RNA id: TU823608


Basic Information

Item Value
RNA id TU823608
length 3216
lncRNA type antisense_over
GC content 0.43
exon number 2
gene id G725000
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048572.1
NCBI id CM023226.2
chromosome length 91622588
location 56249107 ~ 56252439 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

GTTGCATTGTTTTGCTTTTTATTCCAATCATAAACAGACAATGTTTTGTTTTTCAATTCTGTTCACGAATTATGAATATGAAATTAGCTTTCAGAATTTTCTCTAAAAGAGCTCACATATAATTGAGTAGGTAtctgggtaacactttatttagAGTCTGTAGAGCATCTGATGATGGACTATCAGTAACATCTCAACTAACTATTtactaaccccaaccttaacccttaccctagctctaaccttaacccttaccctagctctaaccctaacccttactctagctctaaccctaacccttaccctagctctaactctaacccttaacccttaccctagctctaaccttaacccttaccctagctctaaccctaacccttaccctagctctaaccctaacccttaccctagctctaactctaacccttaacccttaccctagctctaaccctaaccttaacccttaccctagctctaaccttaacccttaccctagctctaactctaacccttaccctagctctaaccctaaccttaacccttaccctagctttaaccctaaccttaaccctaaccctagctctaaccctaacccttaacccttaccctagctctaaccttaacccttaccctagctctaaccctaaccttaaccgtaaccctagctctaaccctaaccctagctctaaccctaaccttaacccttaccctagctctaaccctaaccttaacccttaccctagctctaacccttaccttaacccttaccctagctctaaccttaacccttaacccttaccctagctctaaccttaaccctaaccctaaccttaacccttaccctagctctaaccttaacccttaccctagctctaaccttaacccttaccctagctctaaccctaacccttaacccttaccctagctctaaccttaacccttaccctaaccctaaccctaaccttaacccttaccctagctctaaccttaacccttaccctagctctaaccctaaccttaacccttaccctagctctaaccctaaccttaacccttaccctagctctaaccttaacccttaccctagctctaactctaaccttaacccttaccctagctctaaccttaacccttaacccttaccctagctctaactctaaccttaacccttaaaccttaccctagctctaaccctaaccttaacccttaccctagctctaaccttaacccttaccctagctctaactctaaccttaacccttaccctagctctaactctaaccttaacccttaccctagctctaaccttaaccctaaccctaaccttaacccttaccctagctctaactctaaccttaacccttaccttagctctaaccttaacccttaccctagctctaaccctaaccttaaccgtaaccctagctctaaccctaaccctagctctaaccctaaccttaacccttaccctagctctaaccctaaccttaacccttaccctagctctaacccttaccttaacccttaccctggctctaaccttaacccttaacccttaccctagctctaaccttaaccctaaccctaaccttaacccttaccctagctctgaccttaacccttaccctagctctaaccttaacccttaccctagctctaaccttaacccttaacccttaccctagctctaactctaaccttaacccttaccctagctctaaccttaacccttaaaccttaccctagctctaaccctaaccttaacccttaccctagctctaaccttaacccttaccctagctctaactctaaccttaacccttaccctagctctaactctaaccttaacccttaccctagctctaaccttaaccctaaccctaaccttaacccttaccctagctctaactctaaccttaacccttaccttagctctaaccctaaccttaacccttaccctagctctaaccctaaccttaacccttaccctagctctaaccctaaccttaacccttaccctagctctaaccctaaccttaacccttaccctagctctaaccctaacccttaacccttactctagctccaaccctaaccttaacccttaccctagctctaaccctaaccttaacccttaccctagctctaaccctaaccttaacccttaccctagctctaaccctaacccttaccctaaccttaaccctaaccctagctctaaccctaaccttaaccctaaccctagtgtcACAGAGAGGAATAAGTTATATTAAACCAGTCTACACCTATAATGCAACTGAACAGTATTTGTGTTCTAAAGAGATATTTTACTCTCATTAATACAACCTAAAAGGCATATGATTGTCTAAAAGGATATATCGCATTAAAATCAATTCCTAAACAATGTCACCAAATAAGACATTAAAACTACACCTAAACCTTTGCTATAAACCCTTAGTTCATTTATAACTGAACTATAACCATTACATCATGATTGCTTTTCATCCCTCTTTGATCAGTGCATTACAATTTCCACTGGTCCAAAAGATAATAATCAATGAACATGATTATCAATACATGCACCTTGAAGCATGGCCGCTTCGCCACACAATGTCCATCAACTCCCAGCAGGGCAGACAAAAATGTAAACCCCACATAGCGAGCCATTGTTTTAGAAATAACACAAACTATTTTGCGTCCGGTATAATTATTTCAGGATAATTGGCTTGGGAATATAAGGTAATTACCGCTTCTGGCTAATTATTCGTTTTCATAATAAAGGTAATTTTTCACTCTTTGCAATTACATAGCCAATCAATGGTGTAAGGTAGACATcgggtcccctctctctcttctcccccctctgtgGTGGCCAGGTATTgcctgggtcgtattcattagagCATGCACAAAAAATACACttgaaaacattttgcaacgggaAACAATATGACAATTTGTCATTGGTCGAgcccaggtagtccctccctgtttcaattATTTTTCTTCCATTTGGCACATTATGAACACAGACCTGTTGTCTAGCCTTTAGCAAACGGGATTAACAGCTTGAGGCAGCCCCCTCTTAGGCACGTACGCCGTTGGCCTGGTAACCATTTTGATGCAGTCGATGATGGGGCAGACACTGAGGCAGAGAGTGCAGCCGGTACAGCTGTCAGTGATTACTGGGAAATGGGTCTCAGGGTCAAACGTAAT

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU823525 lncRNA downstream 3305 56190777 ~ 56245802 (-) True G724929
TU823620 lncRNA downstream 36259 56211973 ~ 56212848 (-) True G725005
TU823526 lncRNA downstream 48357 56109205 ~ 56200750 (-) True G724930
TU823583 lncRNA downstream 65941 56170080 ~ 56183166 (-) False G724978
TU823585 lncRNA downstream 65941 56182110 ~ 56183166 (-) True G724978
TU823662 lncRNA upstream 19855 56272294 ~ 56272996 (-) True G725038
TU823687 lncRNA upstream 76223 56328662 ~ 56328919 (-) True G725062
TU823690 lncRNA upstream 77873 56330312 ~ 56330584 (-) True G725065
TU823693 lncRNA upstream 85287 56337726 ~ 56366731 (-) True G725068
TU823727 lncRNA upstream 116600 56369039 ~ 56369248 (-) True G725090
XM_021613047.2 mRNA downstream 352765 55872953 ~ 55896342 (-) False LOC110530179
XM_021613046.2 mRNA downstream 409766 55815384 ~ 55839341 (-) True LOC110530178
XM_036985739.1 mRNA downstream 434179 55799908 ~ 55814928 (-) False LOC110530176
XM_021613042.2 mRNA downstream 434759 55801428 ~ 55814348 (-) True LOC110530176
XM_021613041.2 mRNA downstream 434764 55799908 ~ 55814343 (-) False LOC110530176
XM_021613049.2 mRNA upstream 22652 56275091 ~ 56294377 (-) True LOC110530183
XM_021613052.2 mRNA upstream 122149 56374588 ~ 56386152 (-) False LOC110530186
XM_021613051.2 mRNA upstream 122149 56374588 ~ 56386539 (-) False LOC110530186
XM_021613053.2 mRNA upstream 122149 56374588 ~ 56386555 (-) False LOC110530186
XM_021613061.2 mRNA upstream 217702 56470141 ~ 56486902 (-) False LOC110530191
TU823623 other downstream 16168 56219516 ~ 56232939 (-) True G725007
TU823541 other downstream 120819 56120203 ~ 56128288 (-) False G724943
TU822909 other downstream 457622 55785517 ~ 55791485 (-) True G724400
TU822777 other downstream 603093 55635538 ~ 55646014 (-) True G724287
TU822429 other downstream 852222 55396624 ~ 55396885 (-) True G723966
TU823714 other upstream 122214 56374653 ~ 56386516 (-) False LOC110530186
TU823713 other upstream 130690 56383129 ~ 56386516 (-) True LOC110530186
TU823957 other upstream 335904 56588343 ~ 56589271 (-) True G725280
TU825127 other upstream 577202 56829641 ~ 56840126 (-) True penka
TU825323 other upstream 883702 57136141 ~ 57137113 (-) True G726496

Expression Profile