RNA id: TCONS_00043306


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00043306
length 309
RNA type mRNA
GC content 0.31
exon number 25
gene id XLOC_021842
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 35402697 ~ 35498518 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

gcacttctaTATAAACTCATGTCcaaaatttgcattaaaataggtgaattgggtaagataatactTGAAAATGACATAAACATTCCCTGTAGATTAAATTCAATTATTAATAACCAATcgaaaaataacaatttaagattccCAAACCAGATAGgAAATGGTCAGatggatttagctgTTTTGCCCTTGTATatgcaaacaTTAATCATTTATGAATTTACCCATGGATTCGACAAgataaatttgaagcaagttagGCCGACCTTAGaatacatttctgaagataaacatGTCTGGAAGAAGCTGTGT

Function

GO:

id name namespace
GO:0007283 spermatogenesis biological_process
GO:0005829 cytosol cellular_component
GO:0005634 nucleus cellular_component

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000180944

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00044865 lncRNA upstream 34616 35403886 ~ 35416434 (+) False XLOC_021842
TCONS_00044864 lncRNA upstream 35513 35403886 ~ 35415537 (+) False XLOC_021842
TCONS_00043303 lncRNA upstream 41411 35403904 ~ 35409639 (+) False XLOC_021842
TCONS_00043301 lncRNA upstream 242664 35195740 ~ 35208386 (+) True XLOC_021841
TCONS_00044861 lncRNA upstream 463687 34849872 ~ 34987363 (+) True XLOC_021838
TCONS_00044678 lncRNA downstream 58914 35557190 ~ 35560512 (+) True XLOC_021845
TCONS_00043310 lncRNA downstream 152531 35650807 ~ 35661553 (+) True XLOC_021846
TCONS_00044869 lncRNA downstream 195996 35694272 ~ 35702721 (+) False XLOC_021848
TCONS_00044679 lncRNA downstream 197616 35695892 ~ 35699473 (+) True XLOC_021848
TCONS_00044870 lncRNA downstream 225162 35723438 ~ 35727522 (+) False XLOC_021851
TCONS_00043300 mRNA upstream 425933 34990693 ~ 35025117 (+) True XLOC_021840
TCONS_00043298 mRNA upstream 697239 34321237 ~ 34753811 (+) True XLOC_021836
TCONS_00043292 mRNA upstream 1266031 34047413 ~ 34185019 (+) False XLOC_021835
TCONS_00043295 mRNA upstream 1266321 34047533 ~ 34184729 (+) False XLOC_021835
TCONS_00043294 mRNA upstream 1340384 34047438 ~ 34110666 (+) False XLOC_021835
TCONS_00043307 mRNA downstream 6548 35504824 ~ 35537727 (+) False XLOC_021844
TCONS_00043308 mRNA downstream 6559 35504835 ~ 35537363 (+) True XLOC_021844
TCONS_00043309 mRNA downstream 152495 35650771 ~ 35664505 (+) False XLOC_021846
TCONS_00043311 mRNA downstream 174266 35672542 ~ 35690336 (+) False XLOC_021847
TCONS_00043312 mRNA downstream 186480 35684756 ~ 35690182 (+) True XLOC_021847
TCONS_00043297 other upstream 1266036 34053506 ~ 34185014 (+) True XLOC_021835
TCONS_00043296 other upstream 1266041 34047563 ~ 34185009 (+) False XLOC_021835
TCONS_00043293 other upstream 1397341 34047416 ~ 34053709 (+) False XLOC_021835
TCONS_00043288 other upstream 1448177 34002757 ~ 34002873 (+) True XLOC_021833
TCONS_00043276 other upstream 1620860 33828665 ~ 33830190 (+) True XLOC_021826
TCONS_00043331 other downstream 589815 36088091 ~ 36088196 (+) True XLOC_021861
TCONS_00043339 other downstream 631725 36130001 ~ 36130092 (+) True XLOC_021866
TCONS_00043345 other downstream 809385 36307661 ~ 36310418 (+) False XLOC_021870
TCONS_00043352 other downstream 992838 36491114 ~ 36491234 (+) True XLOC_021877
TCONS_00043358 other downstream 1291947 36790223 ~ 36790332 (+) True XLOC_021884