RNA id: TCONS_00044870


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00044870
length 390
lncRNA type antisense_over
GC content 0.50
exon number 4
gene id XLOC_021851
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 35723438 ~ 35727522 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

taaactctccaggatCGAACTTGGACACACCTGGTTTAGAGAGTTGAACTTGTAGTTAAAAAGTCACTGGCAGGGATTGTACATGAAGGGAGTGAATGACCAGCACTCTCTTTCACTTTCAGTAACAAGACTGAGGAACAGCCCATCAGTAGGCTCAGTGTGCCACAAGAGGACGCTGTGATGCAATATGATACTGAATTTCTGACGGACCTCATGTGGCTCTCTGAAGGTGTGGCTGCTTTGGGCGAAAGCTTGGGTGCAGGACGTGGTGGTTCTTCTTCATCATTGGGAAGGATGAGAGCTTTGATTTCCATGTCTGAACCCTGCTCCACTTTGGCACTCTGGCGGCTAGGGGTGCGAGATGGGACCTTGCTACTTGGGGCAGAGTGT

Function

GO:

id name namespace
GO:0050728 negative regulation of inflammatory response biological_process
GO:0030140 trans-Golgi network transport vesicle cellular_component
GO:0005794 Golgi apparatus cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00044869 lncRNA upstream 20717 35694272 ~ 35702721 (+) False XLOC_021848
TCONS_00044679 lncRNA upstream 23965 35695892 ~ 35699473 (+) True XLOC_021848
TCONS_00043310 lncRNA upstream 61885 35650807 ~ 35661553 (+) True XLOC_021846
TCONS_00044678 lncRNA upstream 162926 35557190 ~ 35560512 (+) True XLOC_021845
TCONS_00044867 lncRNA upstream 224920 35487954 ~ 35498518 (+) False XLOC_021842
TCONS_00044872 lncRNA downstream 1733 35729255 ~ 35730062 (+) True XLOC_021852
TCONS_00043317 lncRNA downstream 63286 35790808 ~ 35798279 (+) True XLOC_021854
TCONS_00043323 lncRNA downstream 241907 35969429 ~ 35969745 (+) False XLOC_021856
TCONS_00043335 lncRNA downstream 381931 36109453 ~ 36145326 (+) False XLOC_021860
TCONS_00043342 lncRNA downstream 422908 36150430 ~ 36154411 (+) True XLOC_021868
TCONS_00043314 mRNA upstream 6919 35713557 ~ 35716519 (+) False XLOC_021850
TCONS_00043315 mRNA upstream 7046 35714574 ~ 35716392 (+) True XLOC_021850
TCONS_00043313 mRNA upstream 12040 35708730 ~ 35711398 (+) True XLOC_021849
TCONS_00043311 mRNA upstream 33102 35672542 ~ 35690336 (+) False XLOC_021847
TCONS_00043312 mRNA upstream 33256 35684756 ~ 35690182 (+) True XLOC_021847
TCONS_00043316 mRNA downstream 32321 35759843 ~ 35782365 (+) True XLOC_021853
TCONS_00043318 mRNA downstream 119678 35847200 ~ 35951653 (+) False XLOC_021855
TCONS_00043319 mRNA downstream 120016 35847538 ~ 35951653 (+) False XLOC_021855
TCONS_00043320 mRNA downstream 191008 35918530 ~ 35963735 (+) True XLOC_021855
TCONS_00043322 mRNA downstream 241706 35969228 ~ 36086366 (+) False XLOC_021856
TCONS_00043305 other upstream 253579 35426577 ~ 35469859 (+) False XLOC_021842
TCONS_00043302 other upstream 262429 35402697 ~ 35461009 (+) False XLOC_021842
TCONS_00043297 other upstream 1538424 34053506 ~ 34185014 (+) True XLOC_021835
TCONS_00043296 other upstream 1538429 34047563 ~ 34185009 (+) False XLOC_021835
TCONS_00043293 other upstream 1669729 34047416 ~ 34053709 (+) False XLOC_021835
TCONS_00043331 other downstream 360569 36088091 ~ 36088196 (+) True XLOC_021861
TCONS_00043339 other downstream 402479 36130001 ~ 36130092 (+) True XLOC_021866
TCONS_00043345 other downstream 580139 36307661 ~ 36310418 (+) False XLOC_021870
TCONS_00043352 other downstream 763592 36491114 ~ 36491234 (+) True XLOC_021877
TCONS_00043358 other downstream 1062701 36790223 ~ 36790332 (+) True XLOC_021884

Expression Profile

//