RNA id: TCONS_00037014


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00037014
length 5996
lncRNA type inter_gene
GC content 0.31
exon number 2
gene id XLOC_018505
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007131.7
NCBI id CM002904.2
chromosome length 55201332
location 53804362 ~ 53810669 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AATAGACTTGTAAATGACTGATGCGCTGATATCGAGGGTGCTCtaccatttatttataaaaagtgttgaataaaatatacaccatttacaaaaaaacaacaacatttggcAACACGTCTGGAGGCCGTTCCTCTGTCCTGTACTCTAGTGTCAAATTACATCAGTATCGGTTTTCTGGTTAAAATCCTTTTAAAAACCGATCTTCACAATAACTCCAGAGTACAATGAAACAGCCTCCTGgccgcacacatacacacacacacacacacacacacacacacgttcacaaaGGAAGAGTaccatacaaaaataaaataggatATGTCTCCGATTGATACACAGATATATCTTTTCTTCTTTTGCAGTATTCTGAAATGAAATGCCAGGTTGTTTGGACATAAAACAGGAATAGAGAGGAGAAAAAGCACAACAGCTATCATGCGGTCACGTAAACATCTGTCCAGATAACTGTTTATGCATCAAAATAAACGCAGTCTGTAGCAGCATATGAAGATCTGATCTGATCAAGGCTGTGTTCAAAACCTAGAGAGAAAAATACAGCAccggcgagagagagagagagagagagagagagagatgctttTCACAATCATTTTCACACTCTCACTCAATAATGCACTCAGATATCATTCACTGCATTTACTCTATTCTAAGggaagtggttgcaaacaaattaaatgttgaAATGTTCAGCTTAAATTCAGCCCGTATTAATTGTTTGCGtgcatttaccttaaaataatagagtaaatataattatatatataatataattcatttgTTTAAGCTTTGTGCAAAATCTGTCAGTTTTTCAGAAGGTATGCTTTTACCGCACAGGTGAACTAtaatacacttttgtactttaaaCGATCACTTTTATACCTTTCTGATGCTAATATCTACTGTTAGGAAGATAGGAATATAAATGTACCATAGGAACCTGTTTTTCTGTGAGTGTGTAGATCAACGGGTTTATGCTTTACAGACAGAATTTTCATGACATTTTGagctttcattattattattattattattattattattattatttaaaaccttttctaTCCTGCTGCCTTAATTTCTTCAAGTTGAACACAAGTTAAACtgagtaaaaataattaagttaaacattgcaCTAAGATTTCCTATCATGACTTTATTTTTAACCGTTATTTTCTTTGTTATATCACAATCTCCACTGCGCTGAAAAGTCTTGCTGCCTTAATTATTTTTAGTTGAACATCAGTCAAATTGActttaaatattaagttaaacgtGCTGCAAATTTCTGTTGAAATCTTCTTAAAACAGctttaagtaaatatttaaaagatttgCTGTCTTGTTGCCTTTTTCTTTAGTCATGTTAATTTGCTGTCATGGCTTGTTATTAAACTTTATCTTTTTTGCAGAGAAAATTTTTGCTgccttaatattttagtcagttggACCGATGTTCAACTAAAAACATTCAAGTTAAACTTTGCAAATAAAAATAgctcaaattttaagttaaattaatcttAAAAAGATTTGCTATCAtgacttttaatattttaaactttcCTTTTTTGTTGATCGCAATCTACACTGCGCtgaaaagtcttgttgccttaatatgtttatttaaacatcAGTCAAATTGACTAAATATTGCTGCAAATTTTAGTTGAAATCTTCTTAAAACAAGTTGAAGTAAAAATTTAAAAGATTTGCTGTCGTGTTGCCTTATTCTTAAGTTATATTAATTTGCTGTCATGGCTTGTTGTTAAACCTTATCTTGTTTGCTAGATCACAGCCTACTCTGTAAAGAAATTATATGCtgccttaacatttttttaaagttgaacaTGAGTCAAGCTGACTAAATATAATGAGGCTAAACTTTGCAATATGATGTGCTATTGtgactttaatatttttttattgtagatCAAGATCTACACTGTACACAAAAGTCTTGCTGCCTTAAtagtttagtcagtttgactgatgttcaacttaaaaacattaagttaaactttgcaaatgaaaaaatgtttgatttaattttaaaatatgttaaattaatattaaaattaaggtTTGCTATCATGACTTTGACTCTTTCACCTTTATTTTCTTTGTTAGACCACAATCTACACTGCGCTGAAAAGTCTTGCTGCCTTAATATTTTTAGATGAACATCAGTCAGATTCACTTAAAATATTGAGTTAAACTTGCTGCGAATTTTAGTTGAAATCTTCCTAAAACAAgataaagtaaatattaaatgGGTTGCTTGatttattagtaatattagttTCCTGTCATGATTTATTAAACCTTATCTTTTTTGCTAACCACAATCTACACTGCACAGAAAAGTCAAActgcattaatatttttattcaatttgacTGATGTTCaactaaaaataaagttaaacttGCTGccaatttcaaaataaattattttaaatcttcttaaagttaaagtaaatatttaaaagatatgCTGTCTTGTCGCcttatttcttttgtttaaaattaaaccaAGTAGTATTAATTTGCTGTCATGACGTTGATTTGGTCATATCATTTTCTTGTTAGTTAACcttatctttttttgtttaatcccagcctacattgtaaagaaaaatgtcatccacttaatatttttagtcattttgacTGTCATAAAAGTTGCATTATGTTAAACtttgcaaatttaaataaaagtagcTTAAAtcttaaagtaatatttaaaaaagagttgTTATCATGACTTTATTTCGaaaccttttgtttctttgttaagGAGTAGTCTTACTGCCTTAAGTATTGTTAGATGGACATCAGTCAAACTGAATAAAATCTGCAActttcaataaatattttaattgaagtcttcttaaaacaagttaaagtaatatttaaatgaTTCGCTGTTTGGTTGCCTTGTTTATTTGGTAAAATAACACAAGTAGTATTAATTTGCTGTCATGACTTTTTTGGTCGTATCATTTTCTTGTTATCTTTTTGTTAGATCACGACCTACTCTGTACAGAAAAGTCTTGTTGACTTAATGTTTTTAGTCTGTTTGACTAGGgttcaacaaaaaatatataaattaagtcaataaaaaaaaggttaaaaaataaagtcatgatagcagtttttaaaatattatttgcatagTTTAACTTATATTTTTATCTGAATGTtcgattcatctttatttctatagcgctttcacaatgtagattgcatCAAAGCAGCTTAAGTTCTGGTAAATTTCAACCGCGCCAGTCCAGTTTGCATCTAAACATCTAAAAATATTGagttaaacttaaataaaaataaaataaaacaaagttgaAATATAATTAACTTctttaaataagttaaagcacTATTTGAAATAGCATGCTATCAGATATACCGGAatagtattgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttttgtcatcCATAATGGCTCTTTGGAAatgtaaaagtttgtttttattcaCTAAAAAATGATATGACAAAAAAGTCATGATATTACTTTATTCTTTAAAAGAACTattcaatttaaatattaaatcttGTTAAATGTATCTTCTAAATATGATATTTAGTTGATCTTTTGAAGGCAAactgctgcactgtaaaaagcaattaattACTTTACCTAAAAATAAAAGTGAGTGActataaattaagtaaataagcTTAAAAGTCTActtaatagttattttaaaaggtaaagtaatattaaatttttcagtcatattattttattcagtgtATAAAAACTGCAGTTTTTTTCTTCCTAAGAGCCGTTTAGGATGACAAAATAcctctaaaaataatgtttttagcttttattatatatatattttattattatatgcgtgttaatatttataaatgttgtttttattattttattttaattagatcACAACCTACATTGTCAGGAAAATAATGTTGTATTCATTGAACTTCAGTCTGACTAAATCTGATTTCCAAATGTTAAGTTCAACTTTGTgcaactttaacttattttaagagTTTAATCCGATTTCATCAAAAGACAATCTAgttaacattaaaaacatttgtaatcATGACTTTTTATCGCAGCTTTTTTTGTAGtgtataaaaaatacttttttttttccagagattAATTTTAGATGTcaaaaaaattcagtttttgagaaaatgctattttagcttctttttttagcaaaaaattattaaatctttGTGCTTGTCGTCACTTTTTAAACATCTATCTATAAACTtaagtcttttaaaaacaaattaatgcaATGTAAAAGCATTTAGTTGagttaaaaacaaaagcaagtCTTCAAATTATTcaatgaactatgtgcataattaaaaaagaactattaactttcatttttataagtgactaattgctttttacagtgtgcatgGATATTATATACGAGTTTCTGTTTCATTTAATCTCAGAAAGTCAGTAGATTTTGAACACAGCTAACGACTTTAAAACCTCTAGAGTGAGCTGTAAAAGCATCAGCGCCACTCTGGGGTTAAAAACCTCATTAAAATGCCACAAATCGTACTCTGTTTTCTGCACACCTCCACCTTTCACTGGCCCCAAAGGGTGCACTTTGTtgaaaataaatctatatataatgATAAAGTCAAATGCGCAGCTAGTCTGACGGTAATAAATCTAACGCAGTAACCTAATGGCAGGTTCACGGTTTCACAGTGCATTTACCAGTCTGGCTCAAAATCAGCCACAGATGAAGACAGAAACATTAGAGttactttaaatatatttccCATGCGCTGTTTCACAGATGCATAAATGTAACTTCTAAAAACGAATGTCTCTTGATTATATTTATTAGTAATTTTGCAAATTcttcagcttaaagggacatttgaaggcttaattaTGCAAGATATCA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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00036329 lncRNA downstream 368910 53422150 ~ 53435452 (-) True XLOC_018503
TCONS_00036522 lncRNA downstream 511847 53287873 ~ 53292515 (-) True XLOC_018501
TCONS_00037012 lncRNA downstream 809023 52973860 ~ 52995339 (-) False XLOC_018498
TCONS_00036521 lncRNA downstream 809023 52973860 ~ 52995339 (-) True XLOC_018498
TCONS_00037011 lncRNA downstream 984746 52818807 ~ 52819616 (-) True XLOC_018491
TCONS_00036335 lncRNA upstream 163383 53974052 ~ 53975812 (-) True XLOC_018507
TCONS_00036523 lncRNA upstream 235509 54046178 ~ 54046733 (-) True XLOC_018510
TCONS_00037015 lncRNA upstream 239763 54050432 ~ 54051494 (-) True XLOC_018511
TCONS_00037016 lncRNA upstream 338528 54149197 ~ 54154194 (-) False XLOC_018513
TCONS_00037017 lncRNA upstream 341754 54152423 ~ 54154203 (-) False XLOC_018513
TCONS_00036331 mRNA downstream 179698 53606783 ~ 53624664 (-) True XLOC_018504
TCONS_00036330 mRNA downstream 179717 53600638 ~ 53624645 (-) False XLOC_018504
TCONS_00036328 mRNA downstream 368879 53414775 ~ 53435483 (-) False XLOC_018503
TCONS_00036325 mRNA downstream 438225 53306742 ~ 53366137 (-) True XLOC_018502
TCONS_00036322 mRNA downstream 482863 53300588 ~ 53321499 (-) False XLOC_018502
TCONS_00036332 mRNA upstream 87524 53898193 ~ 53963515 (-) False XLOC_018506
TCONS_00036333 mRNA upstream 102189 53912858 ~ 53949798 (-) True XLOC_018506
TCONS_00036334 mRNA upstream 156681 53967350 ~ 53981626 (-) False XLOC_018507
TCONS_00036336 mRNA upstream 171648 53982317 ~ 53996193 (-) False XLOC_018508
TCONS_00036337 mRNA upstream 171657 53982326 ~ 53992952 (-) False XLOC_018508
TCONS_00036326 other downstream 368886 53408284 ~ 53435476 (-) False XLOC_018503
TCONS_00036327 other downstream 368969 53408579 ~ 53435393 (-) False XLOC_018503
TCONS_00036312 other downstream 977236 52827010 ~ 52827126 (-) True XLOC_018493
TCONS_00036308 other downstream 1113358 52686229 ~ 52691004 (-) False XLOC_018489
TCONS_00036307 other downstream 1113358 52686229 ~ 52691004 (-) True XLOC_018489
TCONS_00036338 other upstream 185501 53996170 ~ 54012043 (-) True XLOC_018508
TCONS_00036341 other upstream 202755 54013424 ~ 54034543 (-) True XLOC_018509

Expression Profile

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