RNA id: TCONS_00044688


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00044688
length 613
lncRNA type sense_over
GC content 0.48
exon number 3
gene id XLOC_021901
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 37579107 ~ 37720166 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CTCTTGACTAAAGGTGACTTGAATGAATGGAAAACGCTTTTCCATGGCTGAAACAGAGTAGAGGGAGCAGCCCAGACAAAGCAGCGAGAAACTTTGACGCTGAAAATCGCCACTCCTGACCCGCCAAACATGGATTTAAAGCAGACCGCGGTGGTGCAGTAAATCCAGCACCTTGCTGAAGGGATGAAAGCGATATTGGAGTGAATTTAAAGTCCCGCTGCTGCTGAATGGACTAGCTTATTTTGGTTCTGTGGGTGGACGATGACGCTTTACAATGCAACAGTCCTCATGTCAGGAGTTGTATCTGACTGCTGGTGACTGCTCCGCCAGCTGCTTTAGTGTGAACTTCTACCTCAACGCATTGGACGCAGAGTAAAGGCAAACATCATGGTTCCCAACAAGTGGATTATGCATCCAGCTCTTCACAAATCTCCTCCCAGAAGTTGGCTTGGCATCCGGCTGCGTCTCCaCGAGAAGTCTTCTCAGGATGAAGAGTGTGTGCTCTGTCAGCATCCAGACTGTCCAAAGCGCAGACACGCATCAAAGGTAAGCGTGACACCACAACATTATTAAAATGTCTTCCTCAGCAGTTTTAGATGTAAACAACCAATAA

Function

GO:

id name namespace
GO:0001525 angiogenesis biological_process
GO:0043534 blood vessel endothelial cell migration biological_process
GO:0005085 guanyl-nucleotide exchange factor activity molecular_function

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00044889 lncRNA upstream 33109 37524890 ~ 37546006 (+) True XLOC_021900
TCONS_00044687 lncRNA upstream 114369 37464371 ~ 37464746 (+) True XLOC_021896
TCONS_00044888 lncRNA upstream 145886 37394797 ~ 37433229 (+) True XLOC_021891
TCONS_00044686 lncRNA upstream 146031 37394778 ~ 37433084 (+) False XLOC_021891
TCONS_00043367 lncRNA upstream 171031 37393617 ~ 37408084 (+) False XLOC_021891
TCONS_00044891 lncRNA downstream 50136 37660678 ~ 37661442 (+) True XLOC_021902
TCONS_00044892 lncRNA downstream 111909 37722451 ~ 37724792 (+) True XLOC_021903
TCONS_00044689 lncRNA downstream 128161 37738703 ~ 37789422 (+) False XLOC_021904
TCONS_00044893 lncRNA downstream 128321 37738863 ~ 37769603 (+) False XLOC_021904
TCONS_00044894 lncRNA downstream 231714 37842256 ~ 37926073 (+) False XLOC_021906
TCONS_00043372 mRNA upstream 88866 37482727 ~ 37490249 (+) True XLOC_021898
TCONS_00043371 mRNA upstream 98330 37466967 ~ 37480785 (+) True XLOC_021897
TCONS_00043370 mRNA upstream 112792 37458602 ~ 37466323 (+) False XLOC_021896
TCONS_00043369 mRNA upstream 125131 37444933 ~ 37453984 (+) True XLOC_021895
TCONS_00043365 mRNA upstream 253154 37323962 ~ 37325961 (+) True XLOC_021893
TCONS_00043377 mRNA downstream 205103 37815645 ~ 37816969 (+) True XLOC_021905
TCONS_00043379 mRNA downstream 344499 37955041 ~ 37974323 (+) True XLOC_021908
TCONS_00043385 mRNA downstream 549173 38159715 ~ 38182757 (+) False XLOC_021910
TCONS_00043386 mRNA downstream 560644 38171186 ~ 38181593 (+) True XLOC_021910
TCONS_00043387 mRNA downstream 635068 38245610 ~ 38263262 (+) False XLOC_021911
TCONS_00043373 other upstream 86264 37492735 ~ 37492851 (+) True XLOC_021899
TCONS_00043368 other upstream 140165 37438834 ~ 37438950 (+) True XLOC_021894
TCONS_00043361 other upstream 485992 37086165 ~ 37093123 (+) False XLOC_021888
TCONS_00043358 other upstream 788783 36790223 ~ 36790332 (+) True XLOC_021884
TCONS_00043352 other upstream 1087881 36491114 ~ 36491234 (+) True XLOC_021877
TCONS_00043375 other downstream 128321 37738863 ~ 37798412 (+) False XLOC_021904
TCONS_00043376 other downstream 139792 37750334 ~ 37768156 (+) True XLOC_021904
TCONS_00043378 other downstream 241288 37851830 ~ 37854622 (+) True XLOC_021906
TCONS_00043382 other downstream 481463 38092005 ~ 38094560 (+) False XLOC_021909
TCONS_00043383 other downstream 481468 38092010 ~ 38094164 (+) False XLOC_021909

Expression Profile

//