RNA id: TCONS_00044679


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00044679
length 3439
lncRNA type inter_gene
GC content 0.36
exon number 2
gene id XLOC_021848
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 35694272 ~ 35702721 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TATTGTGAGAAGCGCTATACAAATTCAATTGAATAATAAAGATGACCATTGTGTATATGATTAATATTGTAAATCATACTGTAAATTCTTGCTAGGTTCCCACAAATGGCACAGCCATGTTAATTATTGTATTGCAATACCTCTGACTTGCCATTAGAGGCAGTAGTCTTGCATCACATTTTTTAGTCATATTAGATACTGTTTCTGACTATTAAGCTAAAGACATGGTTGAGAATTAAAGTGAAAAAGTTCAATTCAAACCTTATTGTTAACAGGGAGTTTGTGAGCAGTGCACTTTAAAGTAAATCTGTGGAGACAGTCACACAGATGCTATCAGACCAGCCCTAGTGTTGCATGGTACCATGAACCCTCCCACTGTCCTGCGTGCAGTCTCTCCTCCCTCCGTGTCCTAGATTTTGTTGAAATGATGTCATCGCATTTGTCACGTGATGGACTTGACATTTTTTCCCTTCTTGCCCTGTCAGTGTCAGTCCTCTGTTCGCAGCTGAAACTGGGCTTCTGCAAAACTGGaagcctgtttgtgtgtgtgtttaaacataCCCATGACTGCACATTCCTAATTGCAGGGTCTGGACGTCTGAGCACAAGGATCGGTTTGAACCTCCCACTTATTTCTCCAGCTCAGCCATCACTGCTATTTCAGGCATGTGCAGACAACATGGAAAAAGTCCATCGGAAGTGTCTCATTGGCTGGGATACTGCAGGGAATGTTCACAGCTGCTGCTATGAGAATAGGACTGGAGGGATGGGGTCTGTGTGCAGTTGCCAGTGGTGAGCAAACTTTCAACATAAACCACTGAACCTATTTGGTGTCCTGCCACAGACTGTGTGTACTTGATGTCAGTCTGTAACTCATATTAAATGAGTAatggcctttaaaaaaaaaaaaaaaatgttaaatgcttGCAGGTCTctgaacatacagttgaagtcagaattattagccccccctttaaatttttttatttattttttaagtatttcccaaatgatgtttaacagtgaggacattttcatagtgtgtctgataatattttttcttctggagaaagtcttatttgttttatttagactagaataaaagcagtttttaattttttaaaagccattttaaggtcaatattatttgcccctttaacctatatttgtttttaagagtctacagatcaaaccatcgttatacaataactttcctaattaccttaacctgcctagttaacctaaataaactagttaagcctttaaatgtcactttaagctgtatagaagtgtcttgaaaatatctagtaaaatattatttactgtcatcatggcaaagataaaataaatcagttattagagataggttaataaaactattaagtttagaaatgtgttaaaaaaatcttctcttcgttaaacaaaaattagggaaaaaataaacagtgcggctaataattcagggggggctaataattctgacttcaactgtatagaccAAATTGCTCTTTTAATAGACTGCTTTTGCTGTTTTATGAAGCTTGTGGACCTTTTAATGGGTTAGATGACAGTTCTGTTATCAATTCCTAACCCTCGTGTCTTTTCAATTCCctgagaacacaaattaagatattttggataTCATCTGAGAGCTCTCtatttgaaatgacatgagggtaTTTAATAACAGActtgtaattttgggtgaactaaccctttaactttTCTCCTCAATTAAGAGGCAGTGCTTCCCTGCCATTGGTAAGTTTTTATTGCAATCCATATTTTAGGTCTATCGTAGTGTGGCAAGTCCTAGCCCATGTCCTGAATGAGTTATGAGACCTCAGGGTCTCCTGTGTGCAAAATATAAGAAATCCAGTGCACGTGTAGATCAGATTGCATCTAAAAATGAAGAGAACAAATTTCCTTTGGTATACTTCCTTGTTTATCAGAGTTCACCAGAGCAAAACGATCAATTTCCATTGATTTGTTTGAAGTTATAAATGTTTATGTGTATTATGCAGTGTTAGGGAAAGATACTTTatgaagtaatgcattacaatattgagttactcttcAAAAcagtaactagttgtgttactttttatggaatgTAATGCATCATGTTACTTTTGCGGTACTTTTTccgaccttgtttttttttttttcttgtttttttaacagaagagctctgcaattaacaacacactgtatgacctttatttacctttaaaaaacacatcaaataaaaataatataaaatatgttatcttctgagaacttcctgagcccagagctctacatgccgtatatacagattaaagcaatgtgtttgatgCAATGTTTCTCTGATTAATGAAGTAAAGTGTACATGTAAACAATCCTCTTCTACTTTTTTCCCATGCATtaagaataataagaatacttCCAGTGCTAaaaaatgtaaggctctgccatcttgatttctgtttgtttatgcaGGGAGAAAATTCTCTCATTGAGTGCAGGATACAATTACAGTCCTTTAAGGGAAGTCATTTCACTCTGCAGCCATCTTTAAAACGCCCCTTGGATAGTGTGCTCGGGCATTCTGCCTGAATGGGGAAgcatcaaattctctaaaactaTTGGCCAAGCGTacaattgaatttcatattagtaatcgccaataaaactaaacaacaactgtctcataagttttgtttctaaatgtttgaattacacaaaatctgcagaaactcacgtttggtccaagcccctcccccggagtaatgtcagtctatagcaatcaatgattggctTTTGTACTAGAAgccgggctttattcgccatattgacagttacgcTTGGTTGCTGCAAGATTGGACAGGGttgcggccagaagttaacaagaattatttatattatttattaaatttcccataatttgtattttattaacgtctacccccactccaaccctaaacccaatcatctcATTAACgtaaaaaacagtagttgtactgagtattatttatgttatctattaaattacccaatgaatagtattttttaacgcctacccccaccccaaccctaaacccaaccgtcacagtactataaaaatattaattatggttgtagtgtcataaaaaatgctgctatattaatgtgcttatcgcacttccggccggccatGTATCCAATCTAGAGTTCACCCCATTACACTTTTTTCCATTCAAAACAATACAAGTGACACATCTGTAGCGCATTCTATAGTGTATAGCATtctatttcttgtttaaaaaaagtaactcaaatattattacttattttttttaaagtaatgcgttactttactcattacaagcaaaactaatattattacgtaacttgcgttatttgtaatgcgttacccccaacactagTATTATGCACATGCAAACATGCggccacagac

