RNA id: TU823116


Basic Information

Item Value
RNA id TU823116
length 5682
lncRNA type sense_over
GC content 0.38
exon number 2
gene id LOC110530179
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048572.1
NCBI id CM023226.2
chromosome length 91622588
location 55872953 ~ 55896342 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

GGATTCAGTGGAGTTAGCTGGGCTGGATAAATTGTCCTATGGTCATATAGTTCATTAGAGCTATCTTAGTGTGTCTGGTCCAGGAAGGccactgtacagtacatagggGTTTCTCCATTACTCAATAATCTGATCCTTCTTCATTTTTCGCAGTTGTTTTACTGTTAGACCTGGTTTGATAGGACCGGGGCTACCTTTATTGCTGTGTGTTCTTTGAGAAAATGAAACTATAGCACGCACAATAATCCTTTAAGAATGCAGGAGACGCTGGATAATCGCCACAAGGTCATTTTGCGCACACTTTTCAACCCTCCTTTCATTACATTAACTTTGATCCATTTGAGAAGCACAACTTCTAACTCTTTTTATATAGTGGCTAAAGTGGTTTGAACTAGGAATTTGATACTATTTTGTTATCACCCGGCAAGAGCCTTCGATGGCAATAAACCGTGCAAGTTGTTTATtaagggtgcgttcgtaaattctcTCCGGAGTGCCAGAGGGTGCTCTgagtgcgttcgtaaattcagagcgttgtcagattgtctgtttgtacattcagagcgtttcactctcggagcgttcagagcgcacactgaacgctctggccgaggagtagagTTGGCAGTCAACGGCAGTCAatcacccaagctaactggctaaagttagctagcttgctagctacttccagacataaatgagagaacagctcactctgaccattttactcaccctagcagagctggttaggctgtttatgttatccagagcgttgatgactgtaactgtgctgctggcaacaatttagtAACGCTTTTTTTTGCCTATGTTTACTGAtactggccatattcaacagctgttgagcgttcataaattcatcagttattctgctctctggcacactctgacgagagtgctctgaaatctgagtagatagccagagtgaattttaTGAACGCACCCAAAGTTGATAGACATGATGTTTTGTAGGCTTTTTCCATTGACGATCTGTTCTCTTTCTCAGCATATTAATATCTCTGTGTAATGTGACTGTCATAGTGTGTTGCACTGCATAGCAACTGCATAGTAAATGCATAGCAACTCTAGAGGTGCTTTTCATAATACAACTTTCATACATATAGTGCTCTGACAATTGTGAAAATAAATGTTTCTATTTTTttgctatgtactgtacatatttatAGTACTCTGATTGTGCTGACAACAATATTCACATGTCCTCATTTGCTTTTTGCTAATTATTGATAGTCTATTTTACCAGAGAtgtgtttattgttgtttttGGAACTTTAGCAGGATATGCATTGATTTGGCAGGTGATTTATAAAAGAGCGATGTTTTGAGAAATCACCAAATGTTATCACTGGGGTTAGAAATCCCAGTAACTCTCCCAAAATCCCCAGGTTTTTCAGAAGTCGTGAGTGGATATCCTTCTGACGCTGGGATTCTtacaaccaggatttctggaaaacagtATATCatgctttctttttttttgctcacAGTGGTATACAGTGGCAAATACTGTATATTAATAGATGAACAGGGGCAGTGCATACAGTGTGTAAGATAATTGATTAGTAGGGGCAGTGGGTTAACTATGTAAGATAATTTATTAGTAGGGGCAGTGGGTTAACTATGTAAGATAATTGCTTACTAGGAgccttaatttaaaaaaacatttcttaaagatgGGAAATTCAAGAAGGACTTTGAGTCTTTGTGTCCTTTGTTGCCTTTAAAATAAGTATACTAATAAGTATTCGCTGTTTTGATAAATATTTTGATAAAGTACCCTTTTTCCTATCAGCTCATATAGCCAACTAAAATCTATAACTGCTGTACATGTTGTGAATGCTACTCACTTTGCACTCAACTCATTTTCAAGTAAATGGATCTATTGATGAGTGCCATAAAAAGGAAACCACTCTCGGGAGAGGCTTCACTTCCCAACCCATTGCTATGCGCACACCAATTGGTCTAATTATCCGGTTGATTTTCCAGATTGGACAATGTGACAGCCAAGCCTGTACTGTGGACTTTGGTTGTACTGTTAGATTAAATTAAATCATACATTCGTCTCCCTTGGGCTATAATGTACAGTGTACGAGTCACGACTGAATCCCTGTTTATAGCTGGTTCTAACATGCGTCCTTTCTTGATCTTGTTCACATTCTGACTGTGCATTGTGATTGGATAGTGATCAGATCTTTCAGCCCACATCCGGAGGTAGTCAGGTACACATAGGTGGTCAGGCACACAAGTATAGACAGATGTGGACAGTTCAACCATTTTAAATCATCGTTATCTCGCCCTTTAAAATCATTtaaaataaataaatatttttttgaaagaaTAGCAGTCAAATAATTTACATACAGGGAGGAACCAGGAAATCTGGTACCAATGCAGACACAGTGGACGGATTAGGCTTTTCACATCGGATATTTTTCAGAGGTGATCTGAtttgtcaaaagaccaatttgtgaaaCAAAGATCAGAACTGGGctacctgtgtaaatgcagcctttgAGACATTTTAATACCACATTAGATGCATTtctgaaaatgtgggcacaatcagagtGTGGGCAAGACCAGCACTAAGAACGCATGTTAGCGCCAGGTATAAACAAGTCTTGAGAGACGAGGTTGTATAATGCCAAtaccatccctctccctcccacaagAGGAATAGTAAACAAGTGAGTCATAATCGGTCGAAAGCAAGTTTATTatagtaaactaaaactgaaaccAAAACTAATCATGAAAAAACAATTTAGTAAAACAAAATTAACAAACCTGTtttgaaaaactaaaactatactgaaactatTATCTTTGACTCCAAAACTAACTAAAATAAAGCATCATGAATTGTGtccagttttatattttttatttttttacaaacaaATTGGGTGGTAAATGCGTCCAGGAGATGGCGACGTTTCAAATAGGCCTAGCTTGTGAATcgctacagagaggaagaggcgaagcgagagacTTGAATCTACCCCAAAATCTGTCCATGTGGAAAAAAACAGACAGAAGCAGAGGAAGTGGGGATTTATTTGTATGCAGCTGTCAAATTTGGTCAAAACACATTTGAATTGCTAATTTGCTgtgtgaggcttatttgatcgaatagcCGTAATGTTTATATTGTTAAGTGGACTCACGTGGAATTCCGACAACTTTGAGAAAAACAATTTTGCAGTGATGAAAAAAGTACCCAgtagtcatacttgagtaaaagtaaagataccttgatAAAAAATGACTCAAATGACTCAGTGaaatggtggtggatctttgatgttatggggctattttgctttcACTGGTCCTGCgacccttgttaaggtcaacggcttCATGGCATCATTTAGCCAAAAGCCTGGTTGTCTCTGCCAGGATGCTGAAacttggccacaagtggatcttccagcaagacaattaccccaagcacacatcaaaatccagaaagatgcagtccataagcacagacaaaaaatatcaaggatctggaaggattctgtatggaggaatggtctgagGTCCCTCCcgatgtgttctccaactcataaaatATTTGAGAAAAAGGATCAGTGTCATAATCTTCGAACACTATCACTAGCTAAAAATAGTCTAGGTATTcttacatgtacagtactactAAATGTAAAAAGCACTGGTGTAAACATACTCTAGAGAAAGTTTCCTATCACCGTATGTTTTGCTATTCCAGATCTTTCGCTATTCCTTTTTTTACATTGAGATTGATTTAATAATTTCTAATAATTTTATTGAATAATTTAAAACTAACCTATGACCTTAAAAGTCACCTTATGTATAACTGCCTCCCAGTTGCAAGAAGACGACATCCCAAAAAAACACCCCCAAAAAACTATGCAACACAAATGGCTCCTAGCCTCCCATGCATGCTGTCTGTCCCTAACACTAAAACTGAAACTAAGGGCTCTATTAAATCCATAGCGCTGAAGATCCGCTATATAGCGTGATTGACAATTTAAGGCAACGTTCCCCGCGGGCGCGGCGACTGCATTCACTGTAAACgttgcatatgtcggctcaatcggaaatgacctttacattttaaCGTGGATCTTCGGCGACACTCtggcgatacggattgaatccagcACTAAataatatcaaaacaaaatataaatatttttatacAACTCAAAACTAAATCAAAACTAACAAATCAGGTCGGAAAACGAACTGAAACTAAGCTGAATTTCAAATAAAAATGTCAAAACTAATAGAAATAAAAGTGAATATAAACACACAACTATTACAACCTTGATCTAAAGTACAGAAGTGAAAAAATAACATTACTTTCACTACCACTGGTTAGTGGCACTGTAACTATCACACCTGATCTATATGTGTGTGACATGCTGCCACTGAACAAGACTATTGTTCAAGGACAAATAATCAATGATTTATATCCAGTTTGTTGTGTACAAAGGTAGAACCATTCAGCAATCTATAAATGTAAGTAGGGTGTGTATAGTACGTATATTATAGTAGGCTGATACCTTTACAAAACTGTGCCAAGAGCTTACTGCACATATACAGCAGGGGTCTCAAAGCCATTTCGCCGGGGACCACGTTCTCTTTCAACGAGGTTAAATCAAGGTCAGACCGCATTAAATACGTGTGTGGCCCGTGGGCCGCCAGTTTGAGACCCCTGACATGAGTGTTATGCGTAAAGAACACTATCTACTTATGAAGTAACATGAGATATCTACCACAGTatcatttttttaatttttttttttacagtggtcATGATATGTCAGTCGCATTTGGATTGCCAAGATAAGGAATGTAATTCAGTTTGTTTGTGTCTGTACACAATATGAACGTAAGATGTATTAAATGAAGATGTTGTTAAAAATGTCCATCGATAATcacgttttttttgtgtgtgtgtgtgtgtg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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU823124 