RNA id: TCONS_00036487


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00036487
length 278
lncRNA type inter_gene
GC content 0.27
exon number 2
gene id XLOC_018254
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007131.7
NCBI id CM002904.2
chromosome length 55201332
location 36228428 ~ 36228747 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

atgtatatgtatatgtgtatatatatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtatggtatgtatgtatgtatgtatgtgtgtgcgccaaattctgaagaaacatcttgatacatttttaataaacgtaatacaaataaaattataaatataaaattgcacaagacgtgtatatatatgaaatgtataatcatctcactcatgtcttgctgtttgtgcaattgattttgttcaagtttatttaaaaataagtttgactttatacttctgcaa

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00036486 lncRNA downstream 664596 35560657 ~ 35563832 (-) True XLOC_018248
TCONS_00035935 lncRNA downstream 691752 35535174 ~ 35536676 (-) True XLOC_018245
TCONS_00035930 lncRNA downstream 757349 35469426 ~ 35471079 (-) True XLOC_018242
TCONS_00035922 lncRNA downstream 1234305 34991671 ~ 34994123 (-) True XLOC_018238
TCONS_00036898 lncRNA downstream 1577767 34645947 ~ 34650661 (-) False XLOC_018231
TCONS_00035950 lncRNA upstream 190752 36419499 ~ 36424577 (-) False XLOC_018257
TCONS_00035955 lncRNA upstream 446820 36675567 ~ 36679222 (-) False XLOC_018259
TCONS_00035956 lncRNA upstream 447673 36676420 ~ 36679204 (-) False XLOC_018259
TCONS_00035957 lncRNA upstream 448176 36676923 ~ 36677772 (-) True XLOC_018259
TCONS_00035966 lncRNA upstream 1147167 37375914 ~ 37429416 (-) True XLOC_018265
TCONS_00035944 mRNA downstream 928 36220847 ~ 36227500 (-) True XLOC_018253
TCONS_00035943 mRNA downstream 121006 36066408 ~ 36107422 (-) True XLOC_018252
TCONS_00035942 mRNA downstream 386858 35797998 ~ 35841570 (-) True XLOC_018251
TCONS_00035941 mRNA downstream 477618 35719375 ~ 35750810 (-) True XLOC_018250
TCONS_00035940 mRNA downstream 522049 35576739 ~ 35706379 (-) True XLOC_018249
TCONS_00035945 mRNA upstream 151519 36380266 ~ 36393555 (-) True XLOC_018255
TCONS_00035946 mRNA upstream 165165 36393912 ~ 36408836 (-) False XLOC_018256
TCONS_00035947 mRNA upstream 166916 36395663 ~ 36416922 (-) True XLOC_018256
TCONS_00035948 mRNA upstream 191200 36419947 ~ 36559956 (-) False XLOC_018257
TCONS_00035949 mRNA upstream 191200 36419947 ~ 36617313 (-) False XLOC_018257
TCONS_00035936 other downstream 683234 35541282 ~ 35545194 (-) True XLOC_018246
TCONS_00035933 other downstream 717448 35510865 ~ 35510980 (-) True XLOC_018244
TCONS_00035911 other downstream 1521856 34703077 ~ 34706572 (-) True XLOC_018233
TCONS_00035885 other downstream 2276738 33948642 ~ 33951690 (-) False XLOC_018218
TCONS_00035881 other downstream 2527195 33701117 ~ 33701233 (-) True XLOC_018210
TCONS_00035984 other upstream 1701940 37930687 ~ 37934315 (-) True XLOC_018273
TCONS_00035989 other upstream 2289950 38518697 ~ 38522649 (-) False XLOC_018280
TCONS_00036007 other upstream 2676784 38905531 ~ 38905613 (-) True XLOC_018288
TCONS_00036008 other upstream 2804074 39032821 ~ 39032936 (-) True XLOC_018289
TCONS_00036068 other upstream 4533565 40762312 ~ 40766351 (-) False XLOC_018321

Expression Profile

//