Function

GO:

id name namespace
GO:0048666 neuron development biological_process
GO:0097060 synaptic membrane cellular_component
GO:0098590 plasma membrane region cellular_component
GO:0097458 obsolete neuron part cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00043310 lncRNA upstream 34339 35650807 ~ 35661553 (+) True XLOC_021846
TCONS_00044678 lncRNA upstream 135380 35557190 ~ 35560512 (+) True XLOC_021845
TCONS_00044867 lncRNA upstream 197374 35487954 ~ 35498518 (+) False XLOC_021842
TCONS_00044868 lncRNA upstream 197727 35489518 ~ 35498165 (+) True XLOC_021842
TCONS_00044866 lncRNA upstream 208317 35484894 ~ 35487575 (+) True XLOC_021843
TCONS_00044870 lncRNA downstream 23965 35723438 ~ 35727522 (+) False XLOC_021851
TCONS_00044871 lncRNA downstream 23969 35723442 ~ 35727522 (+) True XLOC_021851
TCONS_00044872 lncRNA downstream 29782 35729255 ~ 35730062 (+) True XLOC_021852
TCONS_00043317 lncRNA downstream 91335 35790808 ~ 35798279 (+) True XLOC_021854
TCONS_00043323 lncRNA downstream 269956 35969429 ~ 35969745 (+) False XLOC_021856
TCONS_00043311 mRNA upstream 5556 35672542 ~ 35690336 (+) False XLOC_021847
TCONS_00043312 mRNA upstream 5710 35684756 ~ 35690182 (+) True XLOC_021847
TCONS_00043309 mRNA upstream 31387 35650771 ~ 35664505 (+) False XLOC_021846
TCONS_00043307 mRNA upstream 158165 35504824 ~ 35537727 (+) False XLOC_021844
TCONS_00043308 mRNA upstream 158529 35504835 ~ 35537363 (+) True XLOC_021844
TCONS_00043313 mRNA downstream 9257 35708730 ~ 35711398 (+) True XLOC_021849
TCONS_00043314 mRNA downstream 14084 35713557 ~ 35716519 (+) False XLOC_021850
TCONS_00043315 mRNA downstream 15101 35714574 ~ 35716392 (+) True XLOC_021850
TCONS_00043316 mRNA downstream 60370 35759843 ~ 35782365 (+) True XLOC_021853
TCONS_00043318 mRNA downstream 147727 35847200 ~ 35951653 (+) False XLOC_021855
TCONS_00043305 other upstream 226033 35426577 ~ 35469859 (+) False XLOC_021842
TCONS_00043302 other upstream 234883 35402697 ~ 35461009 (+) False XLOC_021842
TCONS_00043297 other upstream 1510878 34053506 ~ 34185014 (+) True XLOC_021835
TCONS_00043296 other upstream 1510883 34047563 ~ 34185009 (+) False XLOC_021835
TCONS_00043293 other upstream 1642183 34047416 ~ 34053709 (+) False XLOC_021835
TCONS_00043331 other downstream 388618 36088091 ~ 36088196 (+) True XLOC_021861
TCONS_00043339 other downstream 430528 36130001 ~ 36130092 (+) True XLOC_021866
TCONS_00043345 other downstream 608188 36307661 ~ 36310418 (+) False XLOC_021870
TCONS_00043352 other downstream 791641 36491114 ~ 36491234 (+) True XLOC_021877
TCONS_00043358 other downstream 1090750 36790223 ~ 36790332 (+) True XLOC_021884

Expression Profile

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