RNA id: TCONS_00044891


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00044891
length 286
lncRNA type intronic
GC content 0.35
exon number 2
gene id XLOC_021902
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 37660678 ~ 37661442 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AATGTAAATCTGGATTTTGGGGCACTGGAGAAGCACTTTTACCGTTAAGAGGCCATTTTCCACACTGTTTTTGAactgctcttttgtcatatGCAGGCCTGTATGGTTATAGTGACGTTATGCTGACGTGAAAACAAGGAATTTCAAAACAAGACCAAATTTTTTAGCCTAACAAAGAGAAAGTAATCTGATCTGAGTTACTCTTTCTGCTTCAGATTTGTCtctgtaagtcactttagacaaaaacgtttgctaaatgattaaatataaatgtaaatctgGACTT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00044688 lncRNA upstream 50136 37579115 ~ 37610542 (+) True XLOC_021901
TCONS_00044890 lncRNA upstream 78038 37579111 ~ 37582640 (+) False XLOC_021901
TCONS_00044889 lncRNA upstream 114672 37524890 ~ 37546006 (+) True XLOC_021900
TCONS_00044687 lncRNA upstream 195932 37464371 ~ 37464746 (+) True XLOC_021896
TCONS_00044888 lncRNA upstream 227449 37394797 ~ 37433229 (+) True XLOC_021891
TCONS_00044892 lncRNA downstream 61009 37722451 ~ 37724792 (+) True XLOC_021903
TCONS_00044689 lncRNA downstream 77261 37738703 ~ 37789422 (+) False XLOC_021904
TCONS_00044893 lncRNA downstream 77421 37738863 ~ 37769603 (+) False XLOC_021904
TCONS_00044894 lncRNA downstream 180814 37842256 ~ 37926073 (+) False XLOC_021906
TCONS_00044690 lncRNA downstream 188254 37849696 ~ 37877969 (+) False XLOC_021906
TCONS_00043372 mRNA upstream 170429 37482727 ~ 37490249 (+) True XLOC_021898
TCONS_00043371 mRNA upstream 179893 37466967 ~ 37480785 (+) True XLOC_021897
TCONS_00043370 mRNA upstream 194355 37458602 ~ 37466323 (+) False XLOC_021896
TCONS_00043369 mRNA upstream 206694 37444933 ~ 37453984 (+) True XLOC_021895
TCONS_00043365 mRNA upstream 334717 37323962 ~ 37325961 (+) True XLOC_021893
TCONS_00043377 mRNA downstream 154203 37815645 ~ 37816969 (+) True XLOC_021905
TCONS_00043379 mRNA downstream 293599 37955041 ~ 37974323 (+) True XLOC_021908
TCONS_00043385 mRNA downstream 498273 38159715 ~ 38182757 (+) False XLOC_021910
TCONS_00043386 mRNA downstream 509744 38171186 ~ 38181593 (+) True XLOC_021910
TCONS_00043387 mRNA downstream 584168 38245610 ~ 38263262 (+) False XLOC_021911
TCONS_00043373 other upstream 167827 37492735 ~ 37492851 (+) True XLOC_021899
TCONS_00043368 other upstream 221728 37438834 ~ 37438950 (+) True XLOC_021894
TCONS_00043361 other upstream 567555 37086165 ~ 37093123 (+) False XLOC_021888
TCONS_00043358 other upstream 870346 36790223 ~ 36790332 (+) True XLOC_021884
TCONS_00043352 other upstream 1169444 36491114 ~ 36491234 (+) True XLOC_021877
TCONS_00043375 other downstream 77421 37738863 ~ 37798412 (+) False XLOC_021904
TCONS_00043376 other downstream 88892 37750334 ~ 37768156 (+) True XLOC_021904
TCONS_00043378 other downstream 190388 37851830 ~ 37854622 (+) True XLOC_021906
TCONS_00043382 other downstream 430563 38092005 ~ 38094560 (+) False XLOC_021909
TCONS_00043383 other downstream 430568 38092010 ~ 38094164 (+) False XLOC_021909

Expression Profile

//