RNA id: TCONS_00044687


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00044687
length 376
lncRNA type sense_over
GC content 0.34
exon number 1
gene id XLOC_021896
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 37458602 ~ 37466323 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TTGATCTCTCTGCATCTGTCTTTTCCAGTTTGGCTCACAGTGGGACGTTTACTTGTCAAAAACTGATGGATCGTTCAAACAAATGACAGTGGAGGAGCTTCTGCCATGTTCATTTGGCCCAGATGACCTGAGAGCAAGAGAAAACCCTTAAAAtgttacaataatatttaatgaatgcataaactaataaataattaccATCTTCTGAAGTGTAGTCAGGTTAATAATtgacttaaaggtgctgtatgtaagtttttgactcttctgaagcataaaaataccatgtttgtttatatttaagaaatatgctaagtgaacattcttgtttatctgaaaaacaatgctgaagtcagatattctgcttgaaaatgtgcat

Function

GO:

id name namespace
GO:0009972 cytidine deamination biological_process
GO:0005829 cytosol cellular_component
GO:0046872 metal ion binding molecular_function
GO:0016787 hydrolase activity molecular_function
GO:0008270 zinc ion binding molecular_function
GO:0003824 catalytic activity molecular_function
GO:0004126 cytidine deaminase activity molecular_function

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00043364 lncRNA upstream 31142 37227206 ~ 37433229 (+) False XLOC_021891
TCONS_00044880 lncRNA upstream 31142 37227218 ~ 37433229 (+) False XLOC_021891
TCONS_00044881 lncRNA upstream 31142 37227224 ~ 37433229 (+) False XLOC_021891
TCONS_00044882 lncRNA upstream 31142 37227593 ~ 37433229 (+) False XLOC_021891
TCONS_00044886 lncRNA upstream 31142 37293522 ~ 37433229 (+) False XLOC_021891
TCONS_00044889 lncRNA downstream 60144 37524890 ~ 37546006 (+) True XLOC_021900
TCONS_00044890 lncRNA downstream 114365 37579111 ~ 37582640 (+) False XLOC_021901
TCONS_00044688 lncRNA downstream 114369 37579115 ~ 37610542 (+) True XLOC_021901
TCONS_00044891 lncRNA downstream 195932 37660678 ~ 37661442 (+) True XLOC_021902
TCONS_00044892 lncRNA downstream 257705 37722451 ~ 37724792 (+) True XLOC_021903
TCONS_00043369 mRNA upstream 10387 37444933 ~ 37453984 (+) True XLOC_021895
TCONS_00043365 mRNA upstream 138410 37323962 ~ 37325961 (+) True XLOC_021893
TCONS_00043363 mRNA upstream 265481 37185247 ~ 37198890 (+) True XLOC_021890
TCONS_00043362 mRNA upstream 370166 37090889 ~ 37094205 (+) True XLOC_021888
TCONS_00043360 mRNA upstream 374190 37086159 ~ 37090181 (+) False XLOC_021888
TCONS_00043371 mRNA downstream 2221 37466967 ~ 37480785 (+) True XLOC_021897
TCONS_00043372 mRNA downstream 17981 37482727 ~ 37490249 (+) True XLOC_021898
TCONS_00043374 mRNA downstream 114361 37579107 ~ 37720166 (+) False XLOC_021901
TCONS_00043377 mRNA downstream 350899 37815645 ~ 37816969 (+) True XLOC_021905
TCONS_00043379 mRNA downstream 490295 37955041 ~ 37974323 (+) True XLOC_021908
TCONS_00043368 other upstream 25421 37438834 ~ 37438950 (+) True XLOC_021894
TCONS_00043361 other upstream 371248 37086165 ~ 37093123 (+) False XLOC_021888
TCONS_00043358 other upstream 674039 36790223 ~ 36790332 (+) True XLOC_021884
TCONS_00043352 other upstream 973137 36491114 ~ 36491234 (+) True XLOC_021877
TCONS_00043345 other upstream 1153953 36307661 ~ 36310418 (+) False XLOC_021870
TCONS_00043373 other downstream 27989 37492735 ~ 37492851 (+) True XLOC_021899
TCONS_00043375 other downstream 274117 37738863 ~ 37798412 (+) False XLOC_021904
TCONS_00043376 other downstream 285588 37750334 ~ 37768156 (+) True XLOC_021904
TCONS_00043378 other downstream 387084 37851830 ~ 37854622 (+) True XLOC_021906
TCONS_00043382 other downstream 627259 38092005 ~ 38094560 (+) False XLOC_021909

Expression Profile

//