RNA id: TCONS_00044889


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00044889
length 216
lncRNA type read_through
GC content 0.39
exon number 2
gene id XLOC_021900
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 37524890 ~ 37546006 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CAGCAAATCGTCCTGTtcaaaaaatgtgtaaactgCAGATGCCGCATCCGTGAACACTTCCAAAAAACATAAGGATGATGTTATATTACACACAAGCAATAGAGCTGTTAAAATACGCTGCGCTTTCATTGTTAAAGCAAATCATCCAGGTTTCTTCTTGTGTTTCGTTTCTGGTAATGTGCACTCCTTTAGCAATAAGCTGACATGGCAAACTGC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00044687 lncRNA upstream 60144 37464371 ~ 37464746 (+) True XLOC_021896
TCONS_00044887 lncRNA upstream 91661 37361258 ~ 37433229 (+) False XLOC_021891
TCONS_00044890 lncRNA downstream 33105 37579111 ~ 37582640 (+) False XLOC_021901
TCONS_00044688 lncRNA downstream 33109 37579115 ~ 37610542 (+) True XLOC_021901
TCONS_00044891 lncRNA downstream 114672 37660678 ~ 37661442 (+) True XLOC_021902
TCONS_00044892 lncRNA downstream 176445 37722451 ~ 37724792 (+) True XLOC_021903
TCONS_00044689 lncRNA downstream 192697 37738703 ~ 37789422 (+) False XLOC_021904
TCONS_00043372 mRNA upstream 34641 37482727 ~ 37490249 (+) True XLOC_021898
TCONS_00043371 mRNA upstream 44105 37466967 ~ 37480785 (+) True XLOC_021897
TCONS_00043370 mRNA upstream 58567 37458602 ~ 37466323 (+) False XLOC_021896
TCONS_00043369 mRNA upstream 70906 37444933 ~ 37453984 (+) True XLOC_021895
TCONS_00043365 mRNA upstream 198929 37323962 ~ 37325961 (+) True XLOC_021893
TCONS_00043374 mRNA downstream 33101 37579107 ~ 37720166 (+) False XLOC_021901
TCONS_00043377 mRNA downstream 269639 37815645 ~ 37816969 (+) True XLOC_021905
TCONS_00043379 mRNA downstream 409035 37955041 ~ 37974323 (+) True XLOC_021908
TCONS_00043385 mRNA downstream 613709 38159715 ~ 38182757 (+) False XLOC_021910
TCONS_00043386 mRNA downstream 625180 38171186 ~ 38181593 (+) True XLOC_021910
TCONS_00043373 other upstream 32039 37492735 ~ 37492851 (+) True XLOC_021899
TCONS_00043368 other upstream 85940 37438834 ~ 37438950 (+) True XLOC_021894
TCONS_00043361 other upstream 431767 37086165 ~ 37093123 (+) False XLOC_021888
TCONS_00043358 other upstream 734558 36790223 ~ 36790332 (+) True XLOC_021884
TCONS_00043352 other upstream 1033656 36491114 ~ 36491234 (+) True XLOC_021877
TCONS_00043375 other downstream 192857 37738863 ~ 37798412 (+) False XLOC_021904
TCONS_00043376 other downstream 204328 37750334 ~ 37768156 (+) True XLOC_021904
TCONS_00043378 other downstream 305824 37851830 ~ 37854622 (+) True XLOC_021906
TCONS_00043382 other downstream 545999 38092005 ~ 38094560 (+) False XLOC_021909
TCONS_00043383 other downstream 546004 38092010 ~ 38094164 (+) False XLOC_021909