RNA id: TCONS_00044869


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00044869
length 8450
lncRNA type antisense_over
GC content 0.34
exon number 1
gene id XLOC_021848
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 35694272 ~ 35702721 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

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Function

GO:

id name namespace
GO:0048666 neuron development biological_process
GO:0097060 synaptic membrane cellular_component
GO:0098590 plasma membrane region cellular_component
GO:0097458 obsolete neuron part cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00043310 lncRNA upstream 32719 35650807 ~ 35661553 (+) True XLOC_021846
TCONS_00044678 lncRNA upstream 133760 35557190 ~ 35560512 (+) True XLOC_021845
TCONS_00044867 lncRNA upstream 195754 35487954 ~ 35498518 (+) False XLOC_021842
TCONS_00044868 lncRNA upstream 196107 35489518 ~ 35498165 (+) True XLOC_021842
TCONS_00044866 lncRNA upstream 206697 35484894 ~ 35487575 (+) True XLOC_021843
TCONS_00044870 lncRNA downstream 20717 35723438 ~ 35727522 (+) False XLOC_021851
TCONS_00044871 lncRNA downstream 20721 35723442 ~ 35727522 (+) True XLOC_021851
TCONS_00044872 lncRNA downstream 26534 35729255 ~ 35730062 (+) True XLOC_021852
TCONS_00043317 lncRNA downstream 88087 35790808 ~ 35798279 (+) True XLOC_021854
TCONS_00043323 lncRNA downstream 266708 35969429 ~ 35969745 (+) False XLOC_021856
TCONS_00043311 mRNA upstream 3936 35672542 ~ 35690336 (+) False XLOC_021847
TCONS_00043312 mRNA upstream 4090 35684756 ~ 35690182 (+) True XLOC_021847
TCONS_00043309 mRNA upstream 29767 35650771 ~ 35664505 (+) False XLOC_021846
TCONS_00043307 mRNA upstream 156545 35504824 ~ 35537727 (+) False XLOC_021844
TCONS_00043308 mRNA upstream 156909 35504835 ~ 35537363 (+) True XLOC_021844
TCONS_00043313 mRNA downstream 6009 35708730 ~ 35711398 (+) True XLOC_021849
TCONS_00043314 mRNA downstream 10836 35713557 ~ 35716519 (+) False XLOC_021850
TCONS_00043315 mRNA downstream 11853 35714574 ~ 35716392 (+) True XLOC_021850
TCONS_00043316 mRNA downstream 57122 35759843 ~ 35782365 (+) True XLOC_021853
TCONS_00043318 mRNA downstream 144479 35847200 ~ 35951653 (+) False XLOC_021855
TCONS_00043305 other upstream 224413 35426577 ~ 35469859 (+) False XLOC_021842
TCONS_00043302 other upstream 233263 35402697 ~ 35461009 (+) False XLOC_021842
TCONS_00043297 other upstream 1509258 34053506 ~ 34185014 (+) True XLOC_021835
TCONS_00043296 other upstream 1509263 34047563 ~ 34185009 (+) False XLOC_021835
TCONS_00043293 other upstream 1640563 34047416 ~ 34053709 (+) False XLOC_021835
TCONS_00043331 other downstream 385370 36088091 ~ 36088196 (+) True XLOC_021861
TCONS_00043339 other downstream 427280 36130001 ~ 36130092 (+) True XLOC_021866
TCONS_00043345 other downstream 604940 36307661 ~ 36310418 (+) False XLOC_021870
TCONS_00043352 other downstream 788393 36491114 ~ 36491234 (+) True XLOC_021877
TCONS_00043358 other downstream 1087502 36790223 ~ 36790332 (+) True XLOC_021884

Expression Profile

//