RNA id: TCONS_00036898


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00036898
length 4715
lncRNA type inter_gene
GC content 0.32
exon number 1
gene id XLOC_018231
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007131.7
NCBI id CM002904.2
chromosome length 55201332
location 34645947 ~ 34650661 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

gcaccgctttaagacagatttcgatcgatctgcgcagcgctgcatgaagtcgaacgcacctaatgaCATGGAAGCTTAAACGTGCATGACAGTTCAGAACCAATGAGGTTCATCCTTTGGTGTCACGCGGCACGTTTGAACCAATGAGGTTTGTCCTCCTCACGCCAAGCAGGTATGTTTGCTAATGGGCTCTACTAGcgtgattttttttcccaaaccagTTCAGCGCAAACCACGCCCCTACGCTAAAACCCCTCCCCGCAGCTGTGACACGCGCGATTTCATTGGGCAACGTTGTTACTTGTCGTCTGAGAAAGAAGTTCAGAGTGCACATCAATCAAGTTCGTCTCTAATGGATCTATCGTTGACAAACGGTAAACACTTCttgcttaataatgtttaatattaataattttttcatgGAGATGTgagttgtatgtttttttttatagtgttcattttatttattttatctttattttatcattttcgaTCGCCCTCAGGAGAGTAAGTTACGATTGTAGTCCCAAAGACCAAGCTGCGGATCTAAAGGTAAAaaatacatagtttttttttttttattatttaacacacAAATTACAAATTTAGTACACACAGTCTTTCAAAAATTTGGGATCAGCAAGGATTGTAATTTTGTTTATAGAAGGATGCttcaattaatccaaaatacagaattaaataaatgctgaagtTAAAATAATGTGTTTCTTATTGActgaaaactaatttaattaaactgtttccaacaatgataataaattagcatttataatgatttctgaactATGGTGTGACACTTAAGACTAGAGTGATAATGTTGATAATTCAGCTTTCACATCGCAGGAATAAATGATCgatttacatcaaaatataaatattactttaaatttcattaacatttcacaataatgcaactttctgtatttttattaaagtgaatgcagccttgatgagcaaAAAAAGCTAATATTGATCTCAAACGTTTGAACAACattaaaagatttataaataatataaattattattattacttttattgtaataaacttgGCTTACTGTAAAATTTTGGGATTTCTCAGTTAAAATGTTTATGGGTGAACACTCTTTCAGGTAAATTATTTCTACTTTTACAGAACTGGTTGCCTCGAGAATATCGCTTAGGCCGTACAAACAGTAAATCACATTTGGGCCACACATGTTTTGAAGCAATTCTAAAAAATGCATTGAGAGATTTGGGGAGTAAAGGAATGGATAAAAAAACTTAGTGAGTCTTGAGTAAGTTGGAGAGTGGCAGTGACAAAACCTAAAAAGGGACAATGTCAAATCAGTTCATTCTTTGTTACATTATATATATGTAACACACTGAAAATAACTTTACAGTAAATATTGTAAACATACATAGTTCTACTgttcaaaacattttagattCTTCACACAAATTGagatgtttattaatatattttgctTTAGTGTGCCAGTTAGAAATCTCAGTTAACATTGACTTGGTTAATGGTTTGTAATTGTCCAGTGAGATTTTTACCCTTGTGATGGCTCCAGTATTTGTATAAACTTAGGACAGGTCATATGGATAGATGACTGGATAGACAGATTTTCATATGCACAGCCACAGTGATTCTGAAATCATATAGTCTCAGCCTCAGACATCATGCCAAGCAACTTCTGATGCATATGGCACACTTTTCTGGAAACCTTTTTAAAGATCCTCAGTCGTCCTCTGATTAGTTTAAATATACATGATTTCTGTGAGTTGACAGACCACCTAGAAACAAGTCTGTGCAGATAAAATAGCTGCAATGGTTATATTGATGACAGTCCTTATTAATAAACATATAACTTTCTGAGACATTTAGTGATTTACTGCCTGCATGCTTGTCTGTGATGATGGgcatttattcatttgatttaaatgctaaataattaaaagtatccAATATTCACTGCATAAAAGCTTTAACTCACGATATTGACAAACTTGCAGGTAtgcttgtatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttgtgtgtgtgtttgtgtgtgtgtttgtgtgtgtgtgtgtgtattttttttctaatggcagtGTAAATCTTCAAATATTCTGTCATTTTGGTCATTAAGATAAGAGAATGACCATTCAAAGcagcaactgtttttttttttatttgtggatactcacaaaaacaacaaaaccttGCTTTTATAGAACAAAGTAAACTTTCACTCACTTATCTCATCTGAGGTGATCTTTAGgtaaaaatgcttcattaaaATAACGAATGAATCTCAAAACAAATGCTACATACATGTCCTACAGATTTCCTGTATGTTTTGTTGACAGATCATTTAGAATATTGCTGCATCATTGTTGTAAACGTTTGaaatttctaaatgtaaaataaaaatatctaacatttctgcacacttaaacatttaaacatttatatttttttctgtgggCTCATTAAAGGTGCCAGCACAATGTTCATGTTCGATCAGGCATGGCTTGTCAACAACGGCTGTCCAAAAATATGCTGTGGGGCAAAAAGGGTTTGCACTTTGGTAAAGACTGTAGACAAAAGGGGAGGATCAAGTAGGTGAGTTAGAAATGTCAAAattgtacaaatatttttttttaagtttctttgtgtaatttatttttatttttcaggaaCAATGAACCCCATATTCCCACTTAATCAACCTCTGTGCGCTTGTACAATGTGCATTGAGGCACAAGGTTGTAGGGGTCACTGTAGTTGCCACCACTGCAAGAGTTAACGCTGTTGAGATGCCACCATGTCAGAGCCTGAGCTGCCAGTTGCCACCAGAGCTATTGATGCCAGATTCACCAGAGTTACTGTCAACAGAACCGCTCACAAAGCCTCAACCACATTCAGACCCATTCCAGCAAAACTGCCAGAGCCCGTGGTGCTAGAGCTGGCAGATCTGCTGCTGCCATAGCCAACGCTTCCAGAGCCACTGATGCCACCAACtaagctccaggattggccacctCTGCAAAGCCAACTAGCCTATCAGAGCCACTCTACCTATTTCTAAAGTGAGGacaatttatgctttataaatgcctaataaatgacaattaaaggctcagtgtCAAATGAACAGTACATCTTTGTAAtcctatctaaaaaataaaattactgtaaagtttaaacattgccgaataacaggagtgtcaaaatacgacataaaattggataaaaaaaacaacaacaatataataatttaacaatatattatgatacaacattATAATGTTATTTAGCGAAGTTTAAACTGTACGGTAActttattttagttaagattgcaaaaatgtattttttatttgatacagaTTCATTTATGTATCTTCAAATGATAAGAAATAAATCAAGTCGTGTTTTTTCCCCTGTTTAGAagataactgagcctttaattgttatttataagggatttataaagcataaatagtcctcactttagattaggtcacaaaactggatgaagttaaaatactaaagcatttattaacatacaaattaattattagtaaatgcctgaataataagatatataaatgttaatttgaatggtttattatttacttatgcgTTCTAAATGATCTTTAAAAGCCACAAAGTACTCTCAAAAAATTGGTTTGTAAATGATACAATACTTaagtattgaaaaaaaatattattaacaaagtatgaaaatacaatcattaagcacattatagatgtgcttataaatcaagaatagagcatttgtatctgtagttacaaactgcttactaacttctgttaatgtagagttaatgcttaacaaatgatgaattaaatttgctaatgcttaatacatTATTagcgtgtagttattataaagtgttaccaaaatgggtattgtttatttattttttatgggaGGGCTCTAACAATGAATATTATTGCTGTCCAACTGATTATTCTCATTTTCGGGTCATTAAAGGTAAAACAATAGGCACTGTGAGAGGAATCATATGATCAATTTTAACTTGTTTTCAGCATTAAATGAAAGCCTTATTTGAAAGGCCTGCAGAACATATGTTGGTCTcatttgcagttattaaacattcAAACTCTGTATAGAAACAGGTATAGTTCAATGTATTTGTGCTTCAGTTGATTTTCATCTGATATGCAGATTATgtgcagtgttgggtaagttactctGAAAACGTAATTCATTATTGATTATTActagttataatttaaaaataaatacaattgtattttaaattacttttttattcaatttaattaaaaacttaattactCAGTAAATCATTTATTACTCAATATTATAAAAGAAATATCCACAAATCCCAAAGCAtagacaatataaataaataatttaattctttaaatttgagTCTAACAGGACCTTTTAGTTTcattaaacattatatatttcaaatattttcaaatttgATACCACAAATGTAacattctttaataaaaaaatgggttattttgcaaaatatctAAATTTTGACAACAAATTATACACATTCATATCCCACTTCTCTGAATTAATACAAGATATTGTAAGAATAAATCTTtcaatttaactattttatacTAGACAGCGAAAGATGAAGAGGTTATGTTTGCATGCAGG

Function

GO:

id name namespace
GO:0045103 intermediate filament-based process biological_process
GO:0045104 intermediate filament cytoskeleton organization biological_process
GO:0061448 connective tissue development biological_process
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GO:0007417 central nervous system development biological_process
GO:0048385 regulation of retinoic acid receptor signaling pathway biological_process
GO:0009790 embryo development biological_process
GO:0045111 intermediate filament cytoskeleton cellular_component
GO:0005882 intermediate filament cellular_component
GO:0030057 desmosome cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00036897 lncRNA downstream 109928 34515508 ~ 34536019 (-) True XLOC_018230
TCONS_00036896 lncRNA downstream 143276 34501770 ~ 34502671 (-) True XLOC_018229
TCONS_00035900 lncRNA downstream 492946 34151733 ~ 34153001 (-) True XLOC_018225
TCONS_00035899 lncRNA downstream 498351 34132570 ~ 34147596 (-) True XLOC_018224
TCONS_00036895 lncRNA downstream 498479 34132570 ~ 34147468 (-) False XLOC_018224
TCONS_00035922 lncRNA upstream 341010 34991671 ~ 34994123 (-) True XLOC_018238
TCONS_00035930 lncRNA upstream 818765 35469426 ~ 35471079 (-) True XLOC_018242
TCONS_00035935 lncRNA upstream 884513 35535174 ~ 35536676 (-) True XLOC_018245
TCONS_00036486 lncRNA upstream 909996 35560657 ~ 35563832 (-) True XLOC_018248
TCONS_00036487 lncRNA upstream 1577767 36228428 ~ 36228747 (-) True XLOC_018254
TCONS_00035906 mRNA downstream 192324 34420623 ~ 34453623 (-) True XLOC_018228
TCONS_00035905 mRNA downstream 257616 34383196 ~ 34388331 (-) True XLOC_018227
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TCONS_00035902 mRNA downstream 353662 34158632 ~ 34292285 (-) False XLOC_018226
TCONS_00035908 mRNA upstream 3255 34653916 ~ 34670236 (-) False XLOC_018232
TCONS_00035909 mRNA upstream 7894 34658555 ~ 34663209 (-) True XLOC_018232
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TCONS_00035912 mRNA upstream 87077 34737738 ~ 34754617 (-) False XLOC_018234
TCONS_00035913 mRNA upstream 87084 34737745 ~ 34750045 (-) False XLOC_018234
TCONS_00035885 other downstream 694257 33948642 ~ 33951690 (-) False XLOC_018218
TCONS_00035881 other downstream 944714 33701117 ~ 33701233 (-) True XLOC_018210
TCONS_00035879 other downstream 957348 33657334 ~ 33688599 (-) False XLOC_018209
TCONS_00035878 other downstream 959567 33656163 ~ 33686380 (-) False XLOC_018209
TCONS_00035876 other downstream 988378 33601413 ~ 33657569 (-) False XLOC_018209
TCONS_00035911 other upstream 52416 34703077 ~ 34706572 (-) True XLOC_018233
TCONS_00035933 other upstream 860204 35510865 ~ 35510980 (-) True XLOC_018244
TCONS_00035936 other upstream 890621 35541282 ~ 35545194 (-) True XLOC_018246
TCONS_00035984 other upstream 3280026 37930687 ~ 37934315 (-) True XLOC_018273
TCONS_00035989 other upstream 3868036 38518697 ~ 38522649 (-) False XLOC_018280

Expression Profile

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