lncRNA downstream 4234 55868553 ~ 55868787 (-) True G724595
TU823123 lncRNA downstream 4530 55868199 ~ 55868491 (-) True G724594
TU823110 lncRNA downstream 15614 55855479 ~ 55857407 (-) True G724584
TU822939 lncRNA downstream 46562 55826035 ~ 55826459 (-) True G724416
TU822916 lncRNA downstream 79203 55793038 ~ 55793818 (-) True G724406
TU823131 lncRNA upstream 4932 55883655 ~ 55883861 (-) True G724602
TU823139 lncRNA upstream 20289 55899012 ~ 55899229 (-) True G724610
TU823146 lncRNA upstream 30985 55909708 ~ 55910070 (-) True G724617
TU823197 lncRNA upstream 99210 55977933 ~ 55978445 (-) True G724665
TU823297 lncRNA upstream 227872 56106595 ~ 56106864 (-) True G724756
XM_021613046.2 mRNA downstream 33680 55815384 ~ 55839341 (-) True LOC110530178
XM_036985739.1 mRNA downstream 58093 55799908 ~ 55814928 (-) False LOC110530176
XM_021613042.2 mRNA downstream 58673 55801428 ~ 55814348 (-) True LOC110530176
XM_021613041.2 mRNA downstream 58678 55799908 ~ 55814343 (-) False LOC110530176
XM_021613039.2 mRNA downstream 98848 55770348 ~ 55774173 (-) True LOC110530175
XM_021613049.2 mRNA upstream 396368 56275091 ~ 56294377 (-) True LOC110530183
XM_021613052.2 mRNA upstream 495865 56374588 ~ 56386152 (-) False LOC110530186
XM_021613051.2 mRNA upstream 495865 56374588 ~ 56386539 (-) False LOC110530186
XM_021613053.2 mRNA upstream 495865 56374588 ~ 56386555 (-) False LOC110530186
XM_021613061.2 mRNA upstream 591418 56470141 ~ 56486902 (-) False LOC110530191
TU822909 other downstream 81536 55785517 ~ 55791485 (-) True G724400
TU822777 other downstream 227007 55635538 ~ 55646014 (-) True G724287
TU822429 other downstream 476136 55396624 ~ 55396885 (-) True G723966
TU822417 other downstream 495245 55377281 ~ 55377776 (-) True G723955
TU821231 other downstream 1591043 54281685 ~ 54281978 (-) True G722864
TU823541 other upstream 241480 56120203 ~ 56128288 (-) False G724943
TU823623 other upstream 340793 56219516 ~ 56232939 (-) True G725007
TU823714 other upstream 495930 56374653 ~ 56386516 (-) False LOC110530186
TU823713 other upstream 504406 56383129 ~ 56386516 (-) True LOC110530186
TU823957 other upstream 709620 56588343 ~ 56589271 (-) True G725280

Expression Profile