RNA id: TCONS_00044890


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00044890
length 473
lncRNA type sense_over
GC content 0.49
exon number 2
gene id XLOC_021901
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 37579107 ~ 37720166 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GAATCTCTTGACTAAAGGTGACTTGAATGAATGGAAAACGCTTTTCCATGGCTGAAACAGAGTAGAGGGAGCAGCCCAGACAAAGCAGCGAGAAACTTTGACGCTGAAAATCGCCACTCCTGACCCGCCAAACATGGATTTAAAGCAGACCGCGGTGGTGCAGTAAATCCAGCACCTTGCTGAAGGGATGAAAGCGATATTGGAGTGAATTTAAAGTCCCGCTGCTGCTGAATGGACTAGCTTATTTTGGTTCTGTGGGTGGACGATGACGCTTTACAATGCAACAGTCCTCATGTCAGGAGTTGTATCTGACTGCTGGTGACTGCTCCGCCAGCTGCTTTAGTGTGAACTTCTACCTCAACGCATTGGACGCAGAGTAAAGGCAAACATCATGGTTCCCAACAAGTGGATTATGCATCCAGCTCTTCACAAATCTCCTCCCAGAAGTTGGCTTGGCATCCGGCTGCGTCTCC

Function

GO:

id name namespace
GO:0001525 angiogenesis biological_process
GO:0043534 blood vessel endothelial cell migration biological_process
GO:0005085 guanyl-nucleotide exchange factor activity molecular_function

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00044889 lncRNA upstream 33105 37524890 ~ 37546006 (+) True XLOC_021900
TCONS_00044687 lncRNA upstream 114365 37464371 ~ 37464746 (+) True XLOC_021896
TCONS_00044888 lncRNA upstream 145882 37394797 ~ 37433229 (+) True XLOC_021891
TCONS_00044686 lncRNA upstream 146027 37394778 ~ 37433084 (+) False XLOC_021891
TCONS_00043367 lncRNA upstream 171027 37393617 ~ 37408084 (+) False XLOC_021891
TCONS_00044891 lncRNA downstream 78038 37660678 ~ 37661442 (+) True XLOC_021902
TCONS_00044892 lncRNA downstream 139811 37722451 ~ 37724792 (+) True XLOC_021903
TCONS_00044689 lncRNA downstream 156063 37738703 ~ 37789422 (+) False XLOC_021904
TCONS_00044893 lncRNA downstream 156223 37738863 ~ 37769603 (+) False XLOC_021904
TCONS_00044894 lncRNA downstream 259616 37842256 ~ 37926073 (+) False XLOC_021906
TCONS_00043372 mRNA upstream 88862 37482727 ~ 37490249 (+) True XLOC_021898
TCONS_00043371 mRNA upstream 98326 37466967 ~ 37480785 (+) True XLOC_021897
TCONS_00043370 mRNA upstream 112788 37458602 ~ 37466323 (+) False XLOC_021896
TCONS_00043369 mRNA upstream 125127 37444933 ~ 37453984 (+) True XLOC_021895
TCONS_00043365 mRNA upstream 253150 37323962 ~ 37325961 (+) True XLOC_021893
TCONS_00043377 mRNA downstream 233005 37815645 ~ 37816969 (+) True XLOC_021905
TCONS_00043379 mRNA downstream 372401 37955041 ~ 37974323 (+) True XLOC_021908
TCONS_00043385 mRNA downstream 577075 38159715 ~ 38182757 (+) False XLOC_021910
TCONS_00043386 mRNA downstream 588546 38171186 ~ 38181593 (+) True XLOC_021910
TCONS_00043387 mRNA downstream 662970 38245610 ~ 38263262 (+) False XLOC_021911
TCONS_00043373 other upstream 86260 37492735 ~ 37492851 (+) True XLOC_021899
TCONS_00043368 other upstream 140161 37438834 ~ 37438950 (+) True XLOC_021894
TCONS_00043361 other upstream 485988 37086165 ~ 37093123 (+) False XLOC_021888
TCONS_00043358 other upstream 788779 36790223 ~ 36790332 (+) True XLOC_021884
TCONS_00043352 other upstream 1087877 36491114 ~ 36491234 (+) True XLOC_021877
TCONS_00043375 other downstream 156223 37738863 ~ 37798412 (+) False XLOC_021904
TCONS_00043376 other downstream 167694 37750334 ~ 37768156 (+) True XLOC_021904
TCONS_00043378 other downstream 269190 37851830 ~ 37854622 (+) True XLOC_021906
TCONS_00043382 other downstream 509365 38092005 ~ 38094560 (+) False XLOC_021909
TCONS_00043383 other downstream 509370 38092010 ~ 38094164 (+) False XLOC_021909

Expression Profile

//