 other downstream 909625 9688055 ~ 9688185 (-) True XLOC_016176
TCONS_00031903 other downstream 1053649 9529488 ~ 9544161 (-) False XLOC_016171
TCONS_00031900 other downstream 1191135 9406558 ~ 9406675 (-) True XLOC_016169
TCONS_00031958 other upstream 304112 10905062 ~ 10905179 (-) True XLOC_016199
TCONS_00031983 other upstream 1055603 11656553 ~ 11662923 (-) True XLOC_016210
TCONS_00031991 other upstream 1623473 12224423 ~ 12224539 (-) True XLOC_016216
TCONS_00031998 other upstream 2651202 13252152 ~ 13254797 (-) True XLOC_016221
TCONS_00032033 other upstream 4393443 14994393 ~ 14994490 (-) True XLOC_016250

Expression Profile